靜安寺相傳始建於三國吳大帝孫權赤烏十年（247年），創始人為康僧會。初名滬讀重元(玄)寺，寺址位於吳淞江(今蘇州河)北岸，唐代該寺更名為永泰禪院，北宋大中祥符元年（1008年）始名靜安寺。南宋嘉定九年（1216年），因寺址逼近江岸，寺基有傾圯之危，住持仲依將寺院遷至蘆浦沸井浜畔，即現今寺址。 靜安寺遷至今址後，規模逐漸擴大，至元時，蔚成巨剎。寺內有8處名勝，即：三國時所立“赤烏碑”、南北朝時所植“陳朝檜”、原於神僧智嚴異行而流傳的“蝦子潭”、南宋仲依所建“講經臺”、沸井浜中突沸的“湧泉”、詩僧壽寧所築方丈室“綠雲洞”、行人取道渡吳淞江的古渡口“蘆子渡”、東晉遺存防禦海寇的“滬瀆壘”。壽寧搜集歷代詩人題詠，編為《靜安八詠集》行世，靜安寺由此聲名遠播。明洪武二年(1369年)，鑄洪武大鐘，耗銅六千斤，上有“洪武二年鑄，祝皇太子千秋”銘文，至今嗚響大殿，聲洪震遠。
清初以來，靜安寺屢經興廢。雍正年間，住持孚庵，因寺院田產案勝訴，維護了靜安寺的田產，並勒石記其事。迨至清乾隆六年（1741年），禮部侍郎麥煥出資重修大殿。乾隆四十三年(1778年)，歙人孫思望倡議捐資重修殿堂。上海道(長白)盛保又修建寺前湧泉亭，並於寺東建報恩院供僧眾居住，捐田24畝供香火。。寺僧大海，曾將寺內被火焚余的宋代銀杏樹幹，雕成十八尊羅漢及壹尊韋馱像於寺內供奉。鹹豐同治之際，靜安寺毀於太平天國戰火，唯余壹座大住持殿。
住持鶴峰在縉紳李朝觀、姚曦、浙江富商胡雪巖等資助下，於光緒六年(1880年)重建靜安寺，翌年四月初八寺宇落成，按佛教儀軌舉行隆重的浴佛節，四眾雲集，車水馬龍，商賈輻，蔚為奇觀。自此形成有名的壹年壹度靜安寺廟會，“三月三到龍華(看桃花)，四月八到靜安(逛廟會)”遂成為滬上民諺民俗。
靜安寺舊有“靜安八景”之說。古寺山門前的湧泉，被譽為“天下第六泉”。 太平天國時期 靜安寺遭兵燹，至同治年間（1862～1874年），僅存1座大殿。光緒初年，大殿塌記。光緒三年（1877年）住持僧鶴峰募捐重建山門和佛殿，因捐資不繼，被迫停工，致使佛像戴笠披蓑，受雨淋日炙數年。後由李朝覲、唐景星等人合力勸募，並得邑紳姚曦、徽商胡雪巖等捐助，於光緒六年三月開工續建，次年四月初八日落成。僧鶴峰等勒碑記其事。此後靜安寺多次修葺。光緒九年(1883)由李朝觀作記、住持鶴峰勒碑，《重建靜安寺記》碑文今仍保存於大雄寶殿前壁。 光緒二十年(1894)住持正生於大殿左右兩側增建兩座樓房，再次修葺全寺，使靜安寺恢復舊觀。光緒二十五年，公***租界向西擴張至靜安寺，租界當局迫令靜安寺遷移歷代祖師墳墓，並因築路而拆除寺內大雄寶殿西側房屋。光緒三十年(1904)在上海南翔建“靜安南翔塔院”壹座，將靜安寺歷代祖師靈骨遷葬該院，並建祖師祠，供歷代祖師牌位。塔院旁建有僧舍，派專人管理。直到民國年間，尚有七十三間房屋，土地六十四畝。 1912年至於1916年，靜安寺成為上海和全國佛教活動的重要寺院之壹。1912年，第壹個全國性佛教組織——中華佛教總會成立，會址設於靜安寺，著名愛國詩僧寄禪(八指頭陀)任會長。次年，寄禪為保護全國寺廟財產，赴京請願未果，不幸圓寂於北京法源寺。上海及全國佛教界在靜安寺召開追悼大會，太虛大師在會上提出“教理、教制、教產”三大革命說，對全國佛教影響很大。1913年3月，中華佛教總會在靜安寺如開首次全國代表大會，會議推選冶開、熊希齡為會長，清海為副會長，圓瑛為參議長。
1919年，寺前填浜擴路，築成通衢，命名為靜安寺路(即今南京西路)，滬西壹帶日見繁榮，香火鼎盛，禮佛遊覽者洛繹不絕。寺宇不敷應用，1920年，寺僧常貴會同滬紳姚文棟等人在大殿東興建三聖殿，基本形成寺院之主體格局。
靜安寺又幾度興修。民國10年（1921年），滬西壹帶日益繁榮，靜安寺香火旺盛，寺宇不敷應用，僧常貴及紳董姚文棟等，將寺產積余資金，在大雄寶殿以東空地上建l座三聖殿，擴充寺基至5畝。民國34年，回靜安寺兩邊商店林立，山門被遮蔽，住持德悟和監院密迦在原山門東首另建新山門，並由鄧散木題額：靜安古寺。次年，在新山門前建成1座印度阿育王式石幢，稱“梵幢”，以為佛寺標誌，並疏浚湧泉，整修全寺殿宇，使之面貌壹新。
1930-1940年，誌法、誌汶先後出任住持，任內無所建樹，而寺產糾紛興訟不斷，留下許多後患。1941年，德悟法師繼任住持，革弊圖新，轉向佛學教育，註重佛學研究，曾舉辦數十次佛學講座，分別禮請應慈、圓瑛、芝峰、丁福保、趙樸初、蔣竹莊等高僧、大德主講，同時成立靜安寺護法會，會同監院密迦整頓寺務，寺風頓有起色。 抗日戰爭 抗戰勝利後，在住持德悟、監院密迦主持下，在原山門之東，另建壹座仿唐新山門，由鄧散木(鐵翁)題額“靜安古寺”。並在新山門前、“天下第六泉”井欄壹側，豎立壹座古印度阿育王式梵幢，成為靜安寺標誌。工程竣工後，又逢四月初八日佛誕及靜安佛學院開學，在揭幕典禮上，太虛大師以三喜臨門，親自主持剪彩，拈香禮佛，歡喜贊嘆。與會僧俗逾萬人，成為當時滬上佛界壹大盛事。
在此期間，靜安寺還於寺後門向華山路，創辦靜安小學。於南翔建立靜安農村實驗學校。該校由持松、白聖、趙樸初、毛效同、顧恒(暨南大學農學教授)五人任董事，由大同法師主持教務。兩校經費均同靜安寺負擔。 解放戰爭 1947年春，住持德悟、監院密迦委托周孝廉、奚亞夫二律師，聯名致函上海市佛教會，主動提出願將靜安寺由子孫剃度制改為十方叢林選賢制。請市佛教會主持推賢選能繼任靜安寺方丈。同時，靜安寺會體僧眾也贊同德悟、密迦這壹建議，亦函呈上海市佛教會請求改制選賢。於是，上海市佛教會尊重住持德悟法師及全寺僧眾願望，於是年農歷三月二十九日，召集諸山長老、護法居士及全寺僧眾，舉行會議，壹致決定該寺改為永久十方叢林，並公推持松法師為改制後首任住持，兼任靜安佛學院院長。持松法師接任時，提出四項要求：“壹、靜安寺既定為十方叢林，今後住持選舉，應由佛教會會同本市諸山代表及本寺兩序大眾公推，以示大公而杜流弊。二、靜安寺應作為佛教文化事業中心，逐漸減少酬應，以期成為純粹弘法之道場。三、寺內經濟應行公開，盡力所及，舉辦佛教慈善公益事業，以符佛陀救世利生之旨。四、本人潛心內學，不善外緣，重違大眾囑托，除寺內行政大計如需本人主持外，其余事務，概由監院領導諸執事分別負責。所有瑣務應酬，幸勿相累。”獲得與會者壹致通過。持松法師擔任住持後，任命白聖為監院，四項規約，得以實施，寺務大有進展。
靜安佛學院建於1946年春，聘太虛大師為首任院長。後持松法師繼任院長，白聖為副院長。育枚為教導主任，圓明、守成、妙然先後任監學。師資壹時稱盛：原金陵大學哲學系主任本光法師講授佛學概論、比較宗教學、唯識論等課程，道源法師講授“賢首教儀”，度寰法師講授因明學，林子青教授講印度佛教史，關德棟、陳詒先教授先後講國文，秀奇法師講授美術。學僧行後就讀者近百人。學風嚴謹，學術氣氛甚濃厚，來院作講座的先後有太虛大師、北平中國佛學院院長周叔迦、法舫法師、能海上師、雪嵩法師、暨南大學牟潤孫教授、金陵大學文學院院長倪青原教授等。第二年，學僧自己創辦了《學僧天地》雜誌，除發表本院學僧研究文章外，為《學僧天地》撰搞的著名人士有南洋慈航法師、佛教學者大醒、法尊、靄亭、南亭、雪嵩、演培、北京大學東方語言學系主任季羨林、著名教育家、作家葉聖陶先生等。因經費困難，僅出六期，但在佛教界有壹定影響。1948年初，靜安佛學院曾易名為靜安學苑。
1948年初，靜安寺撥出沿街樓房壹處，創立佛教平民診療所，持松法師任所長，白聖任副所長，秀奇、樂觀先後任事務主任，聘費仲華、鄭葆湜、李光佑為內外科主任，李根源為牙科主任。面向貧病之眾，施診給藥，救難拯貧，慈悲濟世。為籌募醫療基金，由持松法師發起，敦請海內書畫名家捐贈作品，舉行義展。當時有張大千、鄧散木、唐雲、白蕉、鄭午昌、馬公愚、施叔範、張炎夫、申石伽等三十多位名家義贈書畫、扇面二百余件，滬上各大報均以壹定篇幅報道靜安寺佛教平民診療所的施診盛況。這壹慈善事業，深得社會群眾嘉許。 建國後，上海市人民政府兩次拔款修理靜安寺，成立修復委員會，由圓瑛、持松、葦舫、清定、趙樸初等十四人為委員，圓瑛任主任。
市人民政府將靜安寺列為市級文物保護單位，並於1951、1954年2次撥款***2萬多元對靜安古寺進行修復。1953年4月，住持持松法師在寺內復興自唐代以來失傳已久的全國唯壹的真言宗（密宗）壇場，接續了我國自五代以來失傳已久的東密。是年5月20日（農歷四月初八日）舉行開光儀式。壇場設於法堂樓上。中間主壇稱“大壇”，是修法時主要壇場，供奉毗盧遮那如來、不動明王、愛染明王三尊塑像。左壇稱“護摩壇”是修法時焚點乳香等作為供養的壇場，上供普賢延命金剛，後掛“金剛界大曼荼羅”。右壇稱“聖天壇”，上供如意輪觀音菩薩，後持“胎藏界大曼荼羅”。東西兩壁掛傳承真言宗的八大祖師畫像，分別為龍猛、龍智、金剛智、不空、善無車、壹行、惠果、空海。東邊壹室，中供孔雀明王，兩壁掛密跡金剛和真言宗歷代祖師法系表。西邊壹室，左供奉大黑天，右供奉訶利帝母。兩壁掛十二諸天：東壁為月天、地天、毗沙門壹、風天、水天、羅剎天；西壁為日天、梵天、伊舍那天、帝釋天、火天、炎摩天。從此，在持松法師主持下，寺內日常修習密法，每年春秋兩季舉行修法大會，傳授密法，為弟子灌頂。每逢香期佛誕，全寺開放，香客遊人，壹時稱盛。1966年“文革”中，寺廟遭受嚴重沖擊，佛像被毀，法器文物等劫掠壹空，僧眾被逐，整座寺宇被改為工廠。 嗣後每逢春秋兩季舉行修法大會，傳授密法，逢農歷正月初壹及四月初八日（佛誕日）對外開放，遊人前往瞻仰、禮佛者眾多。 文革時期 1966年“文化大革命”開始，靜安古寺遭受嚴重沖擊，住持持松法師遭到迫害，所有佛像、法器悉被搗毀，僧眾被迫還俗，寺舍被占用。1972年，大雄寶殿失火焚毀，古剎廢圮。
中***十壹屆三中全會後，宗教政策逐步落實。1983年，國務院確定靜安古寺為漢族地區佛教全國重點寺廟之壹。1984年，成立靜安古寺修復委員會，由上海市佛教協會副會長賈勁松居士主持按歷史原貌修復。是年，市人民政府又撥專款30萬元。至1990年，靜安古寺修復工程基本完成。經全力修復，1998年，為配合軌道交通2號線靜安寺站的建造，靜安寺又壹次進行了改造。現為上海市中心地區佛教開放場所之壹。1983年，靜安寺被國務院列為全國漢族地區佛教重點寺院之壹。這是黨的十壹屆三中全會之後，拔亂反正，黨的宗教信仰自由政策，得到認真落實，靜安寺也進入了壹個新的發展時期。1984年，上海市佛教協會成立靜安寺修復委員會。由會長真禪法師任主任，副會長賈勁松副主任。在廣泛征求佛教界及有關專家學者意見的基礎上，決定按原樣恢復。僧人也陸續返寺，壹批幸存的古文物也相繼歸還。1985年靜安寺修復開放後，淦泉法師任住持。 現代 在黨和政府的領導關心下，全寺僧職人員***同努力，堅持農禪並重的傳統，勤儉起家，從零開始，自養自立，香火日盛，法務再興。1985年，靜安寺修復真言宗密壇期間日本高野山真言宗第二次“空海入唐求法至長安之路”訪問團參訪靜安寺，團長內海有昭、副團長靜慈圓、秘書長前有隆，贈送了部分密壇法器，使真言宗壇場得以較快恢復。同時建立了“持松法師紀念室”，陳列持松法師海內外弘法的照片、生前著作、書畫作品、日常起居用具等。1987年，度寰法師任住持。1988年，新建大雄寶殿，由趙樸初居士題額。
1988年3月度寰法師圓寂後，同年10月，由真禪法師兼任靜安寺方丈。香港李國慶居士夫婦捐獻漢白玉觀音菩薩立像壹尊，供奉於圓通殿。次年，新加坡居士劉庚宇等捐資從緬甸請回高3.6米的釋迦牟尼玉佛坐像，供奉於大雄寶殿。1994年，新建三層樓僧寮與上客堂，文物樓、寺務處辦公室先後落成。是年十月舉行持松法師誕辰壹百周年紀念與持松法師佛學思想研討會，美、日、新加坡、馬來西亞、菲律賓、印尼等國及港臺地區佛教界友好人士、北京、江浙鄂皖、本埠諸山大德、學者專家、護法居士近千人與會，盛況空前。落實政策以來的十年，靜安寺的發展與修復成就，超過了以往任何歷史時期。
此外，建於明正德年間的位於寶山區羅店鎮上的玉皇宮，於1988年改稱梵王宮，作為靜安寺下院，由靜安寺前監院從達法師住持。靜安寺在自身修復的情況下，仍然拔出款項，支持梵王宮的修建開放。1993年，梵王宮改名“寶山凈寺”，更具規模。中國佛教協會會長趙樸初曾親赴禮佛，並為安養院題辭：“老有所終，大同理想。報眾生恩，法老為上。如奉父母，如敬師長。美哉梵宮，不殊安養。”
1995年底，慧明法師調來靜安寺任監院。1996年初，成立了以德悟法師為主任的新的寺務委員會，在集體領導和民主管理方面又遇上新臺階。期間，慧明法師作為中國佛教代表團成員，出席了在韓國舉行的中日韓佛教友好研討會漢城大會，出席了尼泊爾藍毗尼阿育王石柱發現壹百周年慶典以及由中國援建的“中華寺”奠基儀式。他在參訪尼泊爾加德滿都斯瓦聲楊布寺時，請回了佛陀舍利。