機電工程系有“機械制造及其自動化”、“電子信息工程”、“車輛工程”三個就業前景較好的本科專業，機械設計與理論、車輛工程兩個碩士學位授予點。多年來，為社會培養了近2000名高級技術人才。
工程基礎教學系現有教師19人，其中副教授9人，講師10人，碩士生導師3人，具有碩士學位4人，博士生2人，碩士生3人。工程基礎教學系現有教師19人，其中副教授9人，講師10人，碩士生導師3人，具有碩士學位4人，博士生2人，碩士生3人。
工程基礎教學部承擔全校工程學院及相關專業的工程制圖、力學、力學、電工、電子等基礎課程的教學任務，承擔本科畢業生的設計(論文)指導工作。基礎教學部教師除了積極承擔教學任務外，還積極參與教學研究和科學研究。工程基礎部承擔了機械制圖、電工技術、電子技術、機械原理、機械設計等幾門校級重點課程的建設，並順利通過校級驗收。其中《機械原理》被評為校級精品課程，列入學校精品課程。主持和參與科研項目45項，發表教學科研論文136篇。承擔過工程學院及全校相關專業的工程制圖、力學、機械學、電工、電子學等基礎課程的教學任務，承擔過本科畢業生的設計(論文)指導工作。基礎教學部教師除了積極承擔教學任務外，還積極參與教學研究和科學研究。工程基礎部承擔了機械制圖、電工技術、電子技術、機械原理、機械設計等幾門校級重點課程的建設，並順利通過校級驗收。其中《機械原理》被評為校級精品課程，列入學校精品課程。主持和參與科研項目45項，發表教學科研論文136篇。基礎實驗教學中心現有實驗教師6人，其中教授1人，中級職稱3人。承擔省部級科研項目5項，校級教研項目8項，主編教材1部，參編教材3部，主編實驗教材10余部，發表科技論文40余篇。獲校級教學成果獎3項。
工程基礎課實驗教學中心由電工電子實驗室、力學與力學實驗室、計算機工程制圖實驗室三個實驗室和七個實驗分室組成。
目前，工科基礎課實驗教學中心面向全校工科院系開放，涉及工程學院、信息與計算機學院、林業與園林學院、紡織工程與藝術學院、經濟技術學院等五個學院。其中，電工電子實驗室教授的課程包括電路分析、電工技術、電子技術、建築電工、模擬電子技術基礎、數字電子技術基礎、半導體變換器技術、機床電氣控制技術等相關實驗。力學與力學實驗室的教學課程包括《機械原理》、《機械設計》、《材料力學》等相關實驗。計算機工程制圖實驗室的教學課程包括:建築制圖、計算機制圖、機械優化設計、計算機輔助設計、C語言、數據庫等相關實驗。機電工程園是安徽農業大學工程學院重要的實踐教學基地之壹。除金工教學實習外，還可以接受學生的專業實習、畢業實習、科研活動等多層次的實踐教學和勤工儉學，還可以承接機械加工業務。投資460多萬元的機電園壹期工程機械加工實訓中心3500平方米廠房於2005年5月竣工。按照校黨委和校行政的要求，廠房建成後，要利用現有條件，滾動發展，多方籌措資金，擴大機電工程園規模，購置設備。在建設機電工程園的過程中，應堅持高起點、高質量、高標準建設的原則。機電工程園作為校辦工廠，既是教學、科研、生產相結合的基地，也是學校工作的重要組成部分。新建機電工程園要為機械工程專業的實踐教學和科學研究提供場所和設備支持，培養適應21世紀國家經濟社會發展和滿足市場需要的高級專門人才和實用型人才，同時通過生產經營活動增加收入，為機電工程園的可持續發展積累資金，實現國有資產的保值增值。目前，200多萬元的設備已經安裝到位。
目前，機電工程園機械加工實訓中心承擔著全校金工實習的教學任務。實踐車間主要包括先進制造工藝室(壹)和(二)、機加工車間、鉗工和鑄造車間、鍛造和焊接車間。