根據上述職責，阿壩州人力資源和社會保障局設19個內設機構：
（壹）辦公室
擬訂年度工作計劃和總結，負責機關文電、會務、文秘、機要、檔案、目標管理、信息、安全、保密以及政務協調、政務公開、應急管理、督查督辦、績效考核、機關運轉、後勤保障以及機關財務和國有資產管理等工作；負責機關和直屬事業單位的機構編制、人事管理、工資福利、職稱評聘、人事檔案管理及離退休人員管理服務等工作。承辦局機關和直屬事業單位人事制度改革工作；管理局機關公***行政及事務工作；監督管理局直屬事業單位的財務工作；組織辦理單位史誌、年鑒、大事記起草修訂及人大代表建議、政協委員提案等工作。
（二）政策法規科（行政審批科）
組織開展人力資源和社會保障政策的綜合研究工作；負責起草人力資源和社會保障地方性規章和規範性文件草案，負責本系統、本部門依法行政工作；承擔相關行政執法監督、行政復議、行政應訴和行政調解工作，承擔有關規範性文件的合法性審核及報送備案工作；承擔重大綜合性文稿及政策性文件審核、重大課題調研、新聞宣傳等工作；承擔有關行政審批事項。
（三）綜合規劃科
負責擬訂人力資源和社會保障事業發展規劃和年度計劃；負責有關人才規劃、信息規劃和項目規劃工作；承擔有關科技項目和國際援貸款項目管理工作；承擔人力資源統計管理工作；會同有關部門編制全州及州本級社會保險基金預決算草案。加強信息化建設和綜合管理工作；負責全州人力資源和社會保障電子政務工程建設和綜合管理工作，並組織實施。
（四）就業促進與失業保險科
負責擬訂就業規劃和年度計劃、以及勞動者平等就業、農村勞動力轉移就業、參與擬訂專項就業資金使用管理辦法；健全公***就業服務體系；指導和規範公***就業服務信息管理；牽頭擬訂和實施高校畢業生就業政策，會同有關部門組織實施高校畢業生服務基層項目；擬訂和實施創業、就業援助和特殊群體就業政策；擬訂國（境）外人員（不含專家）來州就業管理政策；擬訂全州失業保險政策、規劃和標準以及失業保險基金管理辦法並組織實施。建立全州失業預警制度，擬訂預防、調節和控制較大規模失業的政策。擬訂經濟結構調整中涉及職工安置權益保障的政策。
（五）勞動關系科
負責擬訂勞動關系政策；牽頭擬訂勞動合同和集體合同制度實施規範和工資集體協商規則；擬訂企業職工工資收入分配的宏觀調控政策，擬定全州工資指導線和最低工資標準政策。指導和監督企業工資總額管理和企業負責人工資收入分配；指導勞動標準制定工作；擬訂消除非法使用童工政策和女工、未成年工的特殊勞動保護政策；審核並發布地方勞動定額標準；負責企業經濟性裁員的備案工作；負責勞動關系三方協調工作機制日常工作。
（六）人力資源市場科（農民工工作科）
負責人力資源市場發展政策和規劃、人力資源服務機構市場準入管理制度政策的貫徹落實；負責擬訂和實施全州勞務開發及農民工工作綜合性政策和規劃並推動相關政策的落實；承擔指導和監督對職業中介機構的管理；協調解決處理涉及農民工的重點難點問題和重大事件，維護農民工合法權益。
（七）培訓與職業能力建設科
負責擬訂並實施公務員培訓以及專業技術人員繼續教育規劃和計劃，城鄉勞動者職業培訓政策、規劃以及高技能人才、農村實用人才培養和激勵政策；在國家、省教育工作方針政策指導下，擬訂職業培訓機構發展規劃和管理規則，指導師資隊伍和教材建設；完善和實施職業技能資格和職業技能鑒定工作制度；研究提出貫徹國家職業分類、職業技能國家標準和行業標準的意見。
（八）公務員職位管理科
組織擬訂全州實施公務員管理法律、法規、規章的意見和實施情況的監督檢查；貫徹落實公務員行業規範、職業道德建設和能力建設政策；組織實施事業單位參照《公務員法》管理工作；完善和實施公務員、參照《公務員法》管理人員的日常登記具體辦法；實施公務員職位分類標準和管理辦法；貫徹落實聘任制公務員管理的具體辦法；完善和實施公務員職務任免與升降、競爭上崗、交流與回避等制度；承擔州級行政機關公務員及參照《公務員法》管理人員的調配工作；承辦提請州人大常委會和州政府決定的人事任免事項。
（九）公務員考錄獎懲科
完善全州公務員考試錄用、考核獎勵制度；組織實施全州機關公務員、參照《公務員法》管理單位工作人員的考試錄用工作，擬訂新錄用人員試用期管理辦法的具體措施，貫徹執行公務員錄用考試違紀違規行為處理辦法；負責州級機關公務員日常考核、年終考核及各縣公務員年度考核指導工作；負責綜合管理政府獎勵表彰工作；實施國家榮譽制度、政府獎勵制度；組織實施以州政府名義獎勵表彰的活動；審核州直部門全州性評選表彰工作方案和表彰對象；承辦公務員和公務員集體記二等功及以上獎勵事項；承擔州級行政機關公務員和公務員集體獎勵實施方案審核工作。完善和實施公務員申訴控告、懲戒、辭職辭退等制度，審核報請州政府批準的處分。
（十）專業技術人員管理科（阿壩州職稱改革領導小組辦公室）
綜合管理全州專業技術職稱、專家工作；負責擬訂全州專業技術人員管理和繼續教育政策；完善博士後管理制度，承擔高層次專業技術人才規劃和培養工作；深化職稱制度改革，完善專業技術人員職（執）業資格制度，承擔州職稱改革領導小組的具體工作；負責各類專業技術人員資格（水平）考試的管理及資格證書的核準、審驗工作；貫徹執行省吸引留學人員來川（回川）工作或定居以及國（境）外機構在川招聘專業技術骨幹的有關政策。
（十壹）事業單位人事管理科
負責指導和組織實施事業單位人事制度改革和人事管理工作；擬訂並實施事業單位工作人員和機關工勤人員管理、考核、獎懲及人員調配等政策；按照管理權限，承辦事業單位崗位設置、聘用及管理工作，完善機關事業單位工勤人員崗位等級規範；擬訂事業單位公開招聘人員[含招聘國（境）外非專家人員]政策並組織實施；承辦州級事業單位工作人員和機關工勤人員的管理及人員調配工作。
（十二）工資福利與退休科
綜合管理全州機關、事業單位工作人員的工資、福利和退休、退職工作；擬訂全州機關、事業單位工作人員工資、福利、工齡計算、離退休、退職及受處分人員工資待遇政策並組織實施；負責州屬機關事業單位的工資基金管理工作，承擔州屬事業單位工作人員的工資總額管理工作；負責全州機關事業單位人員獲獎提高退休費待遇工作；負責機關事業單位工作人員的艱苦邊遠地區津貼、崗位津貼工作，配合有關部門做好公務員的津貼補貼工作；負責全州機關事業單位工資統計與綜合分析工作。
（十三）養老保險科
負責擬訂城鎮基本養老保險發展規劃，統籌擬訂機關、企事業單位、城鎮居民和新型農村社會養老保險政策並組織實施。擬訂退休人員社會化管理服務規劃和政策。會同有關部門審核關閉破產企業養老保險費欠費核銷，完善和實施企業職工離退休政策。負責審核辦理企業職工提前退休人員相關手續。會同有關部門擬訂農村社會保險基金管理辦法。完善被征地農民社會保障措施。
（十四）醫療與生育保險科
負責統籌擬訂城鎮職工醫療保險、城鎮居民醫療保險、生育保險政策、規劃和標準並組織實施；擬訂醫療保險、生育保險基金管理辦法和保險費率確定辦法以及藥品、診療項目、醫療服務設施的範圍及支付辦法；組織擬訂定點醫療機構、定點零售藥店的醫療保險和生育保險服務管理、結算辦法及支付範圍；擬訂疾病、生育停工期間的津貼標準；擬訂補充醫療保險政策和管理辦法。
（十五）工傷保險科（阿壩州勞動能力鑒定委員會辦公室）
負責擬訂全州工傷保險政策、規劃和標準以及工傷保險基金管理辦法、待遇項目。擬訂全州工傷預防、認定和康復政策並組織實施。組織擬訂定點醫療機構、藥店、康復機構、殘疾輔助器具安裝機構的資格標準；指導、監督工傷傷殘等級鑒定工作。
（十六）社會保險基金監督科
負責擬訂社會保險基金監督制度；擬訂社會保險基金管理辦法和預警制度。依法監督社會保險基金征繳、支付、管理和運營；完善內控制度，組織對社會保險經辦機構內部控制的評價；查處基金安全的違規違紀案件；參與擬訂全州社會保障資金（基金）財務管理制度；參與擬訂社會保障基金投資政策。
（十七）調解仲裁信訪科（阿壩州勞動人事爭議仲裁委員會辦公室）
統籌擬訂和實施全州勞動、人事爭議調解仲裁工作規劃和相關規定；指導和協調全州勞動、人事爭議調解仲裁工作；指導開展全州勞動、人事爭議預防工作；依法組織協調處理跨地區的重大勞動、人事爭議；承擔勞動、人事爭議仲裁員的有關培訓和管理工作；負責全州勞動、人事爭議處理情況的統計分析和上報工作。貫徹執行黨和國家、省、州有關信訪和穩定工作的法律、法規及政策；研究分析全州人力資源社會保障系統信訪及穩定工作情況；負責協調相關科室和下屬事業單位接待、處理人民群眾來信來訪工作；督查督辦重大信訪和涉穩事件；協調處理群體性突發事件；檢查指導全州人力資源和社會保障系統信訪與穩定工作。
（十八）勞動監察科
負責擬訂勞動保障監察工作規劃和制度；組織實施勞動保障監察，依法督辦重大案件；指導各縣開展勞動保障監察工作；協調跨區域勞動者維權工作，組織處理有關突發事件；負責勞動監察員培訓和管理工作。協調解決處理涉及農民工的重點難點問題和重大案件，維護農民工合法權益。
（十九）引智與外國專家工作科（阿壩州引進國外智力領導小組辦公室）
負責擬訂全州引進國（境）外智力的政策、中長期規劃並組織實施；制訂全州引進國外智力項目的年度計劃並組織實施；歸口管理在州工作的外國專家，協助辦理外國專家來華工作許可。承擔引進國外智力專項經費的管理工作。負責全州派遣團組和人員赴國（境）外培訓工作，負責全州聘請外國專家資格單位的管理並開展年檢工作；負責引進國（境）外智力的宣傳、安全、保密工作；承辦對有突出貢獻的外國專家的獎勵事宜；負責引智成果的總結、鑒定和推廣工作；指導、協調各地、各部門的引智工作。承擔州人力資源社會保障方面的國際交流與合作工作。