提高采收率研究所
提高采收率研究所是由原石油工業部1979年批準組建的“驅油機理研究室”擴建而成，現已成為我國石油高校中獨具特色的以提高采收率研究為主的綜合性的科研實體；成為國家級重點學科——“油氣田開發工程”、提高油氣采收率教育部重點實驗室及其博士點的主要支撐點；成為我國提高油氣采收率應用基礎和應用技術研究的主要基地之壹。
油氣田開發工程研究所
東北石油大學油氣田開發工程研究所創建於1960年，擁有實力雄厚的專家隊伍和結構合理的人才梯隊，目前現有成員32人，其中博士生導師5人，教授15人，副教授4人，具有博士學位17人。
經過多年的建設與發展，研究所在三次采油、現代試井理論和油藏描述、儲層動態評價與油藏模擬、多相管流與油井生產系統優化分析等方向取得了多項研究成果，整體研究水平處於國內前列，聚合物驅後剩余油分布、復雜滲流試井綜合解釋等方面的研究處於國際先進水平。
近5年承擔了國家級科研項目15項，省部級科研項目28項，科研經費2000余萬元，獲省部級獎勵20余項，其中國家科技進步二等獎2項，省部級壹等獎4項、二等獎7項。發表論文300多篇，其中被SCI、EI、ISTP三大檢索收錄100多篇。
油氣井工程研究所
東北石油大學油氣井工程研究所創建於1960年，擁有實力雄厚的專家隊伍和結構合理的人才梯隊，目前現有成員28人，其中博士生導師3人，教授9人，副教授（高級工程師）8人，具有博士學位14人。
經過多年的建設與發展，研究所在在油氣井工程力學、油氣井工作液力學、油氣井作液化學和鉆井工藝理論與技術等方向取得了多項研究成果，研究水平處於國內前列。
近5年承擔了國家自然科學基金6項，黑龍江省自然科學基金8項，省部級及國家科研項目12項，年均科研經費1200余萬元，獲省部級獎勵10余項，發表論文300多篇，其中三大檢索收錄100多篇。
油氣儲運工程研究所
東北石油大學油氣儲運研究所創建於1997年，2000年被批準為碩士和博士學位授予權點；2003年石油與天然氣工程壹級學科被批準設立博士後科研流動站，油氣儲運研究所附屬於石油與天然氣工程壹級學科開始招收博士後；2006年所屬油氣儲運工程學科被批準為黑龍江省重點學科，2007年被批準為國家重點學科。經過十余年的建設與發展，油氣儲運研究所已具備人才梯隊建設合理、科學研究實力雄厚、人才培養碩果累累、學術交流不斷增多、優勢明顯特色鮮明的特點，是全省乃至全國油氣儲運工程的人才培養、科學研究、技術開發的重要基地。該研究所擁有以國務院政府特殊津貼獲得者、省部級優秀中青年專家、全國優秀科技工作者劉揚教授為帶頭人的油氣儲運工程人才梯隊，***有科研人員25人，其中教授7人，擁有博士學位者7人。研究所註重基礎性和創新性的科學研究，充分利用地處東北老工業基地大慶油田的地域和學科人才優勢，通過承擔國家自然科學基金、973項目，省部級和油田公司科技攻關項目，形成了“油氣儲運工程優化與節能降耗技術”、“復雜流體流動”、“油氣集輸技術”三個穩定的研究方向，整體科研水平居國內領先。
石油工程實驗中心 提高油氣采收率教育部重點實驗室
石油與天然氣工程省級重點實驗室
CNPC油氣藏改造試井與評價重點研究室