各級財政部門作為各級政府指定的債務代表人，負責貸款資金的轉貸、發放、回收、還本付息以及配套資金的管理等工作。第四條 項目單位的財務管理工作應遵守國家的法律、法規和有關的財務管理規定及本辦法，如實反映項目財務狀況；並應本著專款專用的原則使用項目資金，不得挪做它用。第五條 財政部門同項目辦等其他項目單位要密切配合，做好資金的發放、回收和再利用工作，提高貸款項目的償還能力，保證同級政府債務償還工作的落實。第六條 項目單位、尤其項目辦要根據項目管理要求，設置財務會計機構，配備合格的財務會計人員並保持人員的相對穩定，適時對財會人員進行培訓以提高其業務素質。財務人員發生變化時，應按規定辦理財務交接手續。
項目單位應根據基金會貸款協議和有關財務制度及本辦法進行項目財務核算。第七條 各級財政部門應對本級項目辦及下級項目單位的財務會計工作進行監督和檢查。對不符合規定的作法要進行處理。問題嚴重的，應及時報上級財政和項目主管部門，經批準後，可令其停止使用貸款或收回貸款。同時，項目單位要接受經授權的審計部門的審計。第二章 資金籌集與管理第八條 基金會貸款項目的資金包括三部分：（1）基金會貸款；（2）國內外贈款；（3）國內配套資金。
基金會貸款系指通過財政部和農業部轉貸並按貸款協議的規定從基金會提取的未償還的貸款資金。
國內外贈款系指國際組織、外國政府、國內外企業和個人專為基金會項目所提供的贈款。
國內配套資金系指地方各級有關部門（包括財政、計委、銀行、農業等部門）為項目提供的有償和無償配套資金及勞務投資。第九條 財政部門應按貸款協議的規定，在外匯指定銀行設立美元特別帳戶，用於存入基金會預撥的貸款資金和補充撥入的貸款資金，支付應由貸款資金負擔的合格費用。第十條 各級財政部門應在有關銀行設立項目開發專用帳戶，用於存入外匯兌換成的人民幣貸款資金、上級部門劃撥的貸款資金、國內外贈款及有關配套資金，各級項目單位也應在有關銀行設立相應的項目開發帳戶。第十壹條 貸款協議生效後，項目單位發生的費用，應按基金會規定的程序和比例報帳提款。第十二條 項目單位應根據貸款和轉貸款協議以及項目評估報告的規定和已批準的年度工作計劃，及時籌集配套資金，保證各項資金按時到位並合理使用。第十三條 捐款中的外幣現金捐贈，按照實收的金額以當時匯率折合成人民幣計價。實物捐贈中附有發票的，按發票所列金額計價，無發票的，參照同類實物的國內或國際市場價格計價。第三章 資產管理第十四條 資產系指整個項目投資所需的流動資產和固定資產，應由基金會貸款資金和配套資金解決，並按有關財務制度進行核算和管理。第十五條 流動資產包括現金、各種存款、應收票據、應收帳款、預付帳款、其他應收款以及存貨等。各單位應按有關的財務制度規定，對流動資產進行核算和管理。第十六條 固定資產系指使用期限超過壹年，單位價值在規定標準以上，並且在使用過程中保持原有實物形態的資產，包括房屋、建築物、機器設備、運輸設備、工具器具等。固定資產等物資的采購要按照貸款協議、基金會《采購指南》的要求以及省級財政部門和項目辦的有關規定進行。第十七條 項目單位對上述固定資產和其他形式形成的固定資產，應按有關的財務制度規定進行計價、折舊、變賣、報廢等財務處理，並設置固定資產帳，單獨反映固定資產增減、結存及折舊情況。固定資產的購置、轉移、變賣及報廢清理時，需經財政和項目主管部門***同審批。