然而，這個母體自身就有不小問題。民航發展基金的前身是機場建設費。1992年溫州永強機場以非國家投資為由，開始征收機場建設費，隨後國內機場陸續開征機場建設費。2012年，機場建設費終於取消，但卻換了個民航發展基金的“馬甲”。
民航發展基金的收取、使用、監督等細則，由財政部於2012年3月下發的《民航發展基金征收使用管理暫行辦法》作出規定。該《辦法》稱，民航發展基金屬於政府性基金，收入上繳國庫，納入政府性基金預算，專款專用。
但是，《立法法》第九條規定，國務院就“對非國有財產的征收”事項的部分立法權，需全國人大（或常委會）的明確決定進行授權。但目前並沒有這種授權。