政府建立基本醫療保險、地方補充醫療保險和生育醫療保險等醫療保險制度。
政府為公務員建立醫療補貼，鼓勵和支持企業建立補充醫療保險。第三條本市所有用人單位和職工必須按照本辦法的規定參加基本醫療保險、地方補充醫療保險和生育醫療保險。
本辦法所稱用人單位，是指本市行政區域內的所有機關、事業單位、社會團體、企業、民辦非企業單位和中介機構。
本辦法所稱職工，是指用人單位的在職人員、本辦法規定的退休人員以及在領取失業救濟金期間在本市登記的失業人員。
本辦法所稱參保單位是指已參加社會醫療保險的用人單位。
本辦法所稱參保人員是指已參加社會醫療保險的職工。第四條社會醫療保險制度遵循公平與效率相結合、權利與義務相對應、保障水平與社會生產力發展水平相適應的原則。第五條基本醫療保險實行社會統籌與個人賬戶相結合的基金管理模式。
地方補充醫療保險和生育醫療保險實行社會統籌。
基本醫療保險基金、地方補充醫療保險基金和生育醫療保險基金納入社會保障財政專戶，實行收支兩條線管理，專款專用。嚴禁挪用。
基本醫療保險基金、地方補充醫療保險基金和生育醫療保險基金因疾病暴發、嚴重自然災害等特殊情況不足時，由市財政給予補助。第六條基本醫療保險分為綜合醫療保險和住院醫療保險兩種形式。
下列人員參加綜合醫療保險:
(壹)具有本市戶籍(含藍印戶口，下同)的在職人員；
(二)退休前具有本市戶籍，由市社會保險機構按月支付養老保險待遇的退休人員；
(三)退休前已在本市登記，參加原養老保險行業統籌，由廣東省社會保險機構按月支付養老保險待遇的退休人員；
(四)市政府規定的其他在職人員。
下列人員參加住院醫療保險:
(壹)非本市戶籍的在職人員；
(二)由市社會保險機構按月支付養老保險待遇的非本市戶籍退休人員；
(三)在本市登記並領取失業救濟金的失業人員。
經用人單位申請，非本市戶籍的職工也可以參加綜合醫療保險。第七條參加綜合醫療保險或者住院醫療保險的人員，應當同時參加地方補充醫療保險。
具有本市戶籍的在職人員也應當參加生育醫療保險。第八條深圳市人民政府(以下簡稱市政府)設立的市社會保險管理機構主管本市醫療保險工作。
衛生、醫藥、物價、計劃、財政等有關部門應協助市社會保險機構做好醫療保險工作。第二章醫療保險費的征收第九條基本醫療保險基金的來源是基本醫療保險費及其利息、財政補貼和其他收入。
地方補充醫療保險基金的來源是地方補充醫療保險費及其利息和其他收入。
生育醫療保險基金的來源是生育醫療保險費及其利息和其他收入。第十條基本醫療保險費、地方補充醫療保險費和生育醫療保險費按下列規定確定:
(壹)參加綜合醫療保險的在職人員，以本人月工資總額為繳費基數。在職人員工資總額超過上年度本市城鎮職工月平均工資300%的，繳費基數為上年度本市城鎮職工月平均工資的300%；月工資總額低於上年度本市城鎮職工月平均工資60%的，以本市城鎮職工月平均工資的60%為繳費基數；
(二)參加住院醫療保險的人員，以本市上年度城鎮職工月平均工資為繳費基數；
(三)第六條第二款規定的退休人員，以其月基本養老金為繳費基數；
(四)第六條第二款第三項規定的退休人員，以退休前上壹年度本市城鎮職工月平均工資為基數；
(五)地方補充醫療保險和生育醫療保險的繳費基數，按基本醫療保險繳費基數計算。第十壹條用人單位和職工按下列標準繳納基本醫療保險費、地方補充醫療保險費和生育醫療保險費:
(壹)綜合醫療保險費，職工按繳費基數的8%繳納，其中用人單位繳納6%，職工個人繳納2%；第六條第二款第二項規定的退休人員，由市社會保險機構按照11.5%的繳費基數繳納，費用從基本養老保險基金中支付；第六條第二款第三項規定的退休人員，由原用人單位按照職工退休前的繳費基數11.5%×12個月× 18年壹次性足額發放；
(二)第六條第三款規定的在職職工住院醫療保險費，由用人單位按繳費基數的0.8%繳納；第六條第三款第二項、第三項規定的人員，由市社會保險機構按照繳費基數的0.8%繳納，費用分別從基本養老保險基金和失業保險基金中支付；
(三)地方補充醫療保險費，參加綜合醫療保險的，按繳費基數的0.5%繳納；參加住院醫療保險的，按繳費基數的0.2%繳納。除用人單位支付的在職人員外，其他人員的支付渠道和支付方式按照前兩項規定執行；
(四)生育醫療保險費由用人單位按繳費基數的0.5%繳納。