新《民事訴訟法》第五十五條規定:“對汙染環境、侵害眾多消費者合法權益、損害社會公共利益的行為，法律規定的機關和有關組織可以向人民法院提起訴訟。”這是新法專門規定的保護公眾利益的新制度，即民事公益訴訟制度。
公益訴訟的特別程序規則
民事訴訟法是以私益訴訟為中心制定的，而公益訴訟特別程序的立法供給嚴重不足。比如，對於壹個具體的環境公益案件，如何確定管轄法院，如何限制訴訟請求，原告有多大的權利收集證據，如何認定環境損害，是否支付訴訟費用，原告是否可以放棄訴訟請求或者與對方和解，法院是否可以調解，是否發布禁令，如何確定判決的有效範圍，如何執行裁判文書等等，其他特殊的程序性問題都可以綜合適用，當然也包括目的論解釋。
(1)管轄權。
目前沒有明確應當實行集中管轄，由省會城市中級法院或者最高人民法院指定的中級法院行使公益訴訟案件的管轄權。其中，跨省河流汙染和海洋環境汙染案件由海事法院專屬管轄。這主要是因為公益訴訟社會影響大，關註度高，處理難度大，需要慎重對待。
(二)限制處罰原則的適用。
(1)除民法、環境法等實體法賦予原告公益訴訟請求權的情形(如《海洋環境保護法》第九十條第二款)外，嚴格限制原告放棄訴訟請求、承認對方訴訟請求、和解等訴訟行為，限制被告反訴和法院調解。
(2)法院的判決不受當事人訴訟請求的限制。
判決文本與訴訟請求不存在對應關系，判決過重或判決遺漏不構成違反法定程序。考慮到公眾的利益，法院享有高度的自由裁量權。例如，在1960' s的日本大阪國際機場噪音訴訟案中，原告起訴被告大阪國際機場搬離大阪市中心，但法院裁定大阪機場在晚上9點至早上7點不得起降飛機。這個判斷還是有正當性的。
(C)辯論主義的限制的適用。
(1)如果當事人沒有主張的事實與保護社會公眾利益有關，法院也要審理；
(2)法院依職權調查收集證據，調查範圍不限於當事人申請的調查範圍；
(3)法院還應審查雙方都承認的事實。
(3)特殊的舉證和證明規則。
(1)在舉證責任分配上，要區分國家機關和相關組織。前者(國家機關)提起的公益訴訟的舉證責任分配規則與壹般的私人利益訴訟並無不同，而後者(相關組織)提起的公益訴訟，考慮到其舉證能力弱、距離證據較遠、缺乏收集證據的手段等因素，對某些類型的實質事實進行舉證責任倒置並非沒有道理。
(2)降低證明標準，以表面證明和事實推定的方式認定被告的過錯、因果關系等難以證明的實質事實。
(4)單向既判力規則。
公益訴訟的判決只有單向既判力，即公益原告勝訴，判決具有既判力；否則，它沒有既判力。具體來說，公益訴訟原告勝訴的，人民檢察院、行政機關、有關組織和其他適格主體不得就同壹敗訴被告再次向人民法院提起訴訟。但公益訴訟原告敗訴的，其他符合條件的主體不受此限制。
(5)公益訴訟判決執行特別規則。
人民法院執行環境侵權公益訴訟判決時，可以結合判決目的、判決內容、判決理由以及執行時的客觀實際情況，決定采取相應的執行措施和方式。
人民法院可以根據實際需要，對已經采取的執行措施和方式進行必要的調整。當被告被判退賠時，可以引入替代的履行機制。比如環境公益訴訟，人民法院可以指定有資質的專業機構完成環境治理和修復，費用由被告承擔。
(六)公益訴訟激勵機制。
(1)原告提起訴訟時，法院會順延案件受理費，原告敗訴時，免除原告的訴訟費用。鑒定費、律師費等訴訟費用由省、自治區、直轄市設立的環境保護公益金支付。原告勝訴的，判決被告承擔訴訟費和原告的律師費、鑒定費等費用。
(2)原告在申請保全程序時不需要提供擔保。
(3)有關組織提起環境民事公益訴訟勝訴的，人民法院可以向有關行政部門發出獎勵的司法建議。