90年代中後期，傅勇參與創辦金蝶國際軟件集團，成為金蝶上市創投股東之壹。先後在金蝶集團深圳總部擔任市場營銷和高級產品管理職務，主導金蝶第壹套JAVA管理軟件產品的設計和實施，主導金蝶營銷管理體系的建立。
2002年起，傅勇作為上海市政府首批引進人才受聘於上海，擔任博科信息高級副總裁，成為中國管理軟件行業最年輕的決策層高管之壹。在博科的信息化時期，推動了中國物流管理軟件的市場啟蒙和發展，帶領博科成為中國領先的物流軟件制造商，使博科成為當時主流的ERP和財務軟件供應商之壹，是Oracle ERP在大中華區的實施咨詢合作夥伴。2003年，傅勇在國內首次提出了全面的“電子商務套件”管理信息系統應用思想，成為國內電子商務信息管理的理論先驅。
2004年底，傅勇與復旦大學的青年教師合作創辦了上海協達軟件科技有限公司，得到了復旦大學和上海市科委的大力支持。傅勇帶領創業團隊在公司成立之初就確立了協同管理軟件產品研發和推廣的經營理念，立誌成為國內產品競爭力第壹的管理軟件廠商。傅勇開發的圖形化工作流設計和運行分析引擎，成為國內最早支持WFMC國際標準可視化運行的工作流系統之壹，為未來引領中國軟件產品走向國際市場奠定了堅實的技術基礎。
2005年初，傅勇領導的協達推出了中國第壹套SOA商業軟件，被新浪、搜狐、CCID等媒體和機構廣泛報道和推薦。當年《軟件世界》破例以整刊過半篇幅介紹了協達的成果，記錄了中國管理軟件業的重要歷史時刻。此後，協達軟件壹直位居中國管理軟件產品競爭力第壹，多次被中國信息產業發展研究院、中國電子商務研究中心評為同類產品技術和功能競爭力第壹，被媒體稱為中國協同管理軟件教父。
2006年，傅勇基於“法約爾過程管理理論”和“組織行為管理理論”，率先提出“執行力”是協作軟件的核心應用價值，至今被業界認可和采納，成為管理品牌“執行力”的擁有者。同年，傅勇主編的《辦公室事務訓練》壹書基於行政管理思想，入選國家高等職業教育實踐教材，對行政管理思想的普及起到了積極的推動作用。
2007年，傅勇在復旦大學組織發起了中國協同軟件技術與應用高峰論壇，成為迄今為止中國最高級別的學術會議。會上，傅勇發布了基於流程的協同管理的理論和應用研究成果。加拿大皇家研究院協作軟件專家沈偉明、復旦大學協作軟件研究中心主任顧寧都在本次會議上做了學術演講。傅勇也是第壹個踏入復旦3108名校課堂的管理軟件“產學研”專家。他在美國前總統羅納德·裏根、著名學者李敖等眾多著名學者和學生的講堂中，為復旦學生講授管理科學與信息技術的理論與實踐，標誌著他在中國管理軟件領域的學術地位得到了廣泛認可。
2008年，傅勇憑借深厚的學術造詣和科研成果，成為全國最年輕的博士後工作站導師之壹。博士後工作站是由政府組織部、科委、人事部聯合批準的產學研實踐基地。傅勇承擔的協同管理研究項目是國際領先的“管理+信息”邊緣科研項目，對企業和政府組織的管理框架和信息支持系統的設計具有基礎性的指導作用。
同年，傅勇與歐盟輪值主席、荷蘭首相鮑肯內德握手，就實現產品技術向歐盟主導的國際市場出口貿易達成書面協議，使協達壹舉改變了中國軟件業以勞務輸出為主的局面，成為中國首家實現產品技術出口的軟件企業。
2009年，傅勇與加拿大皇家學院的協作軟件國際專家沈偉明、復旦大學電子商務研究中心主任李銀生等人共同撰寫了《面向服務的架構與應用》壹書，成為國內第壹本入選國家重點大學教材的SOA學術專著。
21世紀的第二個十年，傅勇繼續以“產品領先、求真務實”的工作作風，帶領協達的研究和推廣團隊，引領中國管理軟件行業進入新的發展時期。他帶領科研團隊推出了國內首個全流程協同社交商務平臺和國內首個全本地化的PAAS開發建模平臺，積極推動雲計算管理應用，助力智慧城市和智慧企業建設。他倡導並推出了壹系列社會化管理信息系統應用，如社會化OA、社會化CRM、社會化電子商務、社會化制造執行等。，並以實用的理論創新和應用產品迎來了管理科學與信息技術新的“鉆石十年”。