中臺部門包括市場部、風控部、財務部、監察審計部和產品研發部，主要為公司前臺提供支持，目標是保證公司對客戶服務的連續性。中臺部門雖然不直接接觸客戶，但必須與前臺部門建立相應的隔離機制。否則還會出現前後臺投資決策信息的泄露，中臺部門與前臺部門溝通效率低下，影響基金管理人的整體運作效率。
後臺部門，包括行政管理部、人事部、清算部、信息技術部等。，主要為前中臺部門提供支持，目標是保證基金經理策略的執行和效果。由於基金管理人的後臺部門需要與監管部門、其他相關政府部門、機構投資者、法律顧問、審計師等主體進行溝通和接觸，因此對後臺人員的業務行為進行控制非常重要。
近年來，部分基金經理嘗試探索前後臺部門的外包，對基金經理的內部控制提出了挑戰，對基金經理的前中後臺控制提出了更高的要求。