1999年1月國務院3號文件的內容是：宣布全國統壹取締農村合作基金會。
關於該文件原文，在國務院網站上已經查不到了，但在國務院網站上搜索該信息時，還有相關性的文章存在：（下圖中畫紅線或畫圈部分）
縱觀中國農村合作基金會產生和發展的歷史過程，大體上可劃分為五個主要階段。
萌發階段（1984年至1986年） 早在1983年下半年，黑龍江、遼寧、江蘇等地的壹些鄉村，為有效地管理和用活集體積累資金，通過清理整頓集體財產，試行集體資金“隊有村管”或“隊有鄉管”等辦法，利用所統管的集體資金在鄉村集體經濟組織成員之間有償借用，進行內部融資。
改革試驗階段（1986年至1991年）1986年8月，中央指出：在不開展存貸業務的情況下，這種在內部相互融資的辦法應允許試行。後來又指出通過中國農業銀行在信貸業務上予以指導。中央對農村合作基金會的鼓勵、支持、試驗及推廣，使得全國農村合作基金會蓬勃發展。1986年底至1988年底是農村內部資金融通總量增長最快的時期，兩年間增加了約40億元。到1992年，全國已建立的以農村合作基金會為主要形式的農村合作金融組織，鄉（鎮）壹級1.74萬個，村壹級11.25萬個，分別占鄉（鎮）總數的36.7％和村總數的15.4％，年末籌集資金164.9億元。其中，四川、江蘇兩省以上指標均已超過20億元，河北、山東兩省也接近20億元。
高速擴張階段（1992年至1995年） 鄧小平南巡講話後，全國上下興起了新的投資熱潮，在這壹宏觀背景下，已經初具規模的農村合作基金會表現為在擴張中積累矛盾。許多農村合作基金會在地方政府的幹預下，把大筆的款子盲目投向急需資金的鄉鎮村辦集體企業。這壹時期金融秩序混亂，供銷社、計生委、民政、勞動和社會保障等部門都加入了創辦基金會、股金會，參與高利率資金市場的惡性競爭。由於基層政府對合作基金會行政幹預多，監督機制弱，管理水平低，資金投放風險放大，經營效益明顯下滑，不僅單純追求高收益導致資金投放的非農化趨勢發展到十分嚴重的地步，而且局部地區開始出現小規模的擠兌風波。
整頓發展階段（1996年至1998年） 這壹時期，農村合作基金會減弱以數量擴張為主的發展勢頭，轉向把強化管理放在更為主要的位置。但改革措施在操作上出現兩個難點，壹是對信用社和基金會雙方已經存在的不良資產難以處置，壹旦出現擠兌將會由經濟問題而引發社會問題。二是農行和信用社受中央調控，而鄉鎮級的農村合作基金會是基層政府參與組成、沒有許可證而從事金融業務的準金融組織。由於雙方都帶有濃厚的行政色彩，從而加劇了清理整頓的難度。1997年11月決策層決定全面整頓農村合作基金會。任何金融組織突然被宣布關閉都必然發生擠兌危機和動蕩局面，因此，1998年各地普遍出現擠兌，四川、河北等地甚至出現了較大規模的擠兌風波，並且釀成了危及農村社會及政治穩定的事件。
清理關閉階段（1999年1月以後） 1999年1月國務院發布3號文件，正式宣布全國統壹取締農村合作基金會。