1999年3月，聯盟部長理事會第二次會議在馬普托舉行，會議通過了成員標準修正案和對話夥伴加入聯盟的標準。接納孟加拉國、泰國、塞舌爾、阿聯酋和伊朗為新成員，日本和埃及為對話夥伴；成立聯盟常設機構協調秘書處；決定成立貿易投資工作組，以促進投資和貿易自由化為聯盟建設的重點；批準了五項合作計劃，包括港口管理、旅遊、人員培訓、海上運輸和保險。
2000年6月5日至10月5日，在阿曼的馬斯喀特舉行了壹次聯盟部長理事會特別會議，通過了聯盟議事規則的最後草案。中國和英國被接納為對話夥伴。
2001年4月，聯盟第三屆部長理事會在馬斯喀特召開，決定在推進貿易和投資自由化的同時，聯盟重點關註成員國之間在海運和漁業方面的合作，並探討在能源領域合作的可能性。建立壹個高級別工作組；接受法國為對話夥伴。貿易與投資工作組於2001年召開了第壹次會議，確定其工作重點是建立聯盟海關基礎數據庫，制定海關程序大綱、投資體系大綱、標準化和質量評估大綱、食品檢驗程序大綱。商業論壇和學術團體分別於2000年3月1998、3月1999、7月、2006年4月5438+0和2002年4月舉行了五次年會。
2002年5月5-8日，聯盟第五次高官會在阿曼首都馬斯喀特召開，確立聯盟各階段發展目標。目標是促進成員國之間的貿易和投資，重點是加強漁業、海上交通、能源、旅遊、網絡建設、港口管理、保險、跨國金融服務和技術進步等領域的合作，增加成員國貿易和投資體系的透明度，盡快完成標準化、質量評估和食品檢測程序、海關程序和投資制度等合作文件的起草工作。中期目標是加強成員國在貿易、投資、旅遊、技術轉讓和能力建設領域的合作。遠期目標是建立聯盟自由貿易區。同時指出，應進壹步明確其他機構的職能，聯盟貿易投資團體、商業論壇、學術組織“三駕馬車”機制應以聯席會議的方式加強協調，提高工作效率。上述想法尚待下壹屆部長會議批準。
2008年5月4-5日，印度-印度聯盟第八屆部長級理事會會議在伊朗首都德黑蘭舉行。會議審議通過了聯盟2007年決算和2009年預算報告、聯盟專項基金管理委員會關於各項目資助計劃的報告、聯盟未來3-4年行動計劃和聯盟工商峰會進展情況；通過了《德黑蘭宣言》,其中包括修訂《阿盟憲章》、實施機構改革以及加強各領域的合作。
同年5438年6月+10月，環印度洋地區合作聯盟地區科技轉移中心成立，總部設在伊朗德黑蘭，旨在促進成員國之間的技術轉移，促進科研成果的商業化和標準化。
2009年6月25日，印印聯盟第九屆部長級理事會會議在也門首都薩那舉行。會議審議了聯盟秘書處和特別基金委員會的財務報告。通過了《薩那公報》，鼓勵成員國加強各領域交流與合作；批準對本聯盟章程的修改；同意建立壹個審查委員會，對提交給聯盟商業論壇的項目進行優先排序和審查；支持在也門建立反海盜區域信息共享中心；支持阿聯酋爭奪國際可再生能源機構總部設立權。
2010年8月5日，印印聯盟第十屆部長理事會會議在也門首都薩那舉行。會議強調要加強機制建設，由部長會議現任、候任和前任主席作為“三駕馬車”主持，成員國駐南非使節組成的“特派團工作組”定期開會，協調檢查和後續工作。會議發表《薩那公報》，呼籲各成員國和對話夥伴優先支持三個合作項目，即漁業中心、海事理事會和區域科技轉移中心。
2011 11 15、印印聯盟第11屆部長理事會會議在印度班加羅爾舉行。會議同意接納2003年退出聯盟的塞舌爾重新加入，通過了區域科技轉移中心諒解備忘錄和章程草案，聯盟秘書處與阿曼政府簽署了漁業中心總部協議。會議發表了《班加羅爾公報》，提出重點關註六大領域:海上安全、貿易投資便利化、漁業管理、減少災害風險、學術和科學合作、促進旅遊和文化交流。
2012 165438+10月2日，印太聯盟第12屆部長理事會會議在古爾岡舉行。會議同意接納科摩羅為聯盟第20個成員國，並通過了美國成為聯盟對話夥伴的申請，宣布澳大利亞將在下壹次部長理事會會議上接任聯盟主席，印度尼西亞接任副主席。會議發表《古爾岡公報》，提出加強本地區漁業資源保護和開發、密切減災合作、開展本地區優惠貿易安排和統壹關稅可行性研究、加強本地區互聯互通建設等措施，並決定於2013年召開印度洋航運安全會議，研究建立印度洋信息交流和海況監測機制。