根據章程，中國少數民族文物保護協會設會員代表大會、理事會、常務理事會;會長、副會長、秘書長。常務理事、理事有來自中國***產黨、民主黨派、人民團體、學術界、經濟界、企業界、宗教界、文藝界、新聞界、外交界、教育界等各方面的熱心中國少數民族文物保護、搶救、開發事業的專家、學者和單位。
中國少數民族文物保護協會設秘書處，負責處理日常工作，下設辦公室、財務部、會員部。還設若幹專業委員會和文物保護基金、調研部及人才培訓交流中心、信息中心，分別負責各項業務工作。
中國少數民族文物保護協會英文譯名為China Association for Preservation of Ethmic Minorities’Relics，英文縮寫為CAPEMR。
工作委員會包括
民族文物鑒定專業委員會
文化藝術工作委員會
對外合作聯絡工作委員會
民族文化產業發展委員會（與中國少數民族文化藝術促進會***建）
影視專業工作委員會
民族民居研究會
民族傳統技藝研究會
巴人文化研究會
本會吸收團體會員和個人會員。有關社會團體和企事業單位都可申請為本會團體會員。本會所屬地方團體會員名單如下:
常務理事單位（團體會員單位）
中國少數民族文物保護協會理事單位
內蒙古博物館
寧夏回族自治區博物館
甘肅省博物館
廣西民族博物館
西藏博物館
青海省博物館
中央民族大學博物館
中南民族大學民族學博物館
海南省民族博物館
甘肅省臨夏回族自治州博物館
湖南省湘西土家族苗族自治州博物館
吉林省延邊州博物館
內蒙古泰和博物館
北京市原宣武區回民小學教育基地
河北省豐寧縣滿族自治縣滿族博物館
山東省煙臺市博物館
山東省長島縣博物館
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