殘疾人就業保障金由用人單位所在地的地方稅務局負責征收，沒有單獨地方稅務局的，由國家稅務總局負責征收。安排殘疾人就業未達到規定比例的，按差額全額征收保障金；差額小於1的，按照差額比例計算支付。用人單位安排盲人的，按兩人計算。
用人單位申請緩繳保障金最長不超過6個月；減少的金額不得超過1年應繳納的保障基金金額；已進入破產程序或已辦理歇業手續的用人單位，可申請免繳保障金。