自動化系南京工程學院自動化系是培養電氣工程及其自動化、建築自動化、智能控制技術等高級應用技術型專門人才的搖籃。自動化系現有專業有:電氣工程及其自動化(江蘇省品牌專業)、建築自動化、網絡電氣技術、計算機控制技術、智能設備與管理、工業自動化技術/現代物業管理、智能建築/電子商務、城市照明工程、電氣自動化/市場營銷等。經過多年探索，建立了先進完善的人才培養模式，形成了高職特色明顯、產學研成果顯著、規模效應顯著的重點專業。以市場為導向，瞄準科技發展前沿，強化創新能力和實踐能力，加大教學內容和課程體系改革力度，努力造就適應社會需求的高素質、實用型、技術型專業人才。在校全日制學生1500人。自動化系專業技術先進，與社會需求和科技創新緊密結合，適應性強，實用性好。能夠跟上現代企業的發展步伐，畢業生就業市場容量大，前景廣闊。畢業生深受社會歡迎，年就業率超過95%。自動化技術應用型人才經受住了社會的考驗，南京工業職業技術學院。
，贏得了口碑口碑。自動化系辦學條件優越。為了適應高等職業教育的需要，在校內外建立了技術先進的實驗實訓基地。實驗實訓中心室有11實驗室，包括電工實驗室、電子實驗室、電機控制實驗室、單片機實驗室、PLC實驗室、傳感器實驗室、電力電子實驗室、速度控制實驗室、智能建築實訓中心、中央空調實訓中心、電梯控制技術實訓中心、電氣控制實訓中心。總投資近800萬元。自動化系與江蘇愛濤物業有限公司、南京華士德機電有限公司、南京乳業集團、南京卷煙廠、南京交通大廈、南京漢爾科技有限公司建立了產學研相結合的實訓基地，相應專業畢業生每年可免費到企業實習三個月，企業優先安排畢業生就業。校內外完善的實驗室實訓基地為學生專業學習、技能培養、走上崗位培訓、了解社會奠定了堅實的基礎，為學生營造了真實的專業氛圍，是培養高職人才的重要保證。自動化系有51名專兼職教師。其中專家2人，兼職教授3人，副教授6人，講師10人，畢業生12人，雙師型教師比例超過70%。師資隊伍結構優化，梯隊合理，教學水平高，科研能力強。多次主持省級科研項目。自動化系是全國高等教育研究會電氣工程及其自動化專業委員會主任，中國電工學會電氣工程教育專業委員會副理事長，電子工程師理事會理事。自動化系非常重視學生能力的培養，以專業功能模塊構建自動化專業人才培養體系。構建職業資格與學歷並重的課程和教學內容體系；隨著職業資格和實踐能力的提高，將推動教學模式、教學方法和教學手段的改革。在加強學生職業技能訓練的同時，鼓勵學生積極參加各種比賽，展示自己的實力和風采。他們在今年的最後兩屆全國大學生電子競賽中分別獲得了省壹等獎和國家二等獎，還在江蘇省大學生挑戰杯上取得了優異的成績。
信息工程系
信息工程系是南京工業職業技術學院，辦學特色鮮明，計算機專業。
設置齊全、中外合作辦學較早、畢業生壹次性就業率較高的院系之壹。現有教職工50余人，其中教授、副教授、高級工程師10余人，留學回國人員3人，江蘇省“333工程”培養人員1人，碩士以上學歷人員28人。現開設計算機網絡技術、軟件技術、網絡管理與維護、計算機多媒體技術、圖形圖像制作、動畫設計與制作、計算機信息管理/印刷圖文信息處理、計算機系統維護/電子商務、計算機應用技術/電子商務等。其中，計算機網絡技術是江蘇省高校的特色專業。信息工程系還與威根和利學院信息系、桑德蘭大學計算機科學與工程學院合作，聯合開設計算機應用(軟件工程)和商務信息技術專業，讓學生在該校完成學業；也可以去英國繼續深造，獲得學士和碩士學位。該系擁有較為完善的實驗實訓體系，包括思科網絡技術實訓中心、軟件工程實訓中心、信息系統實驗室、數字媒體實驗室、嵌入式系統開發聯合實驗室、計算中心和大學生計算機應用創新中心，並在江蘇軟件園、東大金枝有限公司等信息技術企業設有實訓基地。信息工程系致力於為IT行業培養高技能應用型人才。學生完成學業後，可以立即走上信息領域及相關行業的工作崗位，從事軟件開發、網絡技術和信息管理技術，從事數字媒體創業和開發，也可以從事電子信息設備的專業測試和維護。
計算機和軟件學院
計算機與軟件學院是南京工業職業技術學院辦學特色鮮明、計算機專業齊全、中外合作辦學較早、畢業生壹次性就業率較高的院系之壹。現有教職工50余人，其中教授、副教授、高級工程師10余人，留學回國人員3人，江蘇省“333工程”培養人員1人，碩士以上學歷人員28人。現開設計算機網絡技術、軟件技術、網絡管理與維護、計算機多媒體技術、圖形圖像制作、動畫設計與制作、計算機信息管理/印刷圖文信息處理、計算機系統維護/電子商務、計算機應用技術/電子商務等。其中，計算機網絡技術是江蘇省高校的特色專業。計算機與軟件學院還與英國威根與利學院信息系、桑德蘭大學計算機科學與工程學院合作，聯合開設計算機應用(軟件工程)和商務信息技術專業。學生可以在該校完成南京工業職業技術學院。
完成學業；也可以去英國繼續深造，獲得學士和碩士學位。該系擁有較為完善的實驗實訓體系，包括思科網絡技術實訓中心、軟件工程實訓中心、信息系統實驗室、數字媒體實驗室、嵌入式系統開發聯合實驗室、計算中心和大學生計算機應用創新中心，並在江蘇軟件園、東大金枝有限公司等信息技術企業設有實訓基地。計算機與軟件學院致力於為IT行業培養高技能應用型人才。學生完成學業後，可以立即走上信息領域及相關行業的工作崗位，從事軟件開發、網絡技術和信息管理技術，從事數字媒體創業和開發，也可以從事電子信息設備的專業測試和維護。
基礎課程部
南京工程學院基礎課系成立於1960，前身為基礎學科，是南京工程學院重要的教學部門之壹。現有教師66人，其中教授、副教授16人，講師30人，碩士37人。形成了壹支結構合理、層次分明、敬業進取的高素質教師隊伍。系下設六個教研室，分別是數學教研室、理化教研室、語文教研室、大學英語教研室、對外漢語教研室、小語種教研室。設有理化實驗室、數學建模訓練中心、綜合語言能力實訓室。開設了商務日語、應用韓語、文秘(涉外文秘)、統計實務(外貿統計)等專業，培養能夠熟練掌握和使用語言工具，具有較強的聽、說、讀、寫、譯能力，掌握基本的商務理論和知識，具有創新精神、實踐能力和國際視野的各類復合型、應用型中高級專業技術人才。培養既懂外貿實務又能從事市場調研、經濟預測、經濟信息分析等經濟管理的應用型人才。目前，高等數學被評為江蘇省壹級精品課程，大學語文、大學英語被評為高校精品課程。在基礎課部的精心組織和培養下，大學生科技創新大賽取得了顯著成績。自2002年首次參加全國大學生數學建模競賽以來，成績優異，獲得全國壹、二等獎和江蘇省南京工業職業技術學院壹、二等獎。
2007年在國內同類高校中排名第壹。近年來，在學院黨委的領導下，基礎部全體教職工按照堅持科學發展、加強內涵建設、深化管理改革、構建和諧校園的總體思路，遵循以生為本、以質取勝的原則，教師是根本，人才強校；以創新為靈魂、以創新為特色的辦學方略，以“壹流的師資隊伍、嚴格的教學管理、領先的教學質量、鮮明的特色、不斷的創新、在教學科研和學術活動中做出成績”為系建設的基本目標，以課程改革凝聚人心、以教學創新激發活力，積極探索和創建全新的高職公共基礎課教學模式體系。積極探索將基礎課教學融入以學生專業技術技能訓練為主體的教學結構框架的途徑，為學生職業能力和職業素養的全面發展奠定堅實基礎，為學生就業、就業、創業及其可持續發展提供堅實支撐，為學院發展做出應有的努力和貢獻。
社會科學系
社科系是從事大學生思想政治理論課和人文素質教育課教學的教學部門。由三個教研室和壹個實訓室組成:馬克思主義理論教研室、思想品德教研室、人文學科教研室和德育實訓室。社科部開設了《毛澤東思想概論》、《鄧小平理論和三個代表理論》、《思想道德修養與法律基礎》、《職業觀與道德》、《心理健康與成功》、《形式與政策》、《當代世界經濟與政治》、《邏輯與口才》、《社會學概論》、《音樂欣賞》、《創作意識與成功》、《歷史人物概論》等必修課。其中，“毛澤東思想、鄧小平理論和三個代表重要思想概論”被評為院級精品課程，“思想道德修養與法律基礎”被列為精品課程建設項目。近兩年，社科部加大思想政治理論課教學改革力度，結合高職教育特點和高職學生思想實際，註重實效，深化教學內容和教學方法改革。充分發揮思想政治理論課在高技能人才培養中的作用。社科部擁有壹支政治業務素質高、教學經驗豐富、銳意進取、團結協作的優秀教師隊伍，有專兼職教師28人，其中教授、副教授9人。40歲以下，碩士學歷，任教南京工業職業技術學院。
師12人。目前已承擔江蘇省社科研究“十壹五”基金項目、江蘇省教育科學研究項目、研究所教學科研項目***12。社科部全體教師倡導“師法、博學、恒心”的道德理念，堅持“合作、進取、求實、創新”的部門工作作風，註重教學質量的提高，堅持以科研促教學，鼓勵青年教師在職進修，鼓勵教師從事科研工作。