2008年，清華大學自動化系成立了生物信息學和系統生物學Michael S. Waterman講座教授小組。南加州大學教授、生物信息學創始人之壹Michael S. Waterman教授被聘為講座教授組首席科學家。講座教授團成員包括張啟偉、王永雄、、、孫等世界級著名學者。這是中國第壹個生物信息學和系統生物學講座教授小組。
自動化系重視國內外學術交流，加強與國外著名大學和研究機構的交流與合作，選派青年骨幹教師赴美國哈佛大學、加州大學、耶魯大學等著名大學參加國際學術會議。邀請國外著名學者來我校進行學術報告、講座和合作研究。自1987以來，自動化系共主辦國際學術會議20余次，國內學術會議21次。同時，還與歐盟、美國、加拿大、日本等國家的科研單位和高校有正式的科研合作關系和定期的學術交流活動，多名教師在國際國內學術機構擔任重要學術職務。
自動化系也非常重視與國際知名跨國公司的合作。近年來，分別與美國羅克韋爾自動化公司、Bacafo公司、NEC公司、日本歐姆龍公司建立了聯合實驗室，與美國聯合技術公司研究所、日本兄弟公司簽訂了合作科研項目。
社會各界積極關註和支持自動化系的發展。由國內國外企事業單位、校友、學校提供50多種獎學金，獎勵在學習和其他活動中取得優異成績的學生。所以自動化系的學生獲得的獎學金種類繁多，有35-40%的人獲獎。此外，學校和部門也為學生提供各種勤工儉學的機會。
自動化專業的畢業生適應性廣，歷年供不應求，升學和求職選擇余地大。其中大部分免試錄取為直讀博士或碩士研究生，其余可按照“雙向選擇”的原則在科研院所、高校、國家重點企事業單位、國內外知名公司找到滿意的工作。自動化系畢業生廣泛從事控制科學與控制工程各領域的科研、教學、系統設計、新產品開發、軟硬件開發，以及金融、企事業單位、國家行政部門的管理工作。此外，壹些畢業生自主創業，經營各種類型的高科技公司，為中國的自動化和信息產業做出了貢獻。