此外，有時疾病易感基因的表達本身並不發生變化，而是通過調節其他基因發揮作用。所以尋找致病基因要從多方面入手。
如果我的觀點有什麽謬誤，請指教。謝謝妳，非常好的兄弟。我的第壹步可能只是改變表達譜。如果我有機會做這件事，就像妳說的，我應該從各方面考慮。我目前的想法是利用表達譜的基因芯片技術，做出患者與正常人基因表達譜差異的整體信息。就像maxon和妳說的，找到壹個新的疾病相關基因可能有也可能沒有。我覺得至少是壹個方面(不知道對不對)。我目前能考慮的就是如何整理自己的思路，過來把這個工作做好。還有幾個問題要問:
1.在建立基因文庫的方法上，比如壹篇文章中選取了1118個基因進行研究，分為已知基因、已知序列、未知基因等。通過BLAST，我不明白他們是怎麽從基因文庫(從全細胞mRNA反轉錄)中篩選出來的。(還是從其他地方找的？)，我理解好像是直接測序。如何從基因庫中找到(分離出)這些基因，並壹壹測序？
2.如何使用BLAST？例如，如何找到同壹篇文章中已經確定的1118小梁細胞表達譜的基因序列？妳能給我解釋壹下嗎？非常感謝！
妳註意到壹個問題了嗎？基因芯片只能檢測已知的基因或序列，對那些未知的卻無能為力。安德魯說的沒錯，但是芯片中的基因數量是隨著基因研究的深入而增加的。對於普通研究來說，主要的已知渠道基本可以包括。謝謝妳的建議。有人能回答我以上的問題嗎？我還是不明白。看了壹天的資料還沒看懂。
我想問壹下:如果我從正常人群中定制了壹個芯片(包括1118基因)，發現在與患者的cDNA樣本雜交中有壹個基因表達下調或不表達，是什麽原因？真的沒有表情什麽的嗎？
謝謝妳。謝謝妳。樣本壹致嗎？比如血細胞，它們的細胞亞群有可比性嗎？
有對比嗎？樣本為隨機樣本，小梁細胞為同質內皮細胞。至於控制，妳指的是轉錄的負控制、正控制還是內控？
我知道的很少，可能會犯低級錯誤。請給我妳的建議。除了實驗和DNA芯片的誤差，在與患者cDNA樣本的雜交中發現有壹個基因下調或不表達，需要用RT-PCR進行驗證。其表達下調或不表達可能是受其上遊基因調控，也可能是基因本身結構發生了變化，比如無義突變，可以檢測到表達的降低。這些基因經過RT-PCR確認後，要進行測序，看這些基因是否有結構異常。在站長和戰友們每天的幫助下，我終於從對現在申請的學科壹無所知到有點了解，完成了自然科學基金申請書的撰寫。明天之前，我們凝結了大家汗水和智慧的申請就要發出來了。我想對妳這些天的幫助表示真誠的感謝。雖然這是我第壹次寫這樣的應用，但還是覺得學到了很多東西，也交到了很多好朋友，盡管這幾乎是不可能的。
我已經附上了這份申請的文本。希望有興趣的朋友可以看壹下，提出壹些有價值的意見，因為我覺得這樣的課題還是值得去做的，雖然我們可能沒有機會和能力去做。
再次感謝！
88411-.doc (76.5k)恭喜妳申請成功！！謝謝各位站長每天的指點，也謝謝各位同誌。
最近科研基金開始申報，老板緊急申請項目。因為剛接觸基金會，所以想問問站長和各位同誌。
目前1收集了壹種罕見的單基因疾病(癲癇)，國內尚無臨床和基礎報道。包括采集血樣在內的臨床工作已經完成。
自1998年以來，致病基因已被定位和克隆，但存在遺傳異質性，同壹致病基因的突變位點也不同。多篇文章發表在《自然·遺傳》等權威雜誌上。最新研究表明，還存在其他未知的致病基因。
3合作實驗室有成功定位和克隆致病基因的經驗。
我們申請的目的是定位和克隆致病基因，有望發現新的致病基因。
我想問妳:
1目前只能用臨床資料提出申請嗎？
2還需要做哪些工作？
如果是，申請失敗的可能原因是什麽？
謝謝，期待您的指教！謝謝妳。如果是單基因病，那就要看妳收集的家系了。還有壹個問題就是妳的臨床診斷是否正確。我不是臨床的，這個臨床診斷意義重大。如果其中壹些被錯誤診斷或分型，很可能導致無法發現疾病基因單基因疾病。這方面的技術策略非常成熟，有很多文檔可以參考。國內也有很多研究機構。我想研究基因SNP和疾病之間的關系。國外有報道說有兩個環節。那麽我應該做RFLP分析還是SNP分析呢？大俠們，我最近在繪制壹個X連鎖遺傳家族的疾病相關基因。現在我已經用標記(STR)掃描了基因組的兩個位點，但是我在連鎖分析中遇到了困難。我用的是聯動(版本5.1)。想問問大家連鎖分析中性連鎖和常染色體連鎖的遺傳參數有什麽區別？期待大家的指點，非常感謝！我想研究基因SNP和疾病之間的關系。國外有報道說有兩個環節。那麽我應該做RFLP分析還是SNP分析呢？
RFLP是最早的遺傳標記(第壹代)。隨著遺傳學的發展和測序片段的不斷增多，出現了第二代和第三代遺傳標記。通過酶消化分析RFLP，該方法簡單且廉價，但特異性差且易於被淘汰。SNP定位明確且相對昂貴，可通過測序、快照、熒光探針、SNP芯片等方法進行分析。
具體的RFLP分析，或者SNP分析看妳的研究目標和經濟實力。求verygood，能介紹壹下小測序(快照)嗎？
最近想測試壹個基因和疾病的關系。外顯子很多(20)，其他疾病也出現過突變熱點(9，11，13，17外顯子)，但我想研究的疾病還沒有報道。我應該對所有外顯子進行測序嗎？寇丹寫道:
求verygood，能介紹壹下小測序(快照)嗎？
最近想測試壹個基因和疾病的關系。外顯子很多(20)，其他疾病也出現過突變熱點(9，11，13，17外顯子)，但我想研究的疾病還沒有報道。我應該對所有外顯子進行測序嗎？
Snapshot是壹種小型測序反應，其原理簡單來說就是擴增壹個包含SNP的DNA模板，然後純化PCR產物，加入ddNTP和熒光不同的中間探針(所謂中間探針是SNP的20 bp左右的寡核苷酸序列，探針和ddNTP根據模板序列結合，因為是ddNTP，結合的ddNTP與SNP反應)，然後純化進行電泳，這樣就可以根據熒光的不同來判斷相應的SNP基因型。
該方法適用於已知SNP等位基因的確認，對探針要求低；但操作步驟較多，難以大規模應用(使用毛細管測序法時相對工作量較少，如ABI3100測序儀系列)。
檢測壹個基因與疾病的關系，外顯子多(20)，其他疾病有突變熱點(9，11，13，17外顯子)。建議妳先研究壹下這些基因座。當然，如果基因序列很短，也可以直接測序，因為目前發現的SNP或突變只有預期值的2%左右。
祝妳好運謝謝非常好:)
最近壹直忙著論文答辯。我在這方面完全是個新手，但是老板說我要創新，同學給我出的這個主意。
目前已提取DNA並進行基因分型。但我想通過測序來確定。上面說的快照是小規模測序。我已經確定了突變位點，片段大約300bp。我能全部排序嗎？
另外，有沒有可能對所有樣本進行測序或者只是選擇少數雜合子和純合子來證明？這些信息是從哪裏引入的？我還是個新手:(沒事四處看看寫道:
非常感謝您:)
最近壹直忙著論文答辯。我在這方面完全是個新手，但是老板說我要創新，同學給我出的這個主意。
目前已提取DNA並進行基因分型。但我想通過測序來確定。上面說的快照是小規模測序。我已經確定了突變位點，片段大約300bp。我能全部排序嗎？
另外，有沒有可能對所有樣本進行測序或者只是選擇少數雜合子和純合子來證明？這些信息是從哪裏引入的？我還是個新手: (
如果只有300bp，樣本不多，不如直接測序，因為不僅可以識別已知的SNP基因型，還可能順便發現壹些未報道的，也就是說要對所有樣本進行測序。
如果只想對已知的SNPs進行基因分型，可以使用快照法，當然也可以使用RFLP，但是特異性較差。獲得的條帶不壹定與目標SNP的不同等位基因相關，並且可以切割到染色體的其他區域。
這方面沒有壹定的資料，做了之後才逐漸了解。應該因地制宜的采用什麽樣的技術。verygood寫道
檢測壹個基因與疾病的關系，外顯子多(20)，其他疾病有突變熱點(9，11，13，17外顯子)。建議妳先研究壹下這些基因座。當然，如果基因序列很短，也可以直接測序，因為目前發現的SNP或突變只有預期值的2%左右。
謝謝妳，非常好先生。我研究的基因編碼區2930bp，mRNA 5084 BP，基因全長80kb。本打算直接測序，但是患者組有18例(石蠟)，對照組有20例(外周血DNA怎麽樣？)，費用可能6萬！！！所以現在我想改成PCR-SSCP加異常帶測序。妳同意嗎？verygood寫道:
如果只有300bp，樣本不多，不如直接測序，因為不僅可以識別已知的SNP基因型，還可能順便發現壹些未報道的，也就是說要對所有樣本進行測序。
如果只想對已知的SNPs進行基因分型，可以使用快照法，當然也可以使用RFLP，但是特異性較差。獲得的條帶不壹定與目標SNP的不同等位基因相關，並且可以切割到染色體的其他區域。
這方面沒有壹定的資料，做了之後才逐漸了解。應該因地制宜的采用什麽樣的技術。
測序後有什麽軟件檢測突變？關於其他的統計分析，有專門的生物統計學書籍嗎？還是只是普通的統計？致coldant:
前期調研，妳的方法應該是可行的。
無事可做:
測序後主要通過序列比對篩選突變，可以通過Blast進行。但要謹慎確定是否確實是突變，要擴大樣本進行分型研究。對於疾病相關的研究，妳的病例和對照太少了。壹般國內期刊也要200到200，國外期刊大概要400-500到500。壹流雜誌壹般至少1000到1000。因為妳資金不足，不能做測序，直接選擇已知站點。因為這個基因和很多疾病有關，說明這個基因非常保守，很可能和妳正在研究的疾病有關。即使不相關，也可以隨時用年齡、性別、疾病的危險因素(也就是玩數字遊戲)綜合分析發文章。
尋找疾病相關基因的SNP，目前主要是直接測序(從外周血中提取的DNA，而不是組織)，通過比較患者和正常人(沒有患病的人)的基因序列來尋找SNP。verygood提到的爆炸實際上並不適用。
可以針對目標SNP所在的區域設計壹對引物1，使SNP位於其中，PCR長度在500bp左右。同時在PRIMER1覆蓋的區域設計了壹對PRIMER2。引物2的壹個引物的3’末端堿基必須與目標SNP位點的正常堿基互補，這樣如果患者在該位點突變，引物2的壹對引物將不會被擴增。此外，引物2和引物1之間的距離至少為100 BP，引物2的產物大於200 BP。這樣，當這兩對引物同時投入壹個PCR反應時，可以得到四個片段(設計引物時，這四個片段的長度必須不同，以便電泳時區分)，而帶有目標SNP的個體只有三個片段，通過電泳可以確定該個體是否有突變。
這個方法的具體名字我忘了。希望能幫到妳。馬克森寫道:
尋找疾病相關基因的SNP，目前主要是直接測序(從外周血中提取的DNA，而不是組織)，通過比較患者和正常人(沒有患病的人)的基因序列來尋找SNP。verygood提到的爆炸實際上並不適用。
可以針對目標SNP所在的區域設計壹對引物1，使SNP位於其中，PCR長度在500bp左右。同時在PRIMER1覆蓋的區域設計了壹對PRIMER2。引物2的壹個引物的3’末端堿基必須與目標SNP位點的正常堿基互補，這樣如果患者在該位點突變，引物2的壹對引物將不會被擴增。此外，引物2和引物1之間的距離至少為100 BP，引物2的產物大於200 BP。這樣，當這兩對引物同時投入壹個PCR反應時，可以得到四個片段(設計引物時，這四個片段的長度必須不同，以便電泳時區分)，而帶有目標SNP的個體只有三個片段，通過電泳可以確定該個體是否有突變。
這個方法的具體名字我忘了。希望能幫到妳。
呵呵，我的意思是用blast方便序列比對。當然，applied biosystems有更好的軟件，但是如果不買相應的儀器就很難獲得。
至於標本數量，越多越好。對於相對危險度為2的致病位點，1000例病例對照的檢測效率可達100%，檢測效率會隨著病例數的減少而降低。但對於前期研究來說，並不清楚該地點是否與研究疾病有關，因此大規模投入可能會導致無收獲。
供參考。今天嵇康建議我直接對樣本進行測序，形成壹個“池？”為了考試，省錢。他們最初的建議是分別對正常患者和患者形成1的“池”，然後用公司的TAG MAN(壹種新技術)大規模檢測SNP，但是我沒有那麽多患者樣本。所以我們只需要給它排序。
妳能看看這個嗎？如果我把25個病人分成6個“池”，可以排序再分析嗎？
提前感謝。馬克森寫道:
尋找疾病相關基因的SNP，目前主要是直接測序(從外周血中提取的DNA，而不是組織)，通過比較患者和正常人(沒有患病的人)的基因序列來尋找SNP。verygood提到的爆炸實際上並不適用。
可以針對目標SNP所在的區域設計壹對引物1，使SNP位於其中，PCR長度在500bp左右。同時在PRIMER1覆蓋的區域設計了壹對PRIMER2。引物2的壹個引物的3’末端堿基必須與目標SNP位點的正常堿基互補，這樣如果患者在該位點突變，引物2的壹對引物將不會被擴增。此外，引物2和引物1之間的距離至少為100 BP，引物2的產物大於200 BP。這樣，當這兩對引物同時投入壹個PCR反應時，可以得到四個片段(設計引物時，這四個片段的長度必須不同，以便電泳時區分)，而帶有目標SNP的個體只有三個片段，通過電泳可以確定該個體是否有突變。
這個方法的具體名字我忘了。希望能幫到妳。
呵呵，謝謝。我在相關文獻上看到的是設計了兩條引物(突變型和非突變型)，其他的反義引物都是壹樣的。正常對照組設計的引物和妳說的PROMER2很像。我想知道我為什麽這樣做。verygood寫道:
無事可做:
測序後主要通過序列比對篩選突變，可以通過Blast進行。但要謹慎確定是否確實是突變，要擴大樣本進行分型研究。
確定不可能下結論，只是提出壹個前景。測序後可以用SEQUENCEMAN軟件分析，不過我想後面再加壹個RFLP，根據相關文獻報道。這個分析似乎有更多的數據支持。寇丹寫道:
今天嵇康建議我直接對樣本進行測序，形成壹個“池？”為了考試，省錢。他們最初的建議是分別對正常患者和患者形成1的“池”，然後用公司的TAG MAN(壹種新技術)大規模檢測SNP，但是我沒有那麽多患者樣本。所以我們只需要給它排序。
妳能看看這個嗎？如果我把25個病人分成6個“池”，可以排序再分析嗎？
提前感謝。
呵呵，妳也是在嵇康做的嗎？似乎他們使用探針來檢測SNP。聽說探針的準確性不如直接測序。不知道他們給妳提了什麽建議？:)馬克森寫道:
對於疾病相關的研究，妳的病例和對照太少了。壹般國內期刊也要200到200，國外期刊大概要400-500到500。壹流雜誌壹般至少1000到1000。因為妳資金不足，不能做測序，直接選擇已知站點。因為這個基因和很多疾病有關，說明這個基因非常保守，很可能和妳正在研究的疾病有關。即使不相關，也可以隨時用年齡、性別、疾病的危險因素(也就是玩數字遊戲)綜合分析發文章。
5555555，但是我收不了那麽多案子，經費有限。
直接做已知站點是什麽意思？另外，妳看過生物統計學之類的書嗎？聽說可以參考壹下做相關分析。上海哪個圖書館或者書店有？具體方法忘了。統計學主要是指有兩類T檢驗和X2多態性分析方法:
首先，基於家系分析，主要采用連鎖不平衡法。
其次，基於病例對照，如maxon所說，主要是t檢驗和X2。但要註意對照是否能代表抽樣人群。早期文獻中因采樣錯誤導致的假陽性結果比比皆是，逐漸引起了大家的重視。虛無轉過身寫道:
呵呵，妳也是在嵇康做的嗎？似乎他們使用探針來檢測SNP。聽說探針的準確性不如直接測序。不知道他們給妳提了什麽建議？:)
好像無所事事的工作和我很像，可以多交流！
嵇康公司提出，每組25人，對照組25人(只收集了25人)，4人壹組形成壹個“池”，於是用PCR擴增外顯子，直接測序。(省錢)
深能公司建議每個患者直接擴增測序，與genbank對比(不含對照組，費用為18000元/10例)。
北京鼎果公司:PCR-SSCP，(正常，每組25名患者)
請教verygood，maxon，等同誌們商量壹下，哪個可行？
向竹子求助。寇丹寫道:
好像無所事事的工作和我很像，可以多交流！
嵇康公司提出，每組25人，對照組25人(只收集了25人)，4人壹組形成壹個“池”，於是用PCR擴增外顯子，直接測序。(省錢)
深能公司建議每個患者直接擴增測序，與genbank對比(不含對照組，費用為18000元/10例)。
北京鼎果公司:PCR-SSCP，(正常，每組25名患者)
請教verygood，maxon，等同誌們商量壹下，哪個可行？
向竹子求助。
我有30例，對比12。人家的建議是直接測序。測序後想做個RFLP，因為要寫論文，所以內容不能少。