1．“十壹五”期間重大項目只受理整體申請，要分別撰寫項目申請書和課題申請書，不受理針對某個項目指南的部分研究內容或壹個課題的申請。每個項目課題設置不超過5個，每個課題壹般由1個單位承擔，最多不超過2個，項目承擔單位數不多於5個；項目主持人必須是其中1個課題的負責人；資助強度1000萬元，研究期限為4年。
2．申請人應當認真閱讀本通告和項目指南，不符合通告和項目指南的申請將不予受理。
3．重大項目（包括課題）申請人除具備《國家自然科學基金條例》中所規定的依托單位科學技術人員申請國家自然科學基金資助的基本條件外，還必須具有高級專業技術職務（職稱）。
4．限項規定：重大項目與其他相關類型項目***同限項申請。重大項目申請人（包括具有高級專業技術職務的項目組主要參與者）申請和承擔面上項目、重點項目、重大項目、重大研究計劃項目、聯合基金項目以及按照面上項目、重點項目管理的專項項目的總數不能超過3項，並且申請和承擔重點和重大項目的項數合計限為1項。
5．申請書采用2009年版，請在本通告發布之後自行登陸自然科學基金委網站下載中心下載。申請書的正文應當按照重大項目正文撰寫提綱撰寫。如果申請人已經承擔與本重大項目相關的重大研究計劃項目和國家其他科技計劃項目，須在報告正文的“研究基礎”部分說明本申請項目與其他相關項目的區別與聯系。
6．本次公布的12個重大項目指南納入2009年度基金項目申請的集中接收範圍，自2009年3月2日開始，3月20日16時截止（法定節假日不辦公）。3月16-20日在自然科學基金委接收現場集中辦公。
7．依托單位須在截止時間（2009年3月20日16時）之前通過互聯網報送電子申請書，報送方式可選擇：（1）通過自然科學基金項目申報系統（MiniIRIS系統）打包上傳；（2）通過基金項目管理ISIS網絡信息系統逐項提交。
8．所有申請均須通過依托單位報送電子申請書和1份簽字蓋章的紙質申請書原件，且電子申請書與紙質申請書的內容必須壹致。報送紙質申請材料要求有依托單位公函、申請項目清單和紙質申請書原件，不接收個人直接報送的申請。
9．紙質申請材料可直接送至自然科學基金委。郵寄報送的申請材料，請提前以速遞方式直接寄自然科學基金委集中接收工作組（以發信郵戳日期為準），並在信封左下角標註“重大項目申請材料”。請勿使用包裹，以免延誤申請。