1.《唐詩創作與詩歌歌唱的關系》(2000-2002)從音樂的角度對唐詩研究中的許多問題作出了新的解釋，如現代詩歌的形成與音樂的關系、唐代舊詩的進入、唐詩的繁榮與詩歌的歌唱、白元新樂府的寫作與詩歌的歌唱，這些都是前人沒有提出和解決的問題。
2.《永明體與音樂關系研究》(2003-2005)以詳實的材料和嚴謹的邏輯分析證明了永明體是詩與音樂相結合的產物，從而糾正了20世紀學者普遍認為永明體是詩與音樂相分離的產物的錯誤觀點，這是古代文學研究中的壹個重要發現。這兩個課題的成果《唐詩創作與歌詩演唱關系的研究》和《永明體與音樂關系的研究》由北京大學出版社出版後，在學術界產生了積極的影響。
吳相洲教授在樂府研究中表現出高度的自覺性，首次提出了樂府的概念，提出了系統構建現代樂府的思路，並編輯出版了致力於樂府研究的學術刊物《樂府》。《北京大學學報》發表後，他的論文《關於樂府建設的思考》被《中國社會科學文摘》和《中國古代現代文學研究》轉載。他帶領11人的團隊完成了北京市十五計劃項目和北京市教委重點項目“樂府詩研究”(2003-2005年)，首次從文學、音樂、文學等角度對樂府詩進行了定位研究，全面推進了樂府詩研究。這項研究形成了10本專著，將於2007年上半年由北京大學出版社出版。他正帶領壹個五人小組從事北京市“十壹五”規劃項目和北京市教委重點項目“樂府詩元素研究”(2007-2009)。
吳祥洲教授主持國家社科基金項目2項，北京市重點項目2項，出版學術專著2部，在《文藝學研究》、《文學遺產》、《北京大學學報》等核心期刊發表論文70余篇。
目前正在從事《中國詩歌通史:唐五代卷》的寫作。該項目屬於國家社科基金十五重點項目，其意義在於改變了中國古代文學以詩歌為唯壹體裁的局面。隋唐五代卷作為10卷中的1卷，意義重大:唐詩是整個中國詩歌史發展的高峰，大詩人的數量占整個中國詩歌史的壹半。本卷的質量關系到整個項目的成敗。該書將達到60萬字，預計於2008年完成。
2009年，吳翔洲教授主持中國詩歌研究中心規劃項目《樂府詩分類研究》，由北京大學出版社出版。該項目成果包括9部專著，分別是《教廟歌曲研究》、《鼓吹跨風歌曲研究》、《香河歌曲研究》、《清代歌曲研究》、《舞蹈歌曲研究》、《秦歌研究》、《雜歌雜曲研究》、《現代歌曲研究》、《新樂歌曲研究》。該成果是北京市十五計劃項目、北京市教委重點項目，也是首都師範大學“211”工程規劃項目。宋代郭懋謙編纂的《樂府詩百卷集》是壹部從上古到唐五代的樂章、歌謠集，囊括了除《詩經》、《楚辭》之外的大部分作品，是中國古代研究樂府詩最重要的書籍。眾所周知，中國的很多古詩詞，尤其是唐代以前的詩詞，都充滿了音樂。音樂對中國古代詩歌的發生和發展產生了重要影響，樂府在古代甚至成為壹門專門的學問。然而，由於現代學科劃分中的詩樂分離，樂府詩這壹重要的古代典籍壹直被忽視，對它的研究也遠遠不夠，尤其是從詩樂結合的角度。由吳相洲教授主持的樂府詩分類研究，首次將文獻研究、音樂探索和文獻分析結合起來。按照本書樂府詩十二大類，從文學的研究到對詩史問題的關註，收集樂府詩中的作品，包括對收錄標準和分類依據的分析，對樂府體系、涉及的曲調和術語的研究，對各種樂府詩流傳和變化的描述，各種樂府詩的音樂特點，對題材、主題、藝術特點的影響， 作品的語言形式乃至風格，以及對其在詩歌史上的地位和作用的分析是全方位的，提出了“樂府”的概念，在當前中國文學研究中具有開拓性的意義，它不僅會催生“樂府”。 在我看來，這是2009年中國古代文學研究中最具創新性的壹套作品，也是2009年中國詩歌研究中心在科研方面的最大成果。