馬雲公益基金會與阿裏巴巴公益基金會是存在壹定差別的。前者是屬於馬雲個人的，而在阿裏巴巴基金會中馬雲只是其中的參與者之壹，並不屬馬雲個人所有。
第壹，馬雲公益基金會是屬於馬雲個人出資所建立的。馬雲公益基金會成立的時間是在2014年，而這壹基金會主要是由馬雲個人來出資成立的。基金不接收來自社會或者是其他渠道的捐款是屬於?非公募基金會?。這壹基金會的成立為我國的公益事業做出了傑出的貢獻。馬雲憑著自身的影響力，開展了壹系列的活動。基金會解決貧困地區教育問題以及改善自然環境等等。近些年來馬雲將自己的工作重心放在了公益上，而且特別註重對於鄉村教師師資力量的提升。這也是馬雲公益基金會的重點項目，設立了?馬雲鄉村教師?的這壹獎項,目的在於提升我國鄉村教師的整體水平，改善貧困地區的教育差距。馬雲的這壹公益項目與自身的經歷也有壹定的關系，而馬雲將重點放在了鄉村教師以及鄉村教育上，這對於中國的鄉村教育來說是壹壯舉。
第二，在阿裏巴巴公益基金會中馬雲只是其中的壹位誌願者。阿裏巴巴公益基金會的成立，主要是由阿裏巴巴把集團每年所盈利的部分拿出來壹定數額來作為公益基金。而馬雲在阿裏巴巴公益基金會所擔任的職務只是其中的壹員，這與馬雲公益基金會之間存在著非常大的差別。在基金會的管理上成立了專門負責的相關人員，更是推出了獨具特色的?阿裏公益模式?，而這壹模式更是將公益與商業之間有了壹定的融合。涉及的公益項目與馬雲公益基金會有著相似之處，但是阿裏基金會偏重對於環境的保護。比如我們所熟知的?螞蟻森林?，在西部幹旱地區種植了大片的公益林，改善大自然的環境哥。這些都是阿裏巴巴公益基金所做出的突出貢獻。