它在水中的溶解度大於1g/L，化學性質相當穩定。水中微囊藻毒素的自然降解過程非常緩慢。當水中微囊藻毒素含量為5ug/L時，三天後只有10%被水中顆粒吸收，7%隨泥沙沈澱。微囊藻毒素具有很高的耐熱性，不能通過加熱和煮沸來破壞或去除。自來水的混凝、沈澱、過濾和加氯處理工藝不能去除它。壹項調查顯示，環湖三個水廠出廠水中檢出低濃度微囊藻毒素(128 ~ 1400 ng/L)。結果表明，常規飲用水消毒處理不能完全去除水中的微囊藻毒素。
它是壹種肝毒素，是肝癌的強促發劑。
微囊藻毒素也非常有害。MC-LR的LD50約為50~100 ug/kg。人們在洗澡、遊泳和進行其他水上娛樂運動時，皮膚接觸含有微囊藻毒素的水，會引起敏感部位(如眼睛)和皮膚過敏；少量飲用可引起急性腸胃炎；長期飲酒可能導致肝癌。醫學部門研究發現，飲用水中的微囊藻毒素與人群原發性肝癌的發病率有很大的相關性。
淡水中有許多藍藻毒素，包括作用於肝臟的肝毒素、作用於神經系統的神經毒素和位於藍藻細胞壁外層的內毒素。通常，內毒素和脂多糖被認為是同壹種物質。肝毒素包括微囊藻毒素(MC)、球孢菌素和柱狀精子蛋白。微囊藻毒素是環七肽，節球菌毒素是環五肽。神經毒素主要包括魚腥藻毒素-A、魚腥藻毒素-a(s)[anatoxin-a(s)]、石房蛤毒素、新石房蛤毒素和gonyautoxin，其中後三者統稱為。魚腥藻毒素-a是仲胺堿，魚腥藻毒素-a(s)是甲基磷酸胍，麻痹性貝毒是氨基甲酸酯。