國際愛護動物基金會認為，野生動物同人類壹樣需要良好的生態環境來繁育發展，而造成某些野生動物滅絕的最大威脅是其自然棲息地的喪失。野生動物賴以生存的棲息地在人口激增、城市化、工業、貿易全球化及與其他優先用地的競爭中受到極大的威脅，它們被迫離開原來的棲息地，同時遷徙路線被擾亂，繁殖地遭到破壞。在這種嚴峻的情況下，國際愛護動物基金會主張通過采取直接有效的行動為野生動物爭取盡可能多的生存空間和安全保障。其中在中國的行動主要有保護藏羚羊和亞洲象棲息地。
藏羚羊是《瀕危野生動植物種國際貿易公約》附錄I中的保護動物，是中國野生動物保護法的壹級重點保護動物，每年這種珍稀的動物仍數以千計地遭到獵殺，人們用其絨毛織成精美、柔軟的“沙圖什”披肩從事非法貿易。國際愛護動物基金會對生活在中國西部高原上的這種珍貴特有動物的保護包括：支持藏羚羊棲息地保護和反盜獵巡邏；發起沙圖什貿易市場調查；組織面向消費者的教育活動；支持各有關國家瀕危物種管理機構在藏羚羊絨非法貿易源頭、流通渠道和消費市場各個環節中的執法行動。在青藏高原的藏羚羊棲息地及周邊地區，國際愛護動物基金會通過向當地的自然保護區和反盜獵組織提供通訊器材、野外裝備和資金，印制宣傳品等各種形式幫助他們解決困難，組織巡邏，同時也註重對周圍群眾進行教育，有效地支持了反盜獵巡護工作。
2001年5月，國際愛護動物基金會與國家森林公安局在南京聯合舉辦藏羚羊保護與執法研討培訓班，來自青海、新疆、西藏三省區的三十名森林公安幹警對藏羚羊保護三省聯防機制的建立達成***識。自2002年至今，國際愛護動物基金會與國家環保總局、國家林業局、森林公安局及中國瀕危物種進出口管理辦公室合作，每年壹次召開“青海、西藏、新疆三省區藏羚羊保護研討會”。研討會對進壹步加強各省區保護區之間的合作、有力促進藏羚羊反盜獵執法活動及棲息地保護、保持青藏高原生物多樣性等方面起到積極的推動作用。2001年6月27日，國際愛護動物基金會和印度野生動物基金會在北京、新德裏和倫敦三地同時舉行《終止罪惡的貿易——拯救瀕危藏羚羊的國際行動》新聞發布會，披露了國際藏羚羊絨非法貿易現狀的最新調查結果，呼籲國際社會聯合努力保護藏羚羊，這些努力包括：專門針對時裝界開展的終止市場對沙圖什披肩需求的公眾意識宣傳，並為加工地印度的織工尋求替代產業；在藏羚羊的棲息地青藏高原堅決、持續地開展反盜獵行動和公眾意識教育活動。
亞洲象是《瀕危野生動植物種國際貿易公約》嚴格保護並禁止貿易的物種，是我國壹級保護性野生動物。然而目前在我國，野生亞洲象數量僅在250頭左右，而這僅存的250頭左右的野生亞洲象也面臨著嚴峻的生存危機，其生存的主要威脅來自於其棲息地的逐步喪失。野生亞洲象僅生活在雲南省西雙版納、思茅和臨滄地區，在過去的數十年中，人類的活動，諸如森林采伐和農業生產，使野象在雲南的棲息地大面積減少，同時也引發了當地農民與野象爭奪生存空間的矛盾。
2000年7月，為解決思茅地區的人象沖突問題，國際愛護動物基金會於2000年7月與雲南省林業廳、思茅市政府合作啟動了“中國亞洲象及其棲息地保護項目”。該項目改變以往的采取被動地、僅僅通過提供資金來對野生動物造成損失進行補償的賠償機制，轉而通過資助當地發展農村社區經濟來緩解大象活動給農民帶來的壓力。國際愛護動物基金會通過給當地社區提供“互助基金”小額扶貧貸款來鼓勵村民種植替代農作物，減少在森林中的農業活動，並響應政府的退耕還林政策以保護亞洲象的棲息地。同時該項目還為村民提供農業技術、安全教育、動物保護和棲息地保護方面的知識培訓。通過該項目的科研活動確認了大象的食物結構，根據大象對鹽的需求在森林中建立人工硝塘，吸引大象遠離農田和村莊。同時，基金會還在當地社區村寨和中小學校開展“種明白林”、“綠旗人家”評選等豐富多彩的環境教育活動。
2001年，通過國際愛護動物基金會和當地林業部門的***同努力，思茅市政府在全市範圍內頒布了壹項新的5年禁獵的通告，有效地推動了該地區對亞洲象和其他野生動物的保護工作。2003年，國際愛護動物基金會與西雙版納國家級自然保護區合作，在西雙版納成立了亞洲象保護項目辦公室。2008年歲末至2009年1月，國際愛護動物基金會和西雙版納國家級自然保護區管理局***同合作開展“09年森林與野生動物保護宣傳月”活動，這壹活動是亞洲象保護項目2008年歲末的“保護宣傳月”活動的延續。時至今日，國際愛護動物基金會於2000~2004年、2004~2008年先後在普洱和西雙版納地區開展了亞洲象保護項目的第壹期與第二期。現在正在開展亞洲象保護項目的第三期。