申請人如對不予資助決定有異議，並有明確的理由，可向自然科學基金委提出不予資助項目復審申請，相關註意事項詳見附件。醫學領域面上項目、青年科學基金項目和地區科學基金項目不予資助項目的復審工作註意事項將另行通知。
法律依據：《國家自然科學基金條例》第十七條規定：基金管理機構根據本條例的規定和專家提出的評審意見，決定予以資助的研究項目。基金管理機構不得以與評審專家有不同的學術觀點為由否定專家的評審意見。
基金管理機構決定予以資助的，應當及時書面通知申請人和依托單位，並公布申請人基本情況以及依托單位名稱、申請基金資助項目名稱、擬資助的經費數額等；決定不予資助的，應當及時書面通知申請人和依托單位，並說明理由。基金管理機構應當整理專家評審意見，並向申請人提供。
有異議可提出復審：
自然科學基金委各科學部負責受理復審申請。請註意，具有《辦法》第八條所列以下情形之壹的復審申請將不予受理：
（壹）非項目申請人提出復審申請的；
（二）提交復審申請的時間超過規定截止日期的；
（三）復審申請內容或者手續不全的；
（四）對評審專家的評審意見等學術判斷有不同意見的。
對不予受理的復審申請，由科學部告知復審申請人不予受理決定和原因。依托單位科研管理部門可通過信息系統隨時查看本單位復審申請人復審申請的提交情況與處理結果。
非集中接收期受理項目的不予資助復審工作參照上述程序進行。