吳彥祖主演的電影有《寶貝計劃》《單身男女》《門徒》《竊聽風雲》《槍王之王》。
1、《寶貝計劃》
《寶貝計劃》是由陳木勝執導，成龍、古天樂、許冠文、高圓圓、吳彥祖等領銜出演的喜劇動作片。影片講述了壹對小偷在偷到了壹個小孩之後發生的壹系列令人啼笑皆非而又感人的故事。影片於2006年9月29日上映。
2、《單身男女》
《單身男女》是杜琪峰執導的壹部都市愛情電影，由古天樂、吳彥祖、高圓圓領銜主演，於2011年3月31日在中國內地上映。影片以辦公室為背景，講述了蘇州女孩程子欣與金融才俊張申然、建築師方啟宏三人的職場戀情。
3、《門徒》
《門徒》是由爾冬升執導，陳可辛監制的犯罪劇情片，由劉德華、吳彥祖、張靜初、古天樂、袁詠儀領銜主演，於2007年2月13日在中國內地和香港同步上映。影片講述了警察阿力為掌握整個販毒王國的販毒證據，他在做臥底期間和毒梟昆哥鬥智鬥勇的故事。
4、《竊聽風雲》
《竊聽風雲》是銀都機構有限公司、博納影視娛樂有限公司、上海天娛傳媒有限公司等聯合出品的香港警匪電影，由麥兆輝、莊文強執導，古天樂、劉青雲、吳彥祖、張靜初等人主演。
該片講述了三名警察在利益誘惑下進行竊聽交易並銷毀證據，但最終難逃殺戮的悲情故事。2009年7月24日於中國內地上映。
5、《槍王之王》
《槍王之王》是由爾冬升執導，古天樂、吳彥祖、李冰冰、蔡卓妍領銜主演的動作電影，於2010年7月2日在中國內地上映。
是延續電影《槍王》和《旺角黑夜》劇情的續集。該片講述外匯基金經理關友博與警官莊子維亦敵亦友的雙雄鬥智，同時牽出關友博與安娜、婷婷之間的三角戀故事。