中國科學院青年研究基金項目《不動水體存在時多孔介質中溶質運移的機理和數學模型》，1988年－1990年，楊金忠，蔡樹英等。
國家教委重點跟蹤優秀青年教師基金，多孔介質中溶質運移的隨機理論，1991年1月至1995年12月：楊金忠，蔡樹英等。
霍英東青年教師基金，汙染物通過區域飽和—非飽和土體的隨機理論，1994年1月至1997年1月：楊金忠，蔡樹英等。
自然科學基金，汙染物通過區域飽和—非飽和土體的運動理論，楊金忠，葉自桐，蔡樹英，黃冠華等.
自然科學基金重點課題“水資源保護的應用基礎研究”張蔚榛，楊金忠，趙文謙，羅麟，葉自桐，李嘉，徐玉佩，李克峰，蔡樹英，鄧雲。
高等學校博士學科點專項科研基金“地下水汙染的隨機數值預報和風險分析”， 1997～2000年，楊金忠，蔡樹英，葉自桐，王富慶。
國家自然科學基金項目，汙水灌溉中汙染物轉化運移規律的基礎研究， 2003－2005年，楊金忠等；
國家“863”課題，劣質水資源化與灌溉利用技術，2002－2005年，66萬元，楊金忠等；
國家高技術研究發展計劃（863計劃）課題，微鹹水與再生水高效安全利用技術研究， 2003－2006年，楊金忠子課題主持；
內蒙古河套灌區水資源綜合評價，楊金忠，沈榮開，胡鐵松，蔡樹英，王曉紅，2004.03-2005.1。
國家自然科學基基金重點項目，灌溉排水條件下農田氮磷轉化、運移規律與控制措施，楊金忠，蔡樹英，王康，洪林，2006.1－2010.12
國家自然科學基基金面上項目，基於KL-PC展開的溶質運移隨機數值方法及條件模擬研究， 2006.12－2009.12，楊金忠，蔡樹英。
國家重點基礎研究發展計劃(973)，海河流域水循環演變機理與水資源高效利用，子課題：“單株－群體－農田－農業”水利用效率的尺度效應與不同尺度灌溉水利用效率的計算方法，楊金忠，黃介生，伍靖偉
國家高技術研究發展計劃（863計劃）課題，重點項目名稱：水鹽調控精量灌溉技術，楊金忠，黃介生，王修貴，董斌