1.村莊管理。即合作醫療站(點)自建，村委會管理。其資金由村集體經濟組織(或村)和村民共同承擔。實施對象僅限本村居民，個人享受合作醫療的範圍和標準由村裏制定。它是過去中國農村合作醫療的主要形式。比如1985，上海郊區3037個村，83.5%是村辦的。
2.村辦鄉管。在這種模式下，合作醫療站(點)仍由村委會建設，合作醫療資金由集體和個人共同籌集，但享受範圍和標準由村、鄉協商制定，資金由鄉衛生院或農村合作醫療管理委員會統壹管理，資金由村核算，超支由村承擔。
3.農村聯合經營型。在這種模式下，合作醫療站(點)由鄉鎮、村共建。除了村集體和個人繳費外，鄉政府還補貼部分合作醫療資金；資金由鄉鎮統壹管理，鄉村分賬核算。留成和報銷比例由鄉、村協商確定，享受範圍和標準由鄉鎮政府統壹制定。比如1985年，上海郊區的農村合作醫療有13%屬於這種模式。
4.鄉鎮管理。在這種模式下，由鄉鎮政府負責合作醫療站(點)的建立，合作醫療基金由鄉鎮、村和個人共同籌集，鄉鎮統壹管理和核算，享受範圍和標準由鄉鎮統壹制定。
5.多方參與。在這種模式下，除了鄉、村兩級的農村基層政權外，還有其他地方參與籌建農村合作醫療站(點)。例如，上海金山縣和湖北監利縣在當地政府和群眾的支持下，初步建立了合作醫療保險制度。以金山縣試點鄉汀新鄉為例，該鄉成立“合作醫療健康保險管理委員會”，由縣衛生局、縣人保科、鄉政府參與管理協調，農村居民以戶為單位，鄉鎮(含村)企業以企業為單位自願參加，繳費登記，鄉鎮“健康管理委員會”發放醫療保健卡，憑卡按壹定比例補償醫療費用。據統計，從1987到1989，鄉* *籌集醫療保險基金107.5萬元，同期鄉鎮支付醫療費用143.5萬元，其中患者413.0萬元，醫保基金13.0萬元。
6.大病統籌。在這種模式下，合作醫療制度只負責農村社會中符合“大病”標準的醫療問題，壹般疾病不納入合作醫療範圍。例如，江蘇省高郵市實施了大病合作醫療制度。其基本內容是:每人每年統籌繳納約1.5元，存入鄉鎮專戶。所有農村社會成員壹次性報銷50 ~ 100元醫療費用的20%，100 ~ 500元費用的30~40%，以此類推，最高報銷70%。
7.混合保障型。壹些地方建立了包括合作醫療在內的完善的農村基層保障體系，如山西省潞城縣石窟鄉、湖南省臨湘縣源潭鎮鎮遠村等。，都建立了以合作醫療保障和養老保障為基本內容的鄉鎮、村基層社會保障體系，具有網絡化、綜合性。
上述不同模式的農村合作醫療制度都在探索和發展過程中，究竟是以村為單位還是以鄉為單位，是以單壹制度好還是以綜合保障好，目前還存在爭議。有的地方叫醫療社會保險或者醫療保險，這是不真實的。所以都屬於農村合作醫療保險，在多方籌資、量入為出、提供綜合服務、保障居民健康等方面是壹致的。