這裏以上海為例：
由於新生兒參加居保後，在建立賬戶之前發生的醫療費用，采用零星報銷方式支付。
因此，辦妥孩子的參保手續後，家長可以在醫療費收據開具之日起的3個月內攜帶孩子的戶口薄、有效的居保參保證明、出院小結、醫療費收據、明細賬單、相關病史資料、上海銀行或上海農村商業銀行(農信社)有效的銀行賬戶、本人的身份證等材料，至戶籍所屬的區、縣少兒住院互助基金管理辦公室申請報銷。
新生兒每次住院發生的符合基本醫療保險規定的醫療費用，設起付標準，壹級醫療機構50元，二級醫療機構100元，三級醫療機構300元。超過起付標準以上部分的醫療費用，在社區衛生服務中心(或者壹級醫療機構)就醫的，個人自負25%，在二級醫療機構就醫的，個人自負35%，在三級醫療機構就醫的，個人自負45%。
另外，居保少兒住院(急觀)醫療實行劃區定點，患兒應當在其戶籍所在地或入托、入園、入學所在地的市、區(縣)級醫院及鄉鎮衛生院、街道社區衛生服務中心住院治療，憑住院結算證明單、醫療證等由醫院記賬結算，可以享受個人自負50%的醫保待遇。