科研基金對搞活科學勞動結構，大力扶植新學科，促進科學技術發展有著積極作用。衛生部決定從1985年起試行科研基金制。第二條 根據中央提出的改革精神，結合我們既往工作實踐，參閱國外科學基金的資料，衛生部醫藥衛生科研基金的基本作法是：計劃指導（招標指南），自由申請；自願組合，鼓勵協作；提倡競爭，同行評議，擇優支持；按課題撥款，專款專用；申請者負責，單位監督保證。要有利於調動科研人員的積極性、主動性、創造性。第三條 醫藥衛生科研基金用於支持《衛生部醫藥衛生科研招標指南》範圍內的中標課題，包括基礎、應用和開發研究。第四條 科研基金資助的課題，按不同性質和償還能力，實行無償和部分償還二種撥款辦法。無償撥款又分為簽定合同和資助二種形式。基礎研究采用資助撥款，應用研究采用無償合同撥款，開發研究采用有償合同撥款。第五條 承擔科研基金資助課題的單位，對外實行合同制，對內實行課題承包制，責、權、利相結合。第六條 科研基金來源：國家科委撥給的科技三項補助經費，衛生事業費，個人捐贈的經費以及其他來源等。
科研基金按基礎研究課題20—25％，應用研究課題60—70％，開發研究課題10—15％的比例分配。第二章 基金使用辦法第七條 資助科研基金數額與課題均需經同行專家評議，由衛生部最後審定撥款。第八條 有償合同課題的科研基金需經甲乙雙方對任務指標、研究進度、完成期限、償還經費額數、償還期限等充分協商取得壹致意見後，明確具體地填寫在合同書上，甲乙雙方簽名並蓋單位圖章。第九條 承擔中標課題單位要對科研基金資助的課題加強領導、督促、檢查，在人力、物力、時間上給予支持和保證。對課題經費，財務部門要獨立核算，專款專用。第十條 衛生部將采取各種方式組織有關專家及人員對課題進度和基金使用情況進行檢查，如不按協約進度或資金使用不當等情況，將根據具體情節采取相應措施，追究責任，直至停止資助。第十壹條 科研基金，年終結余經費可跨年度使用，課題全部結束後剩余經費可留原單位使用。第三章 合同的簽定第十二條 科研基金有償合同的簽定，衛生部為甲方，承擔任務單位為乙方，承擔任務單位的主管領導部門為丙方。甲乙雙方簽訂合同。丙方對課題的進度和經費使用起保證、檢查、監督作用。第十三條 有幾個單位協作的中標課題，由牽頭單位與衛生部簽定合同，劃定經費。牽頭單位與協作單位協商，劃分經費。第十四條 中標課題需作調整時，必須經甲方同意後方可調整，中標課題的經費全部收回或部分收回。第十五條 科研基金專款專用，在保證完成好合同規定的任務前提下，科研經費節約歸本單位。節約部分用於發展科研工作，改善科研條件，完成任務出色的經上級單位領導批準，可以提取部分經費按貢獻大小獎勵個人。第四章 附則第十六條 本條例從頒發之日起開始試行。