中國證券市場相對較小，上市公司質量不高。由於相當壹部分上市公司缺乏盈利能力和投資價值，資金量巨大的基金只能選擇有限的幾只具有投資價值的股票。這種情況的直接後果就是證券投資基金的投資組合雷同，證券投資基金分散投資、分散風險的投資理念嚴重扭曲。
2.市場缺乏做空機制，證券投資基金無法規避風險。
中國證券市場只能做多不能做空的單向機制，極大地限制了證券投資基金的運作空間，制約了基金公司的風險管理，無法規避風險。
3.證券市場單壹的金融產品限制了證券投資基金的選擇。
目前，中國的證券市場尚不發達，證券投資基金只能選擇股票和國債等少數金融產品。與此同時，我國國債的流動性、品種和交易規模仍然十分有限，企業債券沒有得到大的發展，國有股和法人股的全流通沒有完全實現，大大壓縮了證券投資基金的投資空間。基金經理很難將它們結合起來，無法達到風險對沖的目的，這也會使基金規避風險的作用無法發揮。
1.基金持有人會議是空的
合同基金份額持有人購買基金份額後，無權直接幹預基金管理人對基金資產的運作和操作，只能通過出席基金份額持有人大會行使監督制約權。因為基金持有人大會是不定期的，所以經常被基金持有人忽視。
2.基金經理存在嚴重的道德風險。
證券投資基金的持有人和管理人是壹種委托代理關系。委托人期望資產增值最大化，代理人期望代理效用最大化。兩者的目標函數不完全壹致，導致了激勵不相容的委托代理問題。由於我國的基金是由基金管理公司設立的，而基金管理公司的大股東壹般是證券公司、銀行或信托公司，這樣，當基金持有人的利益與基金公司控股股東的利益發生沖突時，基金管理公司往往不是為基金持有人服務，而是服從基金管理公司控股股東的利益。此時，基金管理公司的經營目的不再是為持有人增加收益，而是利用基金資產通過關聯交易向控股股東輸送利益，從而損害基金投資人的利益。
3.獨立董事制度有局限性。
基金管理公司的獨立董事只是起到改善基金管理公司治理的作用，如何監督基金管理人按照基金持有人利益最大化的原則運作，要從基金本身的治理上解決，這不是基金管理公司內部機制能夠解決的。
4.缺乏有效的資金激勵機制
除了治理結構本身的缺陷，我國現行的基金經理薪酬制度也是基金經理無法以投資者利益最大化的方式運作的重要原因。
這種報酬計提方法導致基金經理的管理能力與報酬沒有直接關系，只取決於基金規模。即使盈利能力低，甚至給基金持有人造成損失，管理費還是可以收的。可見，在這種缺乏風險激勵機制和投資損失風險補償約束機制的情況下，基金經理的收益報酬和風險責任不可能對稱，報酬和風險是不相關的，這就導致了基金經理天然缺乏盈利動力。
5.基金托管人的地位缺乏獨立性。
1.解決我國當前基金的委托代理問題
為了促進基金業的健康發展，首先要解決基金的委托代理問題，即控制基金管理人的道德風險，加強對基金持有人的監管權力。
首先，建立持有人會議的常設機構，加強基金持有人會議的實際權力。
第二，完善獨立董事制度。
2.切實強化基金托管人的監管責任。
強化基金托管人的監管責任，最有效的辦法就是改變我國基金托管人的選擇方式，將托管人的選擇權直接交給基金持有人，讓托管人真正成為持有人的代理人來監管基金管理人。這個問題可以在基金持有人大會常設機構成立後解決。
3.建立基金經理市場
證券投資基金是資本市場發展的產物，為了生存和發展，其運作必須以投資者收益最大化為目的。這就要求基金經理也要按照市場競爭機制來運作，通過市場選擇來確認。
因此，應進壹步規範基金經理的資質。目前在我國，基金管理公司作為基金管理人的資格只在註冊資本、股東結構、人員構成、內控制度等硬性指標中有規定，而在管理能力等軟性指標中沒有規定。這不利於基金經理的市場競爭。因此，應進壹步完善基金經理的績效考核指標體系。同時應規定基金的管理人不能在長期低效率的情況下發起設立新基金。當基金長期管理不善時，就應該強行轉投其他優秀的基金經理。這可以有利於基金管理公司的競爭，保護業績不佳的基金持有人的利益。
4.發展公司基金
5.加強資金監管
證券投資基金涵蓋基金管理公司、證券公司、社保基金、保險公司、銀行、信托投資公司、證券交易所等金融機構，涉及股票市場、債券市場、銀行間同業拆借市場、國債回購市場、票據市場等領域。因此，投資基金受到證監會、銀監會、保監會的多頭監管。我國分業經營、分業監管的金融體制導致監管權限分散，各監管機構之間缺乏有效的協調統壹，監管效果不理想，這也與當前世界混業經營的趨勢不符。因此，我國需要建立統壹有效的基金監管部門，加強基金監管，以促進我國基金業的健康發展。