沈鵬飛畢生從事林業教育和林業科學事業，編寫了我國第壹本橡膠經理學講義，主編了《森林經理學》。組織白雲山林場建設，組織領導西沙群島資源調查、海南島森林調查。是中國林學會第四屆和中國環境遙感學會名譽理事長、廣東省林學會、廣東省遙感研究會理事長。
沈鵬飛認為：“林業教育必須與林業生產實踐和科學研究相結合”。他治學嚴謹，教學認真，重視理論聯系實際，善於博取眾長。主要代表作有：《調查西沙群島報告書》、《農業與林業之關系》、《廣東造林運動與森林教育之進程》、《重視森林經理、發展森林經理──我國森林經理實踐意見和問題》、《南方遙感試驗場建設的探討與工作報告》。教育論文有：《對於辦理農業專門教育之管見》、《為提倡農專改辦大學者進壹解》、《中山大學農林學科之使命及其概況》、《近百年廣東林業教育史略》。 1 沈鵬飛．美國全國森林教育會議記．森林，1921，1（1）．
2 沈鵬飛．世界森林損耗與水災之關系．森林，1921，1（4）．
3 沈鵬飛．農業與林業之關系．森林，1922，2（2）．
4 沈鵬飛．世界松柏科木材之缺乏與俄國之供給．森林，1922，2（3）．5 沈鵬飛．調查西沙群島報告書．廣州：中山大學出版社，1928．
6 沈鵬飛．等廣東杉木地方材積表編制的初步報告．林業科學，1957，3（3）．
7 沈鵬飛．關於打枝和密植問題．中國林業，1957（7）：9—10．
8 沈鵬飛．廣東林業教育發展史略．農史研究（第壹集）．北京：農業出版社，1980．
9 沈鵬飛．積極推進我國森林經理事業．林業調查規劃，1982．
10 沈鵬飛．重視森林經理，發展森林經理——我國森林經理實踐意見和問題．森林合理經營永續利用．北京：中國林業出版社，1982．
11 沈鵬飛．中山大學校史（1924—1949）序．上海：上海教育出版社，1982．
12 沈鵬飛．南方遙感試驗場建設的探討與工作報告．森林經理文集．北京：中國林業出版社，1985． 沈鵬飛不僅有著深厚的林學造詣，而且對多個學科都有研究。這就為他開展廣泛的學術活動提供了條件。早在中華人民***和國成立初期，他和梁希、殷良弼等老壹輩林業專家發起籌組中國林學會，被選為中國林學會第壹、二、三屆常務理事，第四屆名譽理事長。80年代初期，他曾被選為中國環境遙感學會名譽理事長、中國林業教育研究會顧問。1983年前，他歷任廣東林學會理事長，還參加籌建廣東生態學會，廣東遙感學會的工作，並積極參加廣東植物學會、廣東鳥類保護協會、廣東技術經濟與現代管理研究會等十幾個學術組織的活動，並在其中擔任榮譽職務。1979年，他組織了林業、水電等有關單位42人的科學考察團跋涉於陽江、電白、吳川、羅定、郁南、德慶等6個縣、對廣東水土保持工作，從機構隊伍到生物與工程治理等技術措施提出了成套的意見。同年12月，他又組織科學考察小組連同地方有關部門，對西江上遊水源林進行調查分析，指出並論證了惠東縣“九·二五”特大水災與亂砍濫伐森林、破壞生態平衡的關系。1980年3月，他再次組織15個單位的專家、學者30人，考察流溪河、增江上遊水源林，並向有關部門提出劃定水源林的原則，保護和發展水源林的途徑，以及經營方針、改革體制等方面的建議。
從1955年1月開始，沈鵬飛連續擔任廣東省第壹、二、三、四屆政協委員。1978年被選為廣東省人民代表大會代表，次年12月被選為省人大常委會委員。他在廣東省人大常委會和廣東省政協多次會議上，發表了有關維護廣東生態平衡，促進社會主義建設的發言，提出林業建設的各種建議，他積極開展國內外的學術交流，在某些項目上甚至自己暗自為之墊付經費。1979年10月至逝世前，他擔任中國農工民主黨中央第八屆委員會委員，廣東省委員會副主任委員，熱情從事海峽兩岸交流和海外聯誼工作。 “文化大革命”後，他將補發的工資捐獻給中國林學會獎勵基金會，作為發展科學技術之用。
沈鵬飛治學最突出之處在於理論與實踐的統壹。他壹貫強調理論要說明實際問題，為生產建設服務，同時又要來自實際。他曾生動地指出：“基本理論很重要，但是要註意和實際相聯系，盡可能地為實際服務，比如妳只講形態分類，但又不講它在什麽生態條件下生長發育，又不介紹它們的用途，這樣就不全面了，賣廣告還要講用途嘛”。
50年代，他為了使華南農學院林學系的教學更好地從華南實際出發，特地和林業部聯系，設立華南林業研究室，並親自兼任主任。他帶頭深入林區研究山價、油茶經營及其技術經濟問題。他是我國早期將技術經濟引人林學領域，特別是經濟林的研究者之壹。
60年代，為了研究中國熱帶林的主伐與更新，他親自在海南島霸王嶺林業局建立了熱帶林主伐、更新實驗區。當他87歲高齡再度登上當年實驗林的山場時，郁郁蔥蔥的壹片茂林，生動形象地向世人說明了海南熱帶林的采伐與更新規律，展示了中國林業學者對熱帶森林研究的成果。
70年代末開始的中國歷史變化，使沈鵬飛對祖國未來再次充滿激情，他寫詩道：“歲暮艷陽仍美好，人生難得***春光”。他在晚年著重做了兩件工作，壹件是在華南農學院建立了森林經理研究室，這是中國高等學校最早建立的這類研究室之壹；壹件是在廣東推動環境遙感事業的發展，在林業部的主持下成立中國林業的第壹個遙感試驗場——南方林業遙感試驗場。在建場壹周年的時候，他親自撰文作了建場的總結。
沈鵬飛生命的最後幾年，仍然學而不倦，刻苦工作。甚至在住院高燒期間，還為1980年林學會學術會議撰寫論文，委托助手到會上代為宣讀。在這次會後，壹批南方森林經理學者，要求發起召開南方森林經理理論座談會，以求進壹步探索南方森林經理的路子，推動我國南方林業建設的發展。他欣然贊同，並在籌備期間將座談會改名為“南方森林經理理論與實踐座談會”，強調理論與實踐的統壹。參加這次座談會除森林經理學家外，還有生態學家、經濟學家和系統工程學家，形成多學科綜合的學術活動。1981年，座談會結束後，在福建、湖南、雲南集體林區出現了壹批森林經理實驗點。沈鵬飛也親自在廣東龍門縣地派辦起了合子森林永續利用實驗點，將這個不足20戶的小山村辦成林茂糧豐，人均收入全縣最高的壹個地方。1981年之後，他發起召開的南方森林經理理論與實踐座談會，逐步形成了我國南方森林經理定期學術交流的壹個中心。
1982年，沈鵬飛年屆90高齡，仍然南北奔波，片刻不停地戰鬥在科研、教學的第壹線。這壹年春天，在南京召開的全國環境遙感學術年會上，與會代表祝賀了他的90誕辰。5月，廣東省各界數百人隆重慶祝他從事科學教育事業60周年和90壽辰，廣東省的領導人和學術界人士熱烈向他表示祝賀。來自全國的弟子，有的白發蒼蒼，有的風華正茂，都衷心感謝他對自己的培育。他興高采烈地表示：壹定要在他的晚年為祖國、為人民作更多貢獻。6月，他又赴北京開會。7月到東北考察森林資源和北方林業遙感試驗場，仔細研究了東北林業建設的狀況。在取道北京南返時，因雷暴飛機滯留天津，壹夜未眠，到京後又不顧疲憊，利用在京逗留的壹天時間，伏身招待所的狹桌上，寫了長達數千字的報告，送給當時的林業部長，提出了他對林業建設的壹些想法和建議。8月，他回到廣州後，學校本來安排他到中山縣度假，他卻利用這壹段時間，和當地林業幹部研究工作，親自攀登五桂山，檢查壹個遙感研究課題的情況，就是在這最後的壹次實踐活動中，他染上感冒轉為肺炎。10月在住院期間，他在病床上親自起草了森林經理研究室的基建計劃。11月中旬至下旬，他要求助手為他準備資料，研究華南林業建設新局面問題。12月上旬，他樂觀地估計很快將要出院，開始計劃1983年的工作。不料到12月中旬，病情第二次惡化。此時適逢中國林學會第五次全國會員代表大會召開，他對助手口授了他給大會的賀電：“熱切期望更多的中青年進入理事會”，“願青山綠濤把紅色中華襯托得無比壯麗”，字裏行間洋溢著這位老林業科學家對綠化祖國、建設現代化林業的宏偉願望。1983年1月6日，這位中國林業界老壹輩的學者，終於離開了他終身奮鬥的林業工作崗位。 中國近代著名林業教育家、林業科學家，中國現代高等農林教育的先驅。