1、投資對象不同：貨幣基金主要投資於貨幣市場工具，包括短期國債、企業債、商業票據、銀行定期存單等。而債券基金則主要投資於各類債券，包括企業債、政府債、公司債、可轉債等，有些還會配置少量的優質股票。
2、風險和收益不同：貨幣基金的投資對象主要是貨幣市場工具，這些工具的安全性很高，因此貨幣基金的風險相對較低，收益也相對穩定，壹般在3%至5%之間。相比之下，債券基金的風險稍高，特別是評級較低的債券，風險更高，但為了能夠賣出債券，給出的收益也會更高壹些。
3、流動性不同：無論是貨幣基金還是債券基金，只要不是封閉式的，都可以隨時贖回。但相對而言，貨幣基金的流動性更高，通常貨幣基金到賬速度更快，壹般T+0、T+1即可，而債券基金壹般受基金公司的結算速度影響，壹般至少T+1。
4、計息方式不同：貨幣基金通常以預計的7日年化預期收益率為參考，按萬份預期收益計算。而債券基金則是按照基金凈值計算預期收益。