1、發行規模不同：上交所和深交所私募債發行規模多在億元左右，天交所、前海股交中心、重慶股權轉讓中心等區域性股權交易中心發行規模多在千萬元左右；
2、服務區域不同：根據證監會《關於規範證券公司參與區域性股權交易市場的指導意見（試行）》，規定“區域性市場是為市場所在地省級行政區域內的企業特別是中小微企業提供股權、債券的轉讓和融資服務的私募市場，接受省級人民政府監管。原則上不得跨區域設立營業性分支機構，不得接受跨區域公司掛牌。”因此，各區域股權中心私募債發行人主要為本地中小企業。而上交所、深交所服務全國的中小企業；
3、承銷機構不同：上交所、深交所承銷機構為通過證券業協會審核的資質證券公司；區域股權交易中心承銷商可有註冊的投資公司、擔保公司、銀行、私募基金擔任，條件相對寬松；
4、合格投資人部分不同：深交所合格投資人為機構投資者，上交所為機構及自然人，區域股權中心基本都允許自然人投資私募債。
二、私募債券的發行相對公募而言有壹定的限制條件，私募的對象是有限數量的專業投資機構，如銀行、信托公司、保險公司和各種基金會等。壹般發行市場所在國的證券監管機構對私募的對象在數量上並不作明確的規定，但在日本則規定為不超過50家。這些專業投資的投資機構壹般都擁有經驗豐富的專家，對債券及其發行者具有充分調查研究的能力，加上發行人與投資者相互都比較熟悉，所以沒有公開展示的要求，即私募發行不采取公開制度。購買私募債券的目的壹般不是為了轉手倒買，只是作為金融資產而保留。日本對私募債券的轉賣有壹定的規定，即在發行後兩年之內不能轉讓，即使轉讓，也僅限於轉讓給同行業的投資者。