屏東海洋博物館陳列的鯨鯊，因為活動空間狹小，每天只能以固定方向繞著水缸轉圈。(圖片/摘自臺灣省動物學會研究會網站)臺灣省動物學會研究會表示，鯨鯊被海生館及其BOT制造商海晶公司視為三大“搖錢樹”之壹。從2004年4月開始，* * *以教育和研究的名義，先後引進、圈捕和展覽了3條鯨鯊，但由於人工繁殖環境的限制，導致1條鯨魚突然死亡；1尾疑似身體不好。它們在2007年被野外遺棄，由於沒有配備追蹤設備，至今下落不明。目前僅存1條，體長約6米。但展示的“水缸”長33米，寬22米，深8至12米，活動空間有限。尾鰭不斷碰撞底礁和艙壁，下葉反復受傷。
因為鯨鯊要遊到胸鰭後面才能獲得氧氣，所以研究協會發布的影片顯示，海洋博物館裏的鯨鯊只能以固定的方向不停地圍著水箱轉圈，轉圈的時間大約是50到80秒。如果白天顯示時間為8小時，那麽每天要在坦克裏跑360到576圈。臺灣省動物協會擔心，海洋博物館的鯨鯊可能會遭受長期、固定、短距離的循環遊行，影響脊椎的生長，導致變形。
更值得註意的是，黑潮海洋文教基金會主任賴表示，野生鯨鯊的平均“壽命”為70至100歲，甚至可能超過160歲，但圈養鯨鯊的狀況較差，幾乎都是“短命”。壹份記錄沖繩水族館從1980到1998飼養的16條鯨鯊的報告發現，它們的平均壽命只有16個月。
臺灣省媽祖魚類保育聯盟執行秘書長甘指出，2012年7月開業的韓國濟州島Aqua Pla水族館，在開業後不久就向社會公開道歉，並放生了水族館內另壹條存活的鯨鯊。海洋博物館受傷的鯨鯊放生後能否存活，誰也無法預料，但如果不馬上放生，就是死路壹條。
對此，臺灣省動物學會研究會、臺灣省媽祖魚類保育聯盟、黑潮海洋文教基金會等動物保護團體和活動人士呼籲海洋生物館盡快通過標記流放的方式解放受傷的鯨鯊，讓它回歸自然的家園，而不是以研究教育的名義捕捉圈養。