2006年1月《國務院關於加強地質工作的決定》頒布後，國土資源部、財政部密切配合，籌建基金管理機構和啟動中央地勘基金同步進行，於2007年6月發布了《中央地質勘查基金（周轉金）管理暫行辦法》，確立了地勘基金運行和管理制度的總體框架，落實了20億元的啟動資金。同年11月，啟動了首批126個試點項目，安排勘查投入5.7億元。項目實施總體順利，取得了壹批較好的找礦發現，特別是內蒙古鄂爾多斯煤田項目預期可提交煤炭資源量近200億噸，將為當地經濟社會發展和國家能源基地建設提供堅強保障。
在項目組織實施穩步推進的同時，為完善地勘基金運行機制進行了大量調研，在項目招投標、監理、權益處置等方面已經研究提出了相應的制度和辦法。同時，開展了“中央地質勘查基金項目規劃（實施方案）編制研究”、“重要礦產資源戰略儲備研究”、“國家出資勘查形成的礦業權價款折股股權管理研究”、“中央地勘基金項目管理研究”、“中央地勘基金管理專家隊伍建設和辦公自動化建設”、“中央地勘基金參與國外礦產資源勘查開發政策研究”等六個研究課題，進壹步推動制度建設，逐步完善地勘基金運行機制。
目前，基金管理機構人員基本到位，內部管理制度基本建立，機構運轉總體順暢，職責任務進壹步落實，各項工作正有序展開。
自2006年中央地質勘查基金設立至今，全國已有26個省（區、市）設立了省級地勘基金。2011年全國地勘基金投資總額達到85億元，已占到固體礦產勘查國家財政投資的86.30%。兩級地勘基金已成為國家財政資金投入礦產資源風險勘查的主體部分，成為我國化解礦產勘查風險、活躍商業性礦產勘查、實現找礦重大突破的重要拉動力量 。
從運行情況看，中央地勘基金重點投資非油氣能源礦產和國家急缺的重要金屬礦產，適當兼顧稀土等保護性開采的優勢礦產；省級地勘基金投資方向主要為礦產資源勘查，同時投入相應的基礎性、公益性地質工作，投資勘查的礦種主要為國家及地方緊缺、大宗重要礦產和地方優勢、特色礦種。實施中，為了使兩級基金在找礦突破中形成合力，中央地勘基金管理中心在全面總結此前探索的兩級基金實施項目對接經驗的基礎上，向國土資源部、財政部提出了在兩級基金間實行協調聯動的構想，得到了兩部的大力支持。2011年1月，兩部聯合印發了《關於建立中央地質勘查基金與省級地質勘查基金協調聯動機制的指導意見》，從而在兩級基金間構建了投資重點各有側重、投資方向相互銜接的機制，找礦成效進壹步提升，兩級地勘基金陸續產生壹批有重大影響的找礦成果。其中，中央地勘基金大營鈾礦的發現，打破了我國沒有國際級大鈾礦的局面；新疆坡北鎳礦實現了找礦重大突破，樹立了拉動社會資金投入礦產勘查的典範。當年，省級地勘基金新發現礦產地94處，其中大型礦產地35處、中型礦產地32處。