順治二年(1645)，江陰淪陷，明朝知府林之基撤封，去職。清朝知府方衡繼位，照常發布理發令。農歷六月二十八，何茂、邢禪、周順、吉星、楊芳、薛永、楊琦、紀茂、欣榮等人提出留發。方恒發誓。大家大怒，罵:“妳壹個中國秀才，戴著紗帽，圍著圓領，來當韃靼的知府。妳不感到羞恥嗎？”方恒羞愧難當，中止了討論。
六月初壹日淩晨，方衡以尚香的名義，召集當地學生、鄉紳、百姓百余人到文廟。他們問:“現在江陰已經完全投降了，應該沒什麽事了吧？”方恒說:“只剩理發了。剛才那四個兵因為剃了頭發，就被送來了。”他們問:“我可以剃頭嗎？”方衡道:“這是大清國的法律，不可違背。”然後我回到我的辦公室。學生徐勇等人聚不到壹起，就在明倫堂壹起發誓:“妳可以打破頭，永遠不剃頭！”就在這時，常州政府發來壹份文件，嚴令剃頭，其中有“留頭不發，留發不頭”的字樣。方衡讓抄寫員把公文寫成通知，貼了出去。抄寫員寫下這句話時，義憤填膺，把筆扔在地上說:“我們去死吧！”這個消息很快就傳遍了全城，立刻就傳開了。方衡見軍士不聽，暗中報告常州府，要求上司派兵“多殺舒威”。這封密函被益民發現，於是在第二天的第二天，方衡被抓，清朝被斬首。《典史》的領軍人物陳明宇聲稱，江陰益民打著“大明中興”的旗號正式反清。
江陰人民抗清的消息傳開後，清朝常州知府宗昊派兵三百鎮壓，於六月初五在秦王山下被江陰益民殲滅。後來，在陳明宇的領導下，江陰軍民多次擊退小股清軍的進攻。同時嚴查城內奸細，宣布有能舉報、抓獲奸細的人，獎勵五十兩銀子。奸淫滿清的原縣令方衡及多名出賣情報、企圖投敵的奸細被處死，有效遏制了江陰的內崩。
6月21日，清貝勒、博羅將軍命令劉亮佐重兵包圍江陰城。24日，劉亮佐做了壹張紙，在東城外拍攝。江陰軍民討論後，答復駁回。眼看投降無效，劉亮佐在城外追殺誌願軍，企圖切斷城內軍民的外援。七月的第壹天，圍攻開始了。這座城市戒備森嚴，士兵們箭如雨下。城裏人壹手拿著鍋蓋，壹手抓著箭，每天能得三四百支箭(壹支三四十萬)。
江陰的情況越來越嚴重。雖然陳明宇忠肝義膽，但他覺得自己缺乏軍事組織能力。於是他想到了智勇雙全的前朝官員閻應元，想推薦他代替自己去守城。由於顧的駐軍，他決心是正確的，走了。在7月5日的守城戰中，畢沅進城射敵，他射出的箭往往沒有射中敵人就落在了地上。每個人都很懷疑。後來，他命令馬矮人去偷火藥，從城裏扔向敵人。他們抓住了顧，壹起搜查了他的住處，並找到了壹份清算士兵的文件。於是處決了顧及其四十名同夥，從而切斷了清軍的內部勢力。本來想讓負責守城，現在顧被罰了。他提起了過去，每個人都同意。陳明宇特地指派十六人連夜出城，在閻應元的住處請他出山。穎園說:“妳可以跟著我。不然我不給妳主持。”他們問:“妳敢照吩咐去做嗎？”
9日，閻應元帶領江陰市祝塘600名少年，攜帶武器進入市區。途經七裏廟時，他在墻上題詩，表達誓死奮戰的決心。入城後，閻應元立即調查城內戶口丁莊，老少皆宜，挑選壯丁組成民兵，聯合二十余萬鄉兵輪班進城，每垛十人，按時換班。吳鞠王守東門略，王霸守南門，陳明守西門，應元自守北門。他和陳明宇還負責日夜巡邏四個大門。嚴格盤查市內路人，消滅內奸。為了解決軍械的供應，閻應元與士紳和百姓商量後，任命善於理財的人負責統壹收集和分配城內的公私物資。在閻應元的領導下，我們很快就人盡其才，物盡其用，各方面的工作都做得有條不紊。
11日，清兵進攻閻應元把守的北門，城內被石頭淹沒，清兵不敢靠近。主教練劉亮佐大怒，命令九名將軍先把梯子趕到城裏。城池被長槍刺死，五將陣亡，四將受傷。有的被三箭射中，有的被砍斷，有的倒成壹排，有的被火箭彈燒死。總司令更加憤怒了。他命令在第10營挑選幾個驍勇善戰的士兵，步兵3萬，梯子10架。他們將來要十裏進城，退的馬上就砍。第二天，清兵仍攻北門，城外射擊，吶喊。三萬大軍築起十座浮橋，壹起渡過外城河，分十處登梯進城。閻應元指揮城上拋石投石，以長槍拒敵；當時山石橫飛，炮火不斷，雙方死傷無數。壹位滿族將軍勇敢而自立。他穿著三層盔甲，腰間掛著兩把刀，背上背著兩把刀，親自爬上梯子，登上城垛，用刀亂砍。城內守軍用棺材抵住，用槍刺死，也進不去。有人喊道:“刺他的臉。”於是大家紛紛捅他臉。壹個叫唐的男孩拿著鐵鉤和鐮刀，用力勾住他的喉嚨。竹匠姚二砍下頭，墜城。清兵齊來搶屍，城內鑼鼓喧天，磚石小箭如雨，清兵傷亡千余人。
劉亮佐命令軍士取下將軍的首級，但閻應元拒絕了。劉亮佐願意用銀子買下它，命人當面把它裝在銀鞘裏，掛進城裏。他還命令軍士在大門口嚎啕大哭:“還我將軍的人頭！”閻應元讓人把壹個黃狗頭用蒲包起來扔回去，把滿江的頭掛在城上。劉亮佐親自領著人在大門口乞討，並把頭低下。清兵把頭拿回來，縫好，吊了三天。閻應元擊退了北方城市的進攻，但他知道幾天後清軍會發動更大規模的進攻。於是積極鑄造守城工具，招募慶陽弩王黃明剛等千余人，入城打造小弩數千支，小箭數萬支，分發給守城軍士。他還用姬從孝的火藥敷在箭上射人，壹見血就死了。弩長壹尺多，箭長五寸，百步之外就能射中目標。他還從監獄裏釋放了陳瑞的兒子，讓他做磚和火矛。火磚有三四寸寬，碰到人就燒。它是木制的，有壹個銀鞘，長三尺五寸，寬二三寸，中間裝有火藥。敵人到了就掉，機關破木殼，鐵菱角飛出，觸人就死。閻應元還親自制作了壹把弩，用壹塊鐵，在邊上做了幾個鉤子，在後面綁上壹根棉繩，扔出去鉤住敵人，在附近砍。並且模仿舊系統，制作火球，火箭等等，都很精致很精彩。所以清兵雖多，但每次看城，都是嘆息顫抖。就連滿洲裏的士兵都嚇壞了，每次攻城都慶祝自己活了下來。
清兵攻城不利，開始考慮投降。劉亮佐寫了《勸山歌》，希望江陰投降，但閻應元不聽。於是清兵在城下支起牛皮帳篷，準備長期作戰。15日，清兵攻東北城，劉亮佐令西南射，東北掘城，皆用山爬城，城內以火球、火箭抵抗。清軍兵敗欲退，梁左嚴令停止。閻應元繼續命令城市投擲磚塊和石頭，但清軍士兵未能躲閃，數百人死在門口。良介又羞又怕。於是他設了壹個三層牛皮帳，守而不攻。帳中九梁八柱，箭投其上，皆彈起，不能入。閻應元下令用人屎，摻桐油，炸倒，牛皮燙倒在清兵身上，肉爛死了。未被燒死的清兵驚惶而散，城上用弩射逃的清兵。那些抓到鉤子的人把頭蜷進了城市。清兵不知所措，落荒而逃。敵營以為城內守軍殺了他們，下令發射木矛防守，死傷無數。無奈之下，下令將墓移至鄧處。
與此同時，江陰向四面八方求援。黃妃、吳之逵領兵至太湖，遇清軍百麗博羅之軍。他們戰敗被俘後，向清朝投降。第三個滿臉麻子的人海寇古很欣賞閻應元，他帶領他的船長去幫助他。經過三天的艱苦奮鬥，他失敗了，揚帆而去。另外益陽王來援，被沙山擊敗；秀才金礦協會糾集四百余勇者相助，在周莊被劉亮佐帶三千鐵騎截住，全軍覆沒。洋兵屢敗，江陰成了壹座孤城。盡管如此，劉亮佐還是不敢再次進攻這座城市。他只用火炮進攻北城，而且是徹夜不眠，城垛在火炮的轟擊下倒塌。閻應元命令石匠建壹堵墻，但石匠們拒絕了。閻應元的話真誠而動情，石匠們深受感動，於是他冒著生命危險修復城垛，使其堅固如初。
14日，乘清軍投降之機，閻應元派出100多名猛士，以“投降”為名，帶著火器進入清軍營地，打死清軍官兵2000多人。十七日夜，閻應元挑選數千猛士出南門劫營，或持斧、或持短刀、或用扁擔沖入敵營，傷敵千余人。卻說引兵來救，已回城中。此戰之後，劉亮佐再次撤退，在十方寺紮營。
18日，劉亮佐讓十方寺的和尚下跪，向全城哭訴。陳說他有興趣，勸江陰軍民趁早投降。城裏人都願意為國捐軀，求他快去。當晚，僧人再次前來投降，再次被眾人送走。十九日，劉亮佐騎馬到營門口，對應元說:“洪光已北去，江南已衰。如果第壹步把災難變成幸福，標題是在梁左下面嗎？何必呢？”閻應元心平氣和地說:“江陰的男男女女吃了三百年羊毛，練了三百年土，對國家虧欠很深。他們不忍看風而投降。應元是明史經典，深知大義在哪裏，絕不會為二君效力。將軍是侯波，他掌握了重部隊。進則不能復中原，退則不能保江左。他怎能見我江東忠義之人？”梁左很慚愧，他拿出清廷的傳票，敦促江陰人民接受邀請。應元氣憤地說:“有降將軍，卻沒有降史。”砰的壹聲，火箭發射了，梁左隔著三四匹馬嘆了口氣:“江陰人沒救了！”
清朝的太子多多聽說江陰久攻不下，非常生氣。他先是派恭親王孔有德“領兵進攻”，然後又派貝勒波羅、貝勒尼堪帶領滿清士兵用紅炮攻城。貝勒博羅平定松江後，率二十萬大軍來到江陰城下。他認為劉亮佐當過明朝的伯爵，全副武裝，卻連壹個江陰縣都不能攻取，無能，就給了他壹個板子。他爬上那座山，看著它。巡視江陰城防後，對手說:“此城也是船形，南始北終。南北夾攻，不可破。但若攻之，則破之。”他命人把黃妃、吳之逵綁在城門口，命他們作書投降。黃妃道:“城裏人我都不認識。寫書投降有什麽用？”吳芝罘含著眼淚，擡起頭來勸閻應元投降，感到悲傷和悲痛。應元罵道:“臣受縛，早死了，何談不休！”向日葵又哭了，她無言以對。
博羅見閻應元動彈不得，發動總攻，分兵先切斷各鎮援軍，炮裝竹籠，主張迎前。機槍手紅衣受傷，城破三日。20日至27日，清兵輪番攻城，閻應元指揮防守，浴血奮戰，最終守護江陰城。
8月初，江陰民兵日夜站崗，感覺很累。人們開始在城外投降。清兵在城外到處殺戮掠奪，百姓窮困潦倒。他們被江陰的人民所鄙視。剃光頭發投降的人會被城池罵，連至親都如仇。閻應元見城防森嚴，便從百姓中隨機取了壹根頭發，丟在城門口引誘敵人。出其不意的清兵，向劉亮佐報告。良介說:“我現在還不敢相信。妳去看看守城的人剃了頭發沒有？”清兵檢查後才知道是假投降。
博羅久攻不下，心中焦急，又勸他投降，說只要把大明中興的旗幟撤了，四門四面掛清的旗幟，只殺幾個人，其余的不管，就算不剃頭也撤。看到博羅的計劃，以減緩部隊，閻應元說:“只有我？我沒有罪，為什麽要殺我！”議而不決。博羅還說，只要四城周圍都豎起了大清旗，他就馬上撤。閻應元知道有欺詐行為，但他不應該。前吳郡門下督王到江邊，宰殺牛羊，向眾將發誓，江陰投降後絕對禁止殺戮掠奪。他信以為真，在江陰有口皆碑，自告奮勇勸他投降，但臨近城池時，無人應答。此後攝政王多爾袞勸他招安，博羅命人射箭入城，說他死了。何必自辯呢？閻應元在書的後面命人補上壹句:“寧被槍斃，不被處死！”射回給清兵。清廷多次勸其投降，三城中有人開始猶豫。然而，由於閻應元死守北門，壹致意見被否決。
久陷江陰，傷亡慘重，戰鬥力日漸下降。由於城市裏缺少石灰，夜間修復城市是不可能的。大米越來越少，只能靠收集民間大米以防短缺。閻應元下令每兩天收壹次米，不準提前收。中秋節前後，百姓們提著鍋登上城樓，舉杯痛飲。學生們允許模仿楚的歌，並寫出了《五環之歌》，讓善於歌唱的人登上山巔歌唱，與笛子和鼓聲相和。那時，天無纖，明月當空，野田清明，戟無聲，黃弩、鼓、胡琴在西城敵樓，其歌悲壯，響徹雲霄。清兵爭著聽。或詛咒，或哀嘆，非常哭泣。歌中唱道:“宜興人，壹把槍。無錫人聞起來香。靖江人，連忙跪在沙灘上。常州人給了女兒和母親。江陰人民已經戰鬥了八十多天，寧死不屈。”歌曲很多，但意思大致相同。劉亮佐以牙還牙，命令人們發表投降演說，讓士卒們靠在壹起唱歌，並在他的帳篷裏和他的工作人員壹起喝著酒。很快，城內炮箭齊發，四散奔逃。
21日，博羅命令數百人將200多門大炮全部搬到花家壩，瞄準東北城。鐵子入城，穿透洞門13次，樹也穿過幾次，落地數尺深。那天雨下得很急，用牛皮帳篷外用，城頭有危險。由於敵人的重炮，這座城市看到火時藏在柵欄後面。炮聲過後，再登塔。清兵見此情景，故意讓炮打空，讓炮只放狼煙，煙遮天蔽日，難以分辨。城守只聽得炮聲如雷，以為清兵不能速進，卻不知清兵已潛入何澄河，從硝煙中蜂擁而出，來不及自衛，潰不成軍。江陰終於被攻占了。清兵進城，壹隊民兵列隊攻城。清兵怕有埋伏，半天不敢進攻。到了黃昏時分，城內擠滿了人，民兵也散了，清兵才敢進城。
破城時，閻應元坐在東城的瞭望塔上，想要壹支筆。他在城門上提到:“八十日祭奠十七朝祖宗，十萬人同心死，留大明三百裏。”題目最後我帶了壹千人去打仗，殺了無數清兵。我想突破西門。他看了看周圍的追隨者，說:“替我謝謝人民。我已經報效國家了！”把自己從短刀裏拔出來，刺到胸口流血，扔進千戶湖。劉壹民正試圖把他從水裏拉出來，就在劉亮佐派兵逃跑的時候。梁左聲稱與閻應元有舊交，想活捉他，於是清兵把他抓起來綁了起來，沒有殺死他。梁作舉坐在明佛殿裏。當他看到穎園來了，他跳了起來，拍著穎園的背哭了。穎園道:“有什麽好哭的？覆水難收。快殺了我！”博羅坐在縣長辦公室裏，急著要把應元弄到班上去。閻應元堅定不屈地站著，背對著貝勒，不停地咒罵著。壹名士兵用槍刺傷了他的腿，閻應元血流如註，倒在地上。博羅下令把他關在棲霞寺。那壹夜，廟裏的和尚不斷聽到“快殺了我”的聲音，天亮了，他們最終還是被殺了。
閻應元死後，還有十余人因為沒有倒下而被殺，劉正賢也壹同殉難。典吏陳明宇下令關閉縣政府，並放火燒43名男女。他持刀與清兵血戰，身負重傷。他死時靠在墻上，壹動不動地站著。管教馮厚敦在明倫堂自縊，妻妹投井而亡。《許中書》中的齊勛和朱升利用家人自焚而死。8月22日，清兵開始屠城。人民要麽頑強戰鬥到底，要麽和平死去，都是僥幸先死，沒有人服從。清軍屠城兩天後，城內只剩下53人。
據《江陰鎮守後稷》記載，閻應元軀幹豐腴，眉毛直立，眼睛細長，面紅耳赤，有絡腮胡子。每次巡城，身邊都有壹個拿著大刀的人，頗有重生之感。清兵見了，以為是神。閻應元的命令是嚴肅的，那些過著平靜生活和不服從法律的人將受到嚴厲的懲罰以警告所有人，即使是鄉紳和強人也不例外。戰士有難，他會親自熬藥倒酒，用溫暖的話語安慰他；有人被殺，他親自買棺材，哭死了；當妳遇到敢死隊的戰士時，妳不會直呼其名稱其為兄弟。遇到重要任務，壹定要問大家:“誰能完成這個，兄弟？”有人在路上大喊:“我要殺敵，但是沒有短刀。”閻應元立即脫下他那把價值二三十金的短刀，戴上了。閻應元事事以身作則，真誠待人。所以士人百姓都畏德畏威，死而不悔。