生物方法是根據生物與環境相適應的原理，通過測定水生生物的變化，間接判斷水質。比較常用的方法有：1、指示生物法。指示生物指在壹定的水環境中生活、當水環境質量發生變化時便敏感地呈現出受害癥狀甚至消亡的生物。觀察和測定指示生物個體和種群的變化，可以比較準確地判斷出環境質量狀況。2、群落結構法。群落結構指存在於自然界壹定範圍(或地域)內互相依存的壹定種類的動物、植物和微生物的組成。監測水生生物的這種群落結構的變化可判斷水質狀況。3、生物測試法。即利用水生生物受到汙染物的毒害後，產生生理機能變化的癥狀來判斷水體汙染狀況。早在1987年，珠江流域水環境監測中心就開展了水利部水利開發基金項目《珠江三角洲水質生物監測方法研究》工作，並獲得珠江水利委員會科技進步獎。該課題歷時兩年，進行了5航次，***41個測點的監測，較為系統地進行了底棲動物監測、菌類監測、浮遊植物監測等方法研究，該研究的主要成果，明確提出珠江三角洲水域可指示水質的10種底棲動物，根據與底棲動物存亡最密切的氧為參數，參照《地表水環境質量標準》中溶解氧、五日生化需氧量、化學需氧量等指標的限制值，利用生物多樣性指數等，嘗試用指示生物結合《地表水環境質量標準》的五個水質類別判定各水域的水環境質量。同時也選用50種藻類，根據藻類出現的種類及密度和相應的水質類別，找出相關關系，推斷水域的水質。