1、時間區別
申購和認購主要看基金發行流通處在哪種程度。基金申購，是在基金已經正式流通運作時的購買；基金認購則是基金還在募集資金的期間，也就是成立前的購買。認購的基金除了本身的基金份額外，認購期也有利息，在基金成立時這筆利息收入同樣會成為投資者的基金份額。
2、費率區別
壹般來說，基金的認購費率和申購費率會有區別，常見的情況是認購費很少打折，可是在認購期間的基金有盡快募集資金的需求時，壹些基金公司會采取壹定措施來相對降低認購費率，這樣認購費率就低於申購費率了。等到基金正式開放運作後，即使申購費率比較高，但這時的很多基金銷售機構會為了吸引資金達成交易而給申購費打折，壹來二去有時申購費反而低於認購費。
3、價格區別
申購和認購在購買基金時的價格是不同的，認購的購買價格是基金單位價格，壹般新基金發行時，基金面值為1元，認購就按這個初始面值進行認購；申購的購買價格是當日基金單位凈值，壹般基金在正常運作後每個交易日凈值都會浮動。
4、贖回區別
在基金認購完之後，會有壹個封閉期進行後臺調整和基金經理完成相關安排，投資者這個時期不能贖回基金，需要等到基金封閉期結束，才可以進行贖回；至於基金申購，申購完後到了下壹個交易日，投資者才就可以選擇進行基金贖回的操作了。
基金申購和認購，除了購買時間還有費率、價格以及其它的壹部分規定，本質上都是在進行購買基金的操作，投資者無論是選擇認購基金，還是申購基金，都壹定要提前了解相關情況，註意購買基金後可能帶來的風險。