1、學科布局中的關鍵問題及對學科發展有重要推動作用的學科前沿；
2、對國民經濟、社會發展有重要應用前景的當代活躍的學科前沿；
3、能充分發揮我國自然資源或自然條件特色的研究領域。第三條 重點項目的申請應具備以下條件：
1、有先進的研究目標，明確的科學問題，創新的學術思想，合理的研究方案以及必要的實施研究條件。
2、有高水平的、活躍在科學前沿的學術帶頭人和精幹的研究隊伍。
3、有國內領先的研究工作基礎，近期可望取得重要成果或突破性進展。第四條 重點項目應該體現有限目標、有限規模、重點突出、隊伍精幹、重視學科的交叉與滲透的原則。項目不設子課題，壹般由壹個單位承擔，確有必要時，合作研究單位不超過3個。研究年限為4年左右。第五條 重點項目在五年規劃的基礎上，每年按計劃組織實施。重點項目在公布申請指南、受理申請、軟盤錄入、同行評議、學科評審組評審、年度報告與撥款等工作環節與面上項目同步。除本辦法特別說明外，使用與面上項目相同的表格、計算機軟盤和相同的填報要求，但需在封面左上角註明“重點項目”字樣。第六條 重點項目的組織實施貫徹“依靠專家、發揚民主、擇優支持、公正合理”的原則，執行科學基金委員會回避與保密的有關規定。第二章 立項、申請、評審與批準第七條 各科學部根據每年下達的重點項目經費額度和項目數控制指標提出當年擬組織重點項目的研究領域，其中大多數來源於基金委員會學科發展戰略和“九五”優先資助領域，也可以從科學家提出的重點項目建議和已獲得重要進展、深入研究可望取得突破性成果的面上項目中遴選。第八條 擬組織重點項目的研究領域需提交學科評審組討論審議，由委務會審查批準，通過“國家自然科學基金重點項目申請指南”向科學界發布。重點項目申請指南包括研究領域、主要研究方向、預算的經費數額及受理的科學部等內容。第九條 符合重點項目申請條件的在職科技人員可根據當年申請指南，向對口科學部提出申請。項目申請者及具有高級專業技術職稱參與申請的其他成員每次只能參加壹個重點項目的申請。在研重大、重點項目的項目主持人、課題負責人及具有高級專業技術職稱的主要成員需在該項目驗收結題後方可申請新的重點項目。第十條 各科學部將申請書初篩後按項目匯總送同行專家評議，評議專家應對每個申請填寫“國家自然科學基金重點項目同行評議意見”，對壹個項目的全部申請填寫“國家自然科學基金重點項目同行評議綜合意見”，每項申請的有效同行評議意見應不少於5份。第十壹條 科學部對同行評議意見分析、歸納後連同全部申請書、同行評議材料提交學科評審組評審。根據需要可邀請少數同行評議專家參加評審，也可安排申請者到會答辯，確有必要時還可以組織專項評審論證。第十二條 每個重點項目的評審都應選出最優申請予以資助，壹般不宜將幾份申請組織成壹個項目，在條件相近時，利用國家重點實驗室的申請予以優先支持。評審結束後應填寫“國家自然科學基金重點項目評審意見”。第十三條 “國家自然科學基金重點項目評審意見”經科學部簽署意見。連同當年度重點項目資助計劃提交委務會議審批，根據審批結果向項目負責人及其所在單位下達《國家自然科學基金重點項目批準通知》。第三章 計劃實施與管理第十四條 科學基金委員會對重點項目采取逐項跟蹤、中期檢查、結題驗收等辦法加強管理。
重點項目的承擔單位應將項目列入本單位的重點科研計劃，提供實施計劃所需的工作條件，確保研究計劃的完成。第十五條 項目負責人接到批準通知後壹具月內，應在申請書基礎上，根據審批意見，填寫《國家自然科學基金資助項目研究計劃》（壹式三份）報主管科學部核準後作為撥款、檢查和驗收的依據，科學部須將該研究計劃和申請書各壹份轉綜合計劃局（以下簡稱計劃局）備案。