按照國家、省有關規定，抗疫特別國債重點用於抗疫支出和基礎設施建設兩個方面，另可投向有壹定收益保障的縣城建設、農林水利等其他項目。嚴禁用於土地儲備和棚戶區改造項目，嚴禁用於政府性樓堂館所的建設政績工程、形象工程，嚴禁用於清償政府拖欠的民營企業中小企業賬款。
二、資金償還要求
抗疫特別國債利息由中央財政全額負擔，資金使用地區自第6年開始，每年償還20%本金，第10年償還完畢，並通過政府性基金預算逐級上解中央財政。對不能按時還本的地區，在與地方財政辦理年終結算時扣回相應資金。個別償還確有困難的地區，可適當延長還款期限，需經財政部同意後上報國務院批準，延長期限最多不超過2年。抗疫特別國債還本資金可統籌項目投資收益、政府性基金預算、國有資本經營預算等解決，必要時，可從壹般公***預算調入資金解決。
三、資金下達撥付
壹要強化資金統籌。要合理把握資金支出節奏和力度，根據財力情況，統籌考慮年度間預算平衡，區分輕重緩急，不能盲目堵窟窿、出政策、鋪攤子，合理使用上級補助資金和本級資金，科學安排下半年各項支出，防止“前松後緊”，確保全年財政收支平衡、財政平穩運行。二要規範預算下達。嚴格按照抗疫特別國債資金預算管理要求，對抗疫特別國債資金單獨下達、單獨標識，並貫穿資金分配、撥付、使用等整個環節，且保持不變。
四、資金監督管理
壹是抗疫特別國債資金全部納入中央財政直達資金監控系統進行全程監測，各級財政部門要加強對資金的日常監管和重點監控，對違規使用抗疫特別國債資金行為，依法依規嚴肅追責問責。二是要嚴格按資金支持方向和支出範圍使用，涉及項目資金要嚴格按照項目批復組織實施，不得擅自改變支持方向、調整支出用途，不得隨意擴大支出範圍、提高開支標準。