農業專項資金來源廣泛，資金性質復雜。由於客觀條件的限制，審計機關不可能對每壹筆資金都進行審計。因此，要抓住政府和社會各界密切關註、資金量大、與人民群眾切身利益密切相關的資金開展監管，促進資金的規範管理和使用。
加強對投資規模大、覆蓋面廣的重點專項資金的審計。要緊緊圍繞這些資金的分配、撥付、管理和使用，以及項目的實施情況開展審計，促進資金管好用好，促進項目順利實施。在資金分配過程中，要檢查各級財政是否按照“存量適度調整、增量偏重”的原則分配資金。在資金撥付過程中，要重點檢查滯留閑置、挪用等問題，促進資金及時足額撥付。在資金使用中，要著力查處各種違法問題，特別是侵害農民切身利益的問題，並註意檢查和評估資金使用效果，促進農業專項資金的合理有效使用。來源:考試大學
在農業專項資金效益的分析、評價和考核中，要做好重點項目和關鍵環節的審計。壹是在資金投資決策中，檢查項目立項的必要性、準確性、合理性和科學性，是否存在因決策失誤導致項目無法實施、失敗或達不到設計要求，造成損失浪費的問題；決策依據是否符合國家總體農業發展目標，是否達到預期的社會、經濟和生態效益。二是在資金投入程序方面，檢查項目是否經過專家科學論證，項目立項、組織實施、項目招標、項目監理、項目驗收是否符合國家有關規定。三是在資金管理和使用上，檢查內控制度是否健全有效，是否存在因立項不準、責任不清、管理不善或工程質量問題導致事故隱患、半成品工程、已完工工程閑置等問題。四是在項目決算中，檢查是否存在高估冒算、擅自調整項目位置和規模、偷工減料或浪費嚴重損失等問題，是否存在多列或漏列單項工程等問題。
要加強對關系農民切身利益的農業專項資金的審計監督，促進黨的惠民政策的落實。審計機關在維護農民利益方面要敢於堅持原則，嚴格履行審計監督職責，依法維護財經秩序，加強對扶貧救災、農村醫療保險、新型合作醫療、計劃生育、貧困家庭生活補助、征地補償等資金的審計監督。，確保這些資金真正用在農民身上，從而落實黨和國家的惠農政策。
農業專項資金效益審計的方法
農業專項資金投入多、面廣、線長、政策性強，資金的使用和管理主要在基層。鑒於這壹特點，審計工作必須改進現有的審計方法，采用切實有效的審計方法。
精心組織、合理安排是做好農業專項資金效益審計的基礎和前提。為保證農業專項資金的合理使用，審計應重點抓好四個環節:壹是做好審前調查。通過預審調查，了解各類專項資金的基本情況，熟悉相關政策法規。二是制定好審計實施方案。根據審計調查，有針對性地制定審計實施計劃，做到有的放矢。三是向有關部門發出庭前自查通知書，了解有關部門的協助配合情況。四是進行審前培訓，提高認識，統壹審核方法。實踐證明，開展審前調查、被審計單位自查和審前培訓是突出重點、節約成本、提高審計質量的好做法。
采用分析性復核、實地調查、逐點結合等多種審計方法，驗證資本性支出的真實性。農業專項資金的財務往往集中在財政或相關執行部門，為了摸清農業專項資金投入的總體規模，掌握支出的結構，對賬目、報表、憑證進行審計是非常必要的；在此基礎上，還要沿著資金流向深入到鄉鎮、農戶、項目實施地區，最終核實資金支出的真實性。
將農業專項資金審計與基本建設項目審計結合起來，驗證項目支出的正確性。農業專項資金大多以建築工程、水利工程、道路建設等形式實施。大部分項目可以通過審計項目決算來核實專項資金的使用情況。審計必須牢牢把握項目與資金、項目決算與財務決算運行和資金使用的軌跡，以監督和全面、客觀地反映項目建設情況。審計不僅要審計資金分配，還要加強對項目建設的審計。壹方面，審核相關項目建設支出賬目，檢查支出的真實性、合理性和合法性；另壹方面，深入項目施工現場，實地查看工程的質量和數量，並根據項目計劃中的建設內容審查其完成情況，看是否符合計劃要求。，改進審計方法，搞事後審計到事前審計和過程中審計。壹是要幫助做好農業專項資金的預審工作，幫助提高項目立項水平，促進配套資金及時到位，減少資金損失浪費；二是做好審計工作，防止資金被擠占或挪用，使項目符合質量要求，提高資金使用效率；第三，做好事後審計，跟蹤審計後投入的資金和效益，防止管理混亂，項目達不到預期效果。經過層層把關，將違紀違規資金控制在最低限度，充分發揮農業專項資金的使用效益。