庫區建設基金投資規模100萬元以上（含100萬元，下同）的項目，必須編制項目建議書、可行性研究和初步設計報告，由水利部水庫移民開發局組織評估、審查，商財政部經濟貿易司批準。庫區建設基金投資規模100萬元以下的項目，由省級移民主管機構確定前期工作內容和審批權限。第五條 各省移民主管機構應將已經批準的項目所需資金與資金來源平衡後編制庫區建設基金項目年度計劃草案，由水利部審核匯總後納入庫區建設基金年度預算，於當年1月底前報財政部審批。
庫區建設基金項目年度計劃的主要內容包括：項目名稱、項目法人（或建設單位）、建設地點、建設性質、建設規模、設計效益、起止年限、投資來源、總投資、累計完成投資、本年度計劃投資、本年主要建設內容、本年新增生產能力、項目批準文件名稱及文號。第六條 各級移民主管機構應加強對庫區建設基金項目年度計劃執行的監督管理。水利部水庫移民開發局可委托有資格的中介機構進行審計。年度終了，各級移民機構要對全年計劃執行情況進行總結，編報庫區建設基金項目決算，作為庫區建設基金年度決算的附件，由水利部負責審核匯總後於次年2月底前報財政部審批。第七條 各級移民機構要加強項目實施管理。其中，庫區建設基金投資規模100萬元以上的項目，必須通過招標確定施工單位並實行監理制度。第八條 各級移民機構要按照誰批準誰驗收的原則把好項目驗收關。項目驗收後應制定項目驗收書存檔備查。
規劃內的項目全部實施完成並驗收後，應進行項目總驗收，對規劃實施完成情況進行全面檢查總結。總驗收分為自驗、初驗和終驗三個層次。自驗由縣級人民政府組織，初驗由省級移民主管機構在自驗的基礎上進行。初驗合格後，由初驗單位提出申請，水利部組織進行終驗。第九條 各項目單位必須按規定使用庫區建設基金，並接受財政、審計等部門的監督檢查。對貪汙、挪用、截留庫區建設基金的，要追究有關單位和人員的責任，觸犯法律的移交司法機關處理。第十條 本辦法由水利部商財政部負責解釋。對項目的具體管理細則由水利部水庫移民開發局另行制定。第十壹條 本辦法從1999年1月1日起執行。