1、 購買贖回方式的不同：
母基金：開放期根據券商的不同，其開放買賣日期也是有所不同的。有的券商是壹個季度開放壹周，有個壹星期開放壹日，這些不定的開放日就是投資者進行FOF買賣的日期。另外，FOF起購金額較高。
子基金：除去正處於封閉期的新基金，往往每天都是開放日，每天都就可以進行買賣交易。
2、 手續費上的不同：
母基金：其投資的產品是基金，只要是基金有的手續費FOF也必須承擔，又因為其本身也屬於基金的壹種，那麽其實也就是在基金手續費基礎上的二次收費，簡單地說，投資FOF基金需要付出雙重的手續費。
子基金：只需要承擔其本身的手續費用，避免重復收費。
3、為規範在中華人民***和國境內設立的從事非公開交易企業股權投資業務的股權投資企業(含以股權投資企業為投資對象的股權投資母基金)的運作和備案管理，國家發展改革委辦公廳於2011年11月發布了《關於促進股權投資企業規範發展》的通知。
4、其中特別指出：“投資者人數限制。股權投資企業的投資者人數應當符合《中華人民***和國公司法》和《中華人民***和國合夥企業法》的規定。
5、投資者為集合資金信托、合夥企業等非法人機構的，應打通核查最終的自然人和法人機構是否為合格投資者，並打通計算投資者總數，但投資者為股權投資母基金的除外。
：
“母基金”就是指FOF，也就是Fund of Funds英文的簡寫，是壹種專門投資於其他證券投資基金的基金。FOF的投資標的僅限於其他證券投資基金，以便間接性持有股票、債券等證券資產，也稱基金中的基金。
“子基金”是指在壹個投資組合下，通過對基金收益或凈資產的分解，形成兩級（或多級）風險收益表現有壹定差異化基金份額的基金品種。