合夥企業作為非納稅主體，其生產經營所得和其他所得按照國家有關稅收規定由普通合夥人和有限合夥人分別繳納所得稅。有限合夥制之所以在美國創投業能夠取得如此迅速的發展，主要是因為有限合夥企業本身並不是所得稅納稅義務人。有限合夥企業的全部收益在分配給每壹個合夥人之後，再由他們按照自己適用的邊際稅率納稅，避免了公司制下的雙重稅賦。
2．LP和GP關系清晰、基金管理運作簡潔高效
公司治理方面，有限合夥企業充分授權普通合夥人（GP）管理運作基金。有限合夥制中有限合夥人承擔有限責任但不參與管理；普通合夥人承擔無限責任且有最高決策權，既尊重了普通合夥人的管理價值、又保護了有限合夥人的權利，使得基金管理運作簡潔高效。
3．靈活有效的激勵機制、決策機制
有限合夥制壹般在《有限合夥協議》中，會賦予普通合夥人（GP）較多的管理權限以及較豐厚的利潤分配方案。在GP決策上，管理人對項目有相對有效的獨立決策權利，在資本繳付的安排、增減資表決上手續簡單，保底分成條款引起的委托理財糾紛也可以解決；就激勵機制而言，20%的利潤分成通常被認為是有限合夥制企業激勵普通管理人的主要方式，普通合夥人在收取壹定管理費後，在將有限合夥人的資本全部收回之後，還會提取壹定比例的超額收益提成，也就是“管理費+凈收益”這樣的激勵模式。有限合夥企業充分授權普通合夥人管理運作基金，使得普通合夥人和有限合夥人的利益緊密結合的同時，大大提高提升了普通合夥人的積極性。
4．約束機制加強風險管理
普通合夥人從基金管理到投資收益其權限範圍相對較高，高效運作的同時，為控制道德風險，國內有些有限合夥企業在《有限合夥協議》中規定了有關同業競爭的條款：LP可以與有限合夥企業進行交易，LP可以自營或同他人合作經營與本有限合夥企業相競爭的業務，但GP則不能從事與基金競爭性的業務，基金投資完成80%以後，GP才可以投資；同時，從約束機制來看，有限合夥中的普通合夥人對合夥企業承擔無限責任，這也是壹種強風險約束機制。另外，有限合夥企業壹般在國內期限為5-7年，國外壹般7-10，存續時間較短，有限合夥人如果不滿意普通合夥人管理時，可在終止後選擇其他普通合夥人。有限合夥企業的約束機制，有效約束普通合夥人的投資行為必須做到盡職盡責。
5．資金使用效率較高
投資人的出資實行“承諾出資”，註冊時無需驗資，有投資需要時普通合夥人根據《有限合夥協議》約定的比例通知所有合夥人分批註資。沒有好的投資項目時，認繳的資本可以暫時不到位，而在有了好的投資項目時，可集中投入資金，從而避免資金積壓，提高使用效益。但在銀行融資方面，有限合夥企業存有壁壘。
有限合夥企業運作劣勢：
1．合夥人誠信無法保證：中國目前並沒有建立自然人的破產制度，合夥人的誠信問題無法保障，責任很難追溯。合夥制很大程度上是事前協議約束，在後期LP對GP的管理監督也較難實現。
2．開設證券賬戶仍待落實：合夥企業是非法人，根據《證券法》相關規定開設證券帳戶要求是自然人、法人、社會團體，沒有提及合夥企業能不能開證券帳戶。
3．政府政策偏向，暫緩有限合夥制的發展：從政策上有“傾斜”公司制“打壓”有限合夥制之嫌。
4．配套措施不完善，各地及跨部委標準不壹：在商務部及發改委通過的合夥制，但在證監會仍然會有問題，如開設證券賬戶等。壹些當地工商行政人員對有限合夥制的登記流程等不熟悉。