方圓社的制度中，棋士要定期比賽，此舉壹反四大家閉門研究的傳統，增進了棋士間的交流[3]。方圓社成立初期，水谷縫治、小林鐵次郎、高橋杵三郎與酒井安次郎四人的成績最好，號稱“四大天王”。其中又以水谷縫治的棋力最為秀甫所贊賞[1]。
相較之下，秀榮與秀元兄弟領導的本因坊家則毫無作為，秀榮認為要與方圓社爭霸，需以家督的棋力為前提，就要求棋力較弱的秀元讓位給他，1884年秀榮就任第十七世本因坊，並把林家並入本因坊家，將其資金用於坊門，不再另立家督。秀榮接著在與方圓社的比賽中先後贏了高橋杵三郎及中川龜三郎，並以黑棋贏了村賴秀甫，壹時威名大震，但之後幾盤秀甫都贏，直到第五局才又由秀榮扳回壹乘，以下成拉鋸狀態，但秀甫始終比秀榮多贏兩局，至此天下棋士均公認秀甫棋力為第壹。方圓社棋士便想趁機推舉秀甫成為名人（即九段），但秀甫謙辭不就。
秀榮在第九局贏了秀甫後，後藤象二郎出面建議秀榮與方圓社合作，金玉均也向秀榮分析利害，建議秀榮不但與秀甫合作，還要請秀甫兼任本因坊家督，自己成為方圓社的社員，如此則因秀榮棋力只輸給秀甫，等秀甫去世後，必無人能與秀榮抗爭，如此則秀榮可名正言順的成為秀甫的接班人，同時執掌方圓社與本因坊家。秀榮聽了十分高興，立刻請後藤象二郎出面和秀甫談判，之後於1886年達成如下協定：
本因坊與方圓社互相尊重對方的獨立性
秀榮授秀甫八段免狀，並以其家督地位讓與秀甫
秀甫授秀榮七段免狀
方圓社之後發行免狀需得本因坊家的副署（因此本因坊家可以與方圓社拆帳）
秀甫的後繼人應由棋界最強者充任
秀甫兼任本因坊家督後，就努力團結安井及井上兩家，並廣泛組織各地的方圓社分社。在他的促成之下，泉秀節於大阪建立了方圓社的關西分社，中根鳳次郎組織中國分社，降矢沖三郎籌組橫濱分社等。由於積勞成疾，秀甫於同年過世了，享年49歲。中江兆民在《壹年有半》中列舉日本近代非凡的三十人，其中也有秀甫在列，足見其受人重視之程度。 秀甫死後，方圓社繼任者為中川龜三郎，本因坊家家督則由秀榮重任，由於兩人棋力相當，造成方圓社與本因坊家在東京對峙的局面，關西方面則是方圓社的分社與井上家合作，雖有兩派卻不如東京之對立。1899年，中川龜三郎退休，本希望石井千治繼任社長，客座的巖崎健造加以輔佐，但巖崎健造早想取得社長的職位，便佯裝會錯意而接任社長，並讓石井千治擔任副座，中川龜三郎也不好意思將他拉下來，便將錯就錯。
巖崎健造接任社長後，大力整頓社務，他將方圓社遷到自己的家中以節省租金，又變更大手合制度為每月兩次，並在方圓社發行的“圍棋新報”上刊登廣告以增加收益。同年還請讀賣新聞主辦“圍棋電信手合”，由巖崎健造與泉秀節對局，每天只刊登壹兩手，激起棋迷興趣，並分析局勢變化。讀賣新聞刊載圍棋譜即是由此開始[1]。
巖崎健造雖對社務大有貢獻，卻凡事獨斷獨行，石井千治對其不滿，就脫社建立了“圍棋同誌會”。巖崎健造退休前在石井與廣瀨平治郎中考慮後繼人，終因廣瀨人緣惡劣而要求石井回社繼任社長，並提升廣瀨平治郎為六段以安撫其不滿之氣。
在這段時間，秀榮名人過世了，本因坊秀哉接任本因坊家督。 廣瀨平治郎到任後，向各界募款十五萬元，計劃創立日本圍棋協會，統壹組織。但他與巖崎健造壹樣人緣頗差，基金才籌得壹萬五千元，他就自行把方圓社搬到丸之內大樓，此事事前沒有人知道，瀨越憲作、鈴木為次郎等理事提出抗議，廣瀨拉攏兩人，要求理事會追認遷社的事，瀨越等人提出協會資金帳目必須公開，廣瀨也同意了，不料廣瀨身邊的壹位侍童被責罵後心有不甘，跑到瀨越處將廣瀨歷來瞧不起瀨越、鈴木等人的言論向兩人告密，兩人大為憤怒，且他們本來就對舊制有所不滿，壹氣之下便脫離方圓社，建立了稗聖會。廣瀨正因資金沒有著落而煩惱，又逢瀨越等人脫社，壹急之下便生了病，不幸半身癱瘓、無法工作，索性退休，以巖佐圭繼任社長，並擢升愛徒加藤信為副社。
稗聖會成立後，由於采行新制度，十分吸引年輕棋士，使積習較深的本因坊家與方圓社大為苦惱。本因坊秀哉考慮後決定與方圓社合作，加藤信也同意，於是兩派便在丸之內大樓合組為“中央棋院”。但兩家貌合神離，實際上只是享彼此利用，三個月後，加藤信不甘本因坊家利用方圓社現成的資金，向秀哉提出“舊方圓社所募資金應歸方圓社所有”及“棋院新報實為方圓社圍棋新報之延續，該報發行與營業應歸方圓社所有”兩項要求，甚至要求秀哉取消本因坊的頭銜，恢復田村保壽原名。秀哉不能接受這些不合理的要求，加藤信便以此為由，於4月5日晚上連夜將中央棋院的招牌拆下，換上方圓社的老招牌，第二天本因坊家的棋士要到棋院時都被阻擋、不得進入。本因坊秀哉大為憤怒，另在銀座成立中央棋院。原屬方圓社的喜多文子及小野田千代太郎由於覺得加藤信舉止荒唐，便脫社而歸入中央棋院。 水谷縫治（1846年－1884年）：棋力六段，為方圓社初期“四大天王”之壹。秀甫贊為“天下受我先能保得住者，只有中川龜三郎和坊門的秀悅、秀榮兩兄弟罷了；但水谷縫治則屬例外。”
小林鐵次郎（1848年－1893年）：原為井上家松本因碩的徒弟，方圓社創立初期的人物之壹，擔任副社出力甚多。
中川龜三郎（1837年－1903年）：本因坊丈和之子，在本因坊家求立為家督不成，轉而與小林鐵次郎合作創立方圓社。中川對人和藹，但下棋毫不放松，巖崎健造評為“先生平生溫厚如珠，但在局上則嚴謹非常，判若兩人。”
石井千治（1869年－1928年）：1883年入方圓社為塾生，後為第四任社長。中川龜三郎臨死前要求他入繼，石井之後便為中川龜三郎二世。
田村保壽（即本因坊秀哉，1874年－1940年）：1885年入方圓社為塾生，與石井千治、杉岡榮治並稱“方圓社三小僧”，1891年嫌社內課業繁忙而脫社，後為本因坊秀榮之徒，並繼任第二十壹世本因坊家督。
瀨越憲作（1889年－1972年）：出生於廣島，棋力全憑自修。後脫社成立稗聖會。
鈴木維次郎（1883年－1960年）：中學時加入方圓社，後與瀨越等脫社成立稗聖會。在日本棋院成立後另外成立了棋正社與秀哉對抗。