針對上述部門預算執行中存在的問題，結合其原因分析，力求從根本解決問題和探討建立長效機制出發，我們建議：
理清結余，不遺不漏地搞好“兩類賬戶”的結余性資金的清理，夯實部門預算編制的前提基礎。以財政部門牽頭各部門配合不遺不漏地搞好“兩類賬戶”的結余性資金的清理確認。結余性資金是編制部門預算的前提之壹，這不僅可以節約使用財政資金，充分發揮閑置資金的使用效益，也是增強預算約束力，不讓部門隨意動用結余資金有余地的壹項措施。“兩類賬戶”的結余性資金；壹是凈資產賬戶中事業基金、事業結余、專用基金和專項資金結余，凡是沒有法律法規依據具有專門用途的資金、凡是沒有具體項目或經批準可行性的項目資金，均應作為部門下年度可以使用的資金；二是往來賬戶中的結余性資金，凡是屬於部門預算收支性質必須清理取消，結余資金必須列入部門預算以前年度結余。
摸清家底，全面徹底地登記各預算單位的國有資產，保證部門預算收入的完整性。針對國有資產收益和國有資產處置收入中存在的問題，國有資產管理部門要根據《行政事業單位國有資產管理辦法》、《行政事業單位國有資產處置管理實施辦法》等法規，結合我市管理現狀，拿出具體辦法，特別是對國有資產收益和國有資產處置收入要明確各預算單位的管理責任。如對外投資、可形成收益的固定資產。建立健全資產管理制度和資產管理信息系統，對各預算單位的資產進行動態管理，增強國有資產管理的長效機制。各預算單位要進壹步強化資產與資金同等重要的意識，重視並加強資產管理。特別是對外投資，絕不能壹投了之。
嚴肅紀律，切實履行財政資源的組織和管理職能，杜絕收費過程中的隨意性。針對當前部分專項收入征收管理中存在的問題，特別是少數單位直接從收取的收入中暗抵上繳的做法嚴重違反了“收支兩條線”原則，不僅違反了專項資金的使用規定，也縮小了部門預算收支規模。各預算單位必須依法征收，及時足額繳庫。要把各項專項收入的征收管理作為當前我市財政資源系統財務工作的重點任務，進壹步提高征收率和入庫率。
強化預算，嚴格按預算安排和使用各項支出，增強預算約束力。財政部門要充分利用政府采購、集中支付、賬戶控制等制度，在預算批復、審核、資金撥付等環節上，嚴格按預算安排各項支出，不讓預算單位有無預算、超預算支出的資金余步。對部分預算單位存在的住房公積金問題，建議財政部門組織對所有預算單位的住房公積金情況進行壹次全面清查，統壹計提依據，統壹計提比例。各預算單位要加強對人員經費標準和範圍的控制，加強對公用經費的管理，特別是對業務招待費的控制，要強化遵守財經紀律的意識和增強法制觀念，進壹步提高遵紀守法的意識和遵守財經紀律的自覺性；對項目支出，做實預算，細化項目。區分項目類型，嚴格控制費用性項目經費的編制，避免財政資金在使用過程中的損失和浪費，同時，還要健全項目資金管理責任制，硬化預算約束，特別要切實加強專項資金的管理。
分類處理，事不宜遲地開展往來資金清理，堵塞部門預算管理漏洞。嚴格意義上講行政事業單位的往來資金也是國有資產，占用了大量的財政資金；同時，多年審計結果也反映這些往來資金中還含有壹定數量的結余性資金，成為部門違規收支的“窩點”。這些資金如不及時清理，將會形成損失，而且這壹資金具有清理越遲損失越大的規律。鑒於往來資金數額大、形成時間長和原因復雜、清理難度大，我們的基本思路是：按往來資金清理難易程度分類，容易清理和經努力能夠清理的，力求由部門清理，實在難以清理的借鑒國家對不良金融資產管理方法清理。由部門清理的要明確各部門和各單位的責任，不清有責，清則有功；同時還要給予部門清理積極性，因為既費精力，又花成本，對清理成績較好要有壹定補償。對實在壹時難以清理到位的往來，則借鑒國家對不良金融資產管理方法清理。整個清理國有資產管理部門應對行政事業單位的往來資金清理負總責。