作物科學研究所、植物保護研究所、蔬菜花卉研究所、農業環境與可持續發展研究所、北京畜牧獸醫研究所、蜜蜂研究所、飼料研究所、農產品加工研究所、生物技術研究所、農業經濟與發展研究所、農業資源與農業區劃研究所、農業信息研究所、農業質量標準與檢測技術研究所、食物與營養發展研究所。