2007年，自然科學基金委將繼續圍繞科學基金中心任務，以科學發展觀為指導，自然科學基金委新時
期二十四字工作方針，以推動源頭創新為主題，以出成果、出人才為目標，開展積極而富有成效的國際合作與交流資助工作。2007年度擬對以下幾個方面的工作予以強化：
1．通過政策研究、專家咨詢、發布指南等措施發揮引領作用，在項目的組織和實施中體現為我所需、為我所用；
2．拓寬合作渠道、加大經費投入、規範審批流程，使基礎研究國際（地區）合作的環境與條件得到進壹步改善。在嚴格執行預算制的前提下，認真做好國際（地區）合作研究類項目的資助工作；
3．在更高層次上籌劃和組織實質性、高水平的國際（地區）合作研究項目；
4．充分發揮協議渠道的重要作用，註重從協議項目中發現和培育實質性合作研究項目；
5．重視吸引海外優秀科學家進入國內研究團隊，支持國內研究單位吸引外國優秀科學家長期來華工作，帶動國內相關領域研究的進展和人才的培養；
6．進壹步推動基金項目的國際評審，保證研究工作的高起點，促進科學基金制的完善。
國家自然科學基金會與澳門大學合作取得首批成果
澳門大學與國家自然科學基金會的合作關系建立於1995年。合作方式主要為***同資助和促進澳門大學的教授與中科院、清華、北大等內地科研部門的合作關系；合作計劃主要集中在***同研究澳門環境和城市發展等項目上。
據悉，國家自然科學基金會決定對4個新的合作研究項目進行資助，新壹批合作研究項目內容包括對珠江口有機物高汙染區問題的研究、澳門市區機動車尾氣汙染的控制策略等。國家自然科學基金會有關負責人同澳門大學負責人就如何擴大和發展現有合作關系並使之制度化等問題進行了探討。國家自然科學基金會還設立了“澳門傑出青年合作科學研究基金”。 聯合基金是自然科學基金委為推動產學研結合，引導其他政府部門或產業界在雙方***同關心的領域或方向上投入經費，支持基礎研究和應用基礎研究，以解決實際應用中的基礎科學問題而***同出資設立的資助類別，旨在加快基礎研究成果的產業化進程，解決產業界需求的關鍵科學問題，有目標地為產業界提供技術儲備，增強企業的自主創新能力，促進企業成為技術創新主體。
聯合基金分為聯合資助基金和聯合資助項目兩種類型，前者是在壹定時間內，每年按照《指南》資助壹批項目，後者是對某壹特定項目***同出資資助。
“廣東聯合基金”和“石油化工聯合基金”項目不分面上項目或重點項目，單獨作為壹類項目計入申請或承擔自然科學基金項目總數的限項檢索範圍。即具有高級職稱的項目申請者和項目組主要成員申請或承擔面上項目、重點項目、重大項目、重大研究計劃項目、聯合基金項目以及其他按面上項目或重點項目管理的專項項目的總數不能超過3項。其他聯合資助基金項目按本《指南》規定計入相應項目類型的限項範圍。請申請者務必註意，不要因為超項而不能通過初審。
聯合基金包括“NSAF”聯合基金、天文聯合基金、鋼鐵聯合研究基金、廣東聯合基金、石油化工聯合基金，以及地區聯合資助項目、鐵道聯合資助項目、與微軟亞洲研究院聯合資助項目等。 從1999年起，申請國家自然科學基金的註意事項在《通告》中已經提出了明確的要求。為了更好指導科技人員的申請，還專門出版了《申請項目指南》和《項目指南》，這兩本資料請壹定認真查閱。同時，國家基金委對國家科學基金的資助原則提出4點新的要求即新16字方針。
1．強調加強基礎研究：在新的形式下科學基金要重新定位，對國家基礎研究負責主管的是國家科學技術部和國家基金委。據統計1998年地球科學部資助項目：基礎研究占51．6%，應用基礎研究占41．4%，總的要求資助基礎研究的項目要不少於50%，基金委的基礎研究要求更有創新、更長遠、更超前。
2．調整結構：國家基金從過去單壹資助項目發展到綜合資助（如面上、青年、傑出青年、國家重點實驗室以及人才梯隊的支持等等）。從1999年起，在調整結構時向青年人傾斜，有關學科的調整將主要資助優先領域的研究。“十五”的優先領域已開始逐步實施，總的優先領域範圍比“九五”要少。
3．突出創新：這是基金資助的核心，只有發現和解決問題的能力越強，才能產生出創新。如化學科學部申請項目資助的錢怡泰……，中科院物理所善於攻關的謝時生……。創新要求有壹個良好的環境，要壹個有利於創新的體系，創新必須有壹批保證創新的科研管理人員和管理體系。如美國哈佛大學的經費每年15億美元，其中管理基金的人員為330人，每年人工工作花費2800萬元，其管理已全部信息化。
4．提高績效：國家科學基金委現已開始重視國家科學基金資助的績效，並且提出新申請的項目要與申請者原承擔的國家科學基金項目執行的好壞即績效掛起鉤來。完成得不好的，暫不給予資助。將要制定條例，對某壹個項目完成了但壹篇論文也未發表的，基金委兩年內將不受理他的新申請項目。
另壹方面，國家基金委從1998年開始對基金資助項目發表的學術論文收集檢索實行重獎。國家基金委專門撥了壹筆錢對基金資助項目根據績效進行獎勵，主要按資助項目：發表論文篇數、期刊檔次、被收錄情況、被他人引用的頻數等7項指標之和經加權進行考核，1998年***獎勵31項，最高 20萬元，最低 5萬無，是獎勵項目經費即資助壹個項目。1999年采取跟蹤考查，對國家基金資助項目在高級別刊物上發表的學術論文數量、被引用次數等，分別對47個項目給予了：15、10、5萬元的項目經費獎勵。 申請人應註意以下幾點：
1. 申請人應認真閱讀《條例》、《指南》、相關類型項目及經費管理辦法，按撰寫提綱要求撰寫《國家自然科學基金項目申請書》（以下簡稱申請書）。
2. 2012年版申請書中增加英文摘要和英文關鍵詞填寫等若幹要求。
3. 2012年度申請書撰寫采用離線和在線兩種方式：
（1）采用離線撰寫申請書方式的項目類型包括：面上項目、重點項目、青年科學基金項目和地區科學基金項目。具體要求如下：
申請人於2012年1月1日後登錄科學基金網絡信息系統（以下簡稱ISIS系統）下載2012年版申請書，不得使用以前版本的申請書。申請人完成申請書撰寫後，向依托單位提交電子版申請書和簽字後的紙質申請書原件（包含附件材料）。申請人應保證紙質申請書與電子版內容壹致。
（2）采用在線撰寫申請書方式的項目類型包括：重大項目、重大研究計劃項目、國家基礎科學人才培養基金項目、青年科學基金-面上項目連續資助項目、優秀青年科學基金項目、國家傑出青年科學基金項目、創新研究群體項目、海外及港澳學者合作研究基金項目、聯合基金項目、科學儀器基礎研究專款項目、科普項目、重點學術期刊專項基金項目、數學天元青年基金項目、重大國際（地區）合作研究項目、國際（地區）合作研究與交流項目等。具體要求如下：
申請人向依托單位索取用戶名和密碼，登錄ISIS系統，準確選擇相應申請項目類型（含亞類說明和附註說明），按照相關要求與提示撰寫申請書，並將申請書附件材料電子化。其中，重大國際（地區）合作研究項目的申請人按照上述要求完成在線撰寫中文申請書後，還應在ISIS系統中下載《重大國際（地區）合作研究項目英文申請書》進行離線撰寫，該英文申請書與合作雙方的協議書壹並作為中文申請書的附件材料。
申請人完成申請書撰寫後，在線提交電子申請書及其電子附件材料，下載並打印最終PDF版本申請書，向依托單位提交簽字後的紙質申請書原件，無需提交紙質附件材料（有關證明信和推薦信等紙質材料原件除外）。
申請人應保證紙質申請書與電子版內容壹致。