張軍獲得了科學研究獎。

張軍先後主持國家自然科學基金、國家973計劃、國家863計劃、國家空管科研計劃、民航重大科研工程項目等20余項。分別以1獲得2009年國家技術發明壹等獎(排名1)、2004年國家科技進步壹等獎(排名1)，還獲得中國青年科學技術獎、何李技術創新獎、國家教學成果二等獎(排名1)；發表SCI/EI論文100余篇，著作2部，國家發明專利35項(排名1)。空管新導航系統技術研發團隊先後成為教育部創新團隊、國家自然科學基金委創新研究組、科技部重點領域創新團隊。