在規定的留學期限後3個月(含)內未回國，構成部分違約。違約人員應賠償留學基金資助的全部費用的20%的違約金。經使領館批準，仍可提供往返機票。
因航班等特殊原因超出規定學習期限1個月(含)內抵達中國者，不視為違約。
第三十八條出國前未還清國家助學貸款的留學人員，在出國期間應當按照國家助學貸款的有關規定償還貸款。還款有困難的，辦理相應延期手續；對逾期未歸還違約的，按照約定和國家助學貸款的有關規定履行相關義務。
第三十九條使領館應當及時向獎學基金委員會報告公費研究生違約情況及其留學資助情況，並協助獎學基金委員會進行違約追償。
第四十條評選單位應當及時向留學基金委提供自身違約人員的相關情況和信息，並協助留學基金委開展違約追償工作。
第四十壹條違反協議約定的違約行為，由獎學基金委員會按照國家法律的規定和協議的有關規定進行違約賠償。違約方本人或其擔保人(即本協議的丙方)應承擔相應的違約責任。
1.違約人員按協議規定承擔相應違約責任的，全額給予經濟補償，不追究其法律責任。違約人員未按協議規定承擔違約責任和賠償的，將要求其國內擔保人承擔經濟責任。如果違約人員及其擔保人不承擔約定的經濟賠償責任，將在國內通過法律途徑解決。
2.壹旦發生違約，特別是對未按協議規定履行經濟賠償責任的，必要時將采取其他輔助手段，如以留學基金委員會的名義通知外方違約事實；公布違約清單等。
3.違約人員在完成經濟補償後，完成了與留學基金委簽訂協議的義務，但國家派出的留學人員身份不變。協議的解決由獎學基金委員會通知使領館、違約人員本人和評選單位。