1）蛋白質結構與功能，國家教委跨世紀優秀人才基金1996-1999，30萬元，負責人
2）FGF拮抗劑的設計，國家九五攻關課題，1997-1999，30萬元。負責人
3）通過肽庫進行藥物篩選和設計的研究 39670853國家自然科學基金1997-1999，9萬元負責人
4）自然科學方法在考古學中的應用，國家基金委人才基地1998-2001，200萬元，第二負責人
5）克裏雅隔離人群DNA多態性研究，國家教育部科技司重大項目2000-2001，60 萬元負責人
6）新疆古代居民DNA多態性研究，國家文物局，1999-2002，30萬元，第二負責人
7）新型器官移植免疫抑制劑的研究，國家九五攻關課題1999-2000。10萬元負責人
8）aFGF拮抗劑3T3細胞蛋白質組的影響，國家自然科學基金30070892，2000-2003。13萬元負責人
9）CYP2C9新突變體的結構與功能研究，國家自然科學基金30472062，2005-2007，21萬元，負責人
10）自然科學方法在考古學中的應用，國家基金委人才基地J0030094，2001-2005，100萬元負責人
11）特殊學科點項目 J0530184國家基礎科學人才培養基金2007-2009，110萬元，負責人
12)國家文物局：中國古代人類DNA遺傳資源獲取技術規範制定，2009-2011年
13)國家自然科學基金委J0930002，2009-2011 國家基礎科學人才培養基金
14)國家科技部“十壹五”支撐計劃--子課題，3500BC-1500BC中國文明形成與早期發展階段的技術與經濟研究 2007-2008
15)國家自然科學基金，阿糖胞苷聯合丙戊酸誘導白血病細胞（AMK）雕亡研究 2009.01-2009.12.
等等